В связи с резким ухудшением внешнеполитической обстановки в конце 1940 — начале 1941 года «Четническое командование» по приказу военного министерства интенсифицировало обучение и подготовку своих подразделений. После путча 27 марта 1941 года стало ясно, что войны с Германией не избежать, в связи с этим был отдан приказ об отправке рекрутов в четнические подразделения раньше, чем во все остальные части, чтобы в военное время располагать как можно большим числом людей, подготовленных к ведению партизанских и диверсионных действий. Одновременно было выявлено, что немецкая разведка проявляет особый интерес к размещению, составу, целям и вооружению четнических (штурмовых) подразделений (так в директиве Верховного командования Вермахта номер 25 от 30 марта 1941 особое внимание войск обращается на подготовку югославами специальных подразделений для партизанской войны). 1 апреля 1941 года военное и морское министерство отдало приказ о возвращении «Штурмовому командованию» старого названия «Четническое командование», перебазировании командования из Нови Сада на окраину Кралево и начале формирования Седьмого четнического батальона из третьих рот Первого и Третьего батальонов. Пятому батальону было приказано переместиться из Ниша в Кралево, где совместно с новым Седьмым батальоном он должен был сформировать ядро четнических сил. На следующий день министерство приказало командиру «Четнического командования» принимать в состав подразделений всех добровольцев славянского происхождения, кроме болгар, вне зависимости от уровня подготовки. Так как предполагалось, что четники вступят в войну в составе мирного времени они не нуждались в мобилизации и были готовы начать боевые действия уже через несколько часов после отдачи приказа.
Данные об участии четников в Апрельской войне с 6 по 18 апреля 1941 года разрозненны и скудны. Штаб «Четнического командования» в первые три дня войны с 6 по 8 апреля располагался в селе Самайла под Кралево. В течение этих трех дней командование занималось подготовкой лагеря для размещения четнических подразделений, которым было приказано перебазироваться в Кралево и охраной окрестностей лагеря от возможных воздушных атак врага. 8 апреля «Четническое командование» по приказу Верховного командования отправило одну роту нового Седьмого батальона в Косовску Митровицу в распоряжение штаба Третьей Армии. Сам штаб «Четнического командования» переехал сначала 10 апреля в Ужичку Пожегу, затем 13 апреля в Рогатицу, а затем через Горажде и Фочу 14 апреля в Калиновик, оттуда 16 апреля в Сараево, где 18 апреля наконец закончил свои мучения и сдался немцам, вместе со штабом сдались остатки Второго и Седьмого батальонов.
Первый четнический батальон
Первый (новисадский) четнический батальон располагался при штабе Первой Армии до 11 апреля, когда ему было приказано в связи с ударом немецкого 46-го корпуса во фланг Первой армии организовать оборону переправ через Саву в районе Рачи, удержать свою.
По одной версии на следующий день батальон уже отступил к Биелине, там получил приказ подготовить оборону биелинского аэродрома, по другой, более новой версии событий, с учетом немецких документов, четники до 14 апреля находились в Раче и были брошены на аэродром позднее. В Биелине располагались остатки 6-го истребительного, 1-го бомбардировочного полков, 11-й самостоятельной разведывательной группы и 1-й и 2-й групп армейской авиации. 10, 11 и 12 апреля немецкое авиационное командование Арад (Luftwaffen-Kommando Arad) 4-го воздушного флота нанесло серию ударов по аэродрому, уничтожив большинство остававшихся там югославских самолетов. Оставшись без машин пилоты и техники уже 11 апреля покинули аэродром на автомобилях через Тузлу прибыли в Сараево.