На СС в предстоящей войне с Советским Союзом, возлагались специфические задачи. В "Инструкции об особых областях к директиве ╧ 21 (план "Барбаросса")" от 13 марта 1941 года, подписанной начальником Главного командования вермахта (ОКВ) генерал - фельмаршалом Кейтелем, говорилось, что в ходе предстоящей войны с СССР "рейхсфюрер СС получает специальное задание, которое вытекает из идеи борьбы двух диаметрально противоположных систем. В рамках этого задания рейхсфюрер СС действует самостоятельно и под свою ответственность".
"Специальное задание" Гиммлера состояло в том, чтобы проводить на занятой территории комплекс репрессивно - карательных мер, начиная от арестов и уничтожения советских партийных работников, офицеров НКВД, армейских политруков и заканчивая ликвидацией евреев.
"Ответственность" Гиммлера, заключалась в том, чтобы выполнение мероприятий, связанных с его "специальным заданием", не нарушало хода боевых действий. Остальные детали он был обязан согласовать с главным командованием сухопутных войск (ОКХ).
Непосредственное выполнение возложенного на него "специального задания" Гиммлер, тут же перепоручил начальнику РСХА группенфюреру СС Рейнхарду Гейдриху. В связи с этим, в этот же день 13 марта 1941, состоялось совещание между Гейдрихом и генерал-квартирмейстером Генштаба сухопутных войск генерал - майором Эдуардом Вагнером. В ходе переговоров Вагнера и Гейдриха было установлено, что в зоне боевых действий айнзатцгруппы СД будут находиться в полном тактическом и оперативном, а так же и административном подчинении командующих тех армий или групп армий которым они будут приданы.
Результатом этих переговоров стало подписание 26 марта 1941, совместного приказа "О деятельности зондеркоманд и оперативных групп и команд в оперативной зоне".
После согласования с ОКВ 28 апреля 1941, был подписан приказ "О регулировании деятельности полиции безопасности и СД в сухопутных войсках". 14 июня 1941, его дополнили еще одним приказом "О военной организации и применении сил полиции порядка, СД и полиции безопасности".
2 июля 1941, шеф PCXА Гейдрих подписал специальную директиву, адресованную начальникам СС и полиции на оккупированных территориях СССР. В четвертом разделе ("Экзекуции") конкретно указывалось, кого следует уничтожать: "сотрудники Коминтерна, как и все профессиональные коммунистические деятели; сотрудники высшего и среднего ранга, а также наиболее активные сотрудники низшего ранга в партии, Центральном комитете, областных и районных комитетах; народные комиссары; евреи - члены партии и занятые на государственной службе, а также прочие радикальные элементы (диверсанты, саботажники, пропагандисты, снайперы, убийцы, поджигатели и т. п."
Согласно всем этим приказам, к соединениях сухопутных войск в лице групп армий (фронтов) прикомандировывались, так называемые "Айнзацгруппы" (Оперативные группы) СД и полиции безопасности, которые должны были действовать в координации с командованием групп армий и входящих в их состав армейских соединений в тыловых районах сухопутных войск, в тыловых районах армий и в зоне боевых действий.
Айнзатцгруппы СД должны были сотрудничать с тайной полевой полицией (ГФП) вермахта и подчиняться приказам командующих тыловыми областями групп армий, командующих тыловыми районами армий и наконец собственно командующим армиями.
Каждая из Айнзатцгрупп имела численность от 1000 до 1200 человек и имела следующую структуру: штаб группы, специальные команды (зондеркоманды), которые должны были действовать в районах расположения армейских частей, оперативных команд (айнзатцкоманд), для действий в оперативном тылу армии.
В состав айнзатц входили: сотрудники СД, гестапо, криминальной полиции, полиции порядка, военнослужащие войск СС и вспомогательный персонал (радисты, мотоциклисты и т.п.). С августа 1941, в айнзатцгруппы стали также принимать и местных добровольцев (в качестве переводчиков и исполнителей "грязной работы").
Общие задачи Айнзатгрупп в ходе предстоящей войны Германии с Советским Союзом были следующие:
1) обеспечивать сохранность документов, архивов, картотек подозрительных лиц, организаций и групп
2) задерживать лидеров эмиграции, саботажников, террористов
3) обнаруживать и уничтожать враждебные элементы (обычно, под это определение подпадали евреи, коммунисты, цыгане и ряд других категорий местного населения) и предотвращать враждебную деятельность со стороны местного населения
4) информировать армейское командование о политическом положении на оккупированной территории
Конкретные задачи айнзатцгрупп и их подразделений включали в себя, следующие:
- захват и обыск советских партийных, правоохранительных органов и штабов воинских частей
- захват государственных учреждений, имеющих архивы и картотеки
- проведение розыскных мероприятий, арестов и уничтожение советских партийных работников, сотрудников НКВД, армейских политработников, офицеров
- выявление и ликвидация местного партийного и комсомольского актива, общественников, советской агентуры, евреев