Отобранный личный состав проходит 16-недельный курс обучения водолазов-подрывников. В течение первых трёх недель проходят тренировки в плавании, беге, изучаются правила техники безопасности в воде, принципы выживания, производится обучение использованию малых надувных лодок и радиосвязи. Упор делается на практические занятия в условиях максимально приближенным к действительности. В начале первой недели личный состав разбивают на группы по 6 человек, между которыми устраиваются различные соревнования, такие как соревнования в плавании и совершении марш-бросков на 15 миль (28 км).
В последующие 10 недель личный состав проходит разведывательную подготовку и обучается основам подрывного дела. Особое внимание уделяется практической стороне и соревнованиям между группами. Для проверки усвоения пройденных дисциплин на практике, периодически проводятся зачётные учения.
В ходе первого 36-часового зачётного учения проверяются навыки гребли на надувных лодках на большие расстояния и умения развёртывать палатки. Проводятся тренировки включающие отработку скрытного проникновение в тыл противника и к объектам диверсий, создание тайных убежищ и применение маскировки. Во время учений личный состав питается специальными пайками.
Второе недельное зачётное учение посвящается проверке способности обучаемых работать под водой на различных глубинах, вести разведку подводных препятствий, выбирать и правильно закреплять подрывные заряды.
В ходе третьего, и самого сложного недельного зачётного учения, обучающие совершают напряжённый марш-бросок и преодолевают полосу препятствий (в том числе грязевую яму), в то время как, вокруг них взрывают полуфунтовые подрывные заряды. Помимо этого проводятся подрывные работы, испытания на длительное пребывание без пищи или сна.
Последние три недели курса проводится парашютная подготовка, в ходе которой проводятся дневные и ночные прыжки с самолётов с высоты 400 м и с вертолётов с высоты 460 м при скорости ветра у поверхности земли до 9 м/с и у поверхности воды до 12 м/с.
После подготовки необходимого количества личного состава в США по курсу UDT в составе KSK было сформировано КСО ВМФ в составе двух отрядов: отряд боевых пловцов-диверсантов (SAT) и отряд боевых пловцов обороны (SAS), которое стало подчиняться непосредственно командованию ВМФ. Каждый из этих отрядов состоял из трёх групп численностью по восемьдесят человек в каждой. Группа состояла из 4 отделений. В военное время в состав отрядов вводится ещё по одной группе.
Отсутствие возможности размещения всех групп в районе ГВМБ Гёльджюк, где находится штаб ВМФ, и вероятный театр основного использования групп заставили переподчинить групповое командование SAS Командованию северной морской зоной, однако через некоторое время оба групповых командования боевых пловцов опять перешли в подчинение KSK, в составе которого находится также Подводное Учебное Командование, осуществляющее подготовку личного состава для групповых командований SAS и SAT. Это командование и его учебный центр находятся в Стамбуле.
Учебный центр ежегодно готовит 50 боевых пловцов. Программа построена следующим образом: сначала, в течение 5 недель проводится ознакомительный курс по всем аспектам специальных операций ВМФ. Затем следуют три фазы специальной подготовки, которые включают:
1 фаза (9 недель) — начинается с так называемой «адской недели» и включает общую базовую подготовку.
2 фаза (8 недель) — боевая подготовка.
3 фаза (9 недель) — боевые действия на суше.
Вслед за этими тремя фазами подготовки в Учебном Центре следует подготовка вне учебного центра: воздушно-десантная (3 недели), технические средства специальных операций (2 недели) и боевая подготовка в составе взводов (18 месяцев). Параллельно проводится медицинская подготовка (30 недель).
По завершении обучения бойцы направляются в групповые командования, где совершенствуют свою квалификацию боевого пловца в ходе боевой и тактической подготовки.
На личный состав группового командования SAT возлагаются задачи разведки и наблюдения (пассивные задачи) и задачи проведения диверсионных и боевых амфибийно-десантных действий (активные задачи). Диверсии могут проводится в военно-морских базах, портах, пунктах рассредоточенного и временного базирования, на рейдах, якорных стоянках и в прибрежных районах в тылу противника. Объектами диверсий могут быть крупные надводные корабли, подводные лодки и суда, береговые ракетные комплексы, мосты, плотины, различные гидротехнические сооружения, а также штабы, командные пункты, пункты управления, узлы связи, транспортные магистрали, трубопроводы, кабельные линии связи, различные склады и другие важные военные и промышленные объекты.