В апреле 1918 года создается Уральская армия, в июне Временным Сибирским правительством была сформирована Западно-Сибирская отдельная армия (с июля — Сибирская) и Народная армия КОМУЧа. Следует отметить, что в течение июля—декабря 1918 года штаб Сибирской армии по совместительству выполнял функции всех антибольшевистских вооруженных сил в Сибири.
Первоначально в состав Западно-Сибирской армии входило несколько добровольческих полков, а в июле началось формирование корпусов. Органы контрразведки, существовавшие еще до свержения большевиков при тайных офицерских организациях, после переворота преобразовывались в разведывательные отделения при штабах гарнизонов, корпусов, командующих войсками корпусных районов, и выполняли функции одновременно военной разведки и контрразведки. В армии восстанавливались военно-полевые суды, вводилась смертная казнь за политические преступления. По распоряжению уполномоченного Временного Сибирского правительства все дела политического характера передавались отряду особого назначения, которым командовал чех капитан И.И. Зайчек, а уголовные — подлежали ведению уголовной милиции.
Командующий Западно-Сибирской отдельной армией генерал-майор А.Н. Гришин-Алмазов, возглавлявший по совместительству Военное министерство Временного Сибирского правительства, издал приказ о создании разведывательного отделения и отделения военного контроля (ОВК) в составе управления генерал-квартирмейстера штаба армии{275}
.Несмотря на то что в Поволжье борьба с большевиками велась под знаменем Комитета членов Всероссийского учредительного собрания (КОМУЧа), где большинство составляли представители левых партий, Народную армию формировали царские офицеры, которые и воспользовались своим опытом при учреждении военно-управленческих структур.
Главный штаб, созданный 8 июня 1918 года, состоял из канцелярии, оперативного отдела (общего, оперативного, разведывательного, связи и топографического отделений), отдела формирования и устройства войск, отдела ручного оружия, инженерного и военно-судного отделов. Последний по совместительству выполнял функции контрразведки. 29 июня Главный штаб упраздняется, а все его функции передаются вновь созданному Военному ведомству, куда вошли канцелярия, главный начальник снабжения, управление Генштаба и ряд главных управлений: административными делами, инженерного, военно-судного, военно-санитарного. Находились ли в управлении Генштаба органы разведки и контрразведки — однозначно сказать трудно, поскольку документальных подтверждений тому автором не обнаружено. Зато в отделе генерал-квартирмейстера Полевого штаба армии, штат которого утвержден 30 августа 1918 года управляющим Военным ведомством генерал-майором Н.А. Галкиным, имелись разведывательное и контрразведывательное отделения. Помимо того, в «целях ограждения интересов порядка и безопасности и предотвращения покушений антигосударственных элементов на государственный строй» 9 августа образовано Министерство охраны государственного порядка{276}
.После свержения советской власти в Сибири и на Дальнем Востоке летом 1918 года там восстанавливались прежние военные округа — Омский (Западно-Сибирский), Иркутский (Восточно-Сибирский, Средне-Сибирский) и Приамурский. Однако органы разведки и контрразведки были сформированы лишь в управлении генерал-квартирмейстера штаба Иркутского военного округа{277}
.В августе 1918 года начался процесс объединения всех антибольшевистских сил и подчиненных им воинских формирований, завершившийся созданием 24 сентября Уфимской директории (Всероссийского Временного правительства). В ходе объединения вооруженных сил произошла реорганизация системы военного управления, в том числе и спецслужб, которая в итоге также была построена по образцу и подобию царской армии. Во главе стояла Ставка Верховного Главнокомандующего и ее рабочий орган — штаб ВГК — для осуществления управления всеми соединениями и частями Сибирской и Народной армий. В состав штаба входили управления 1-го и 2-го генерал-квартирмейстера, главного начальника военных сообщений, а также отделы: информационный, ремонтный, воздушного, военно-морского и речного флота, казачьих войск и др. 12 ноября 1918 года в управлении 1-го генерал-квартирмейстера были образованы разведывательное и контрразведывательное отделения{278}
.Параллельно Уфимская директория создала Военное министерство на основе слияния Военных ведомств Временного Сибирского правительства и «Народной армии» КОМУЧ. В его компетенции находились кредиты, финансы, полевое казначейство, военно-полевые суды, служба духовенства и дела казачьих войск, поэтому создание разведывательных и контрразведывательных органов в министерстве не предусматривалось.