Очень скоро последовало аналогичное дело «польского центра», о свивших контрреволюционное гнездо в органах госбезопасности польских националистах, по нему расстреляна еще одна обойма видных дзержинцев уже польского происхождения: Реденс, Кобецкий, Логановский, Карский, Ольский, Уншлихт, Мессинг, Сосновский, Пилляр, Роллер и другие. Это дело в НКВД известно как дело «Польской военной организации», которую якобы составили тайно эти чекисты-поляки. Сюда же пристегнули отбывавшего свой срок на Дальнем Востоке за халатность в истории с убийством Кирова бывшего начальника Ленинградского НКВД Филиппа Медведя, как и его бывшего заместителя Ивана Запорожца, хотя они были выходцами с Украины. Затем было и дело «эстонского центра» в органах (так называемое «Дело фонтанников»), по которому расстреляны эстонцы-чекисты во главе с Риксом и Отто. И это не считая еще и планомерного и постоянного одиночного отстрела собственных кадров.
Конец группы Ягоды в НКВД
Еще одной крупной волной репрессий стала ликвидация бывшего наркома Ягоды, потянувшая за собой отстрел многих сотрудников НКВД вслед за их шефом. Сам Ягода намечен к ликвидации Сталиным был еще в 1936 году, его, как мы теперь знаем, сгубила принадлежность к влиятельной в 30-х годах группе «правых» в руководстве партии. Как только Сталин разделался в 1936 году с «левой» оппозицией себе в лице Зиновьева, Каменева и их сторонников, он вскоре срубил голову и оппозиции себе справа из более умеренных большевиков. После арестов верхушки «правых» (Бухарина, Рыкова, Енукидзе, Крестинского и др.) Ягода тоже был обречен, длительная дружба с компанией Бухарина не оставляла ему шансов уцелеть.
Уже когда осенью 1936 года Ягоду сняли с должности наркома внутренних дел, косвенно прозвучал упрек бывшему главе госбезопасности в том, что он проглядел множество врагов, проникших на высшие должности в партии и советском государственном аппарате. Это уже означало близкий приговор, хотя поначалу Ягода в соответствии с тогдашней сталинской модой был назначен наркомом связи с пожеланием Сталина наладить работу в этом важном наркомате. Здесь Сталин в своем стиле произвел рокировку, на месте наркома связи обреченный в близком будущем Ягода сменил обреченного уже сейчас Алексея Рыкова: ранее того с поста главы Совнаркома отправили руководить этой самой связью, а теперь уже снимали без назначений под скорый арест НКВД.
Но опала Сталина становилась для Ягоды все более явной, вождь перестал со своим бывшим наркомом внутренних дел даже здороваться, демонстративно не подав своему опальному приближенному руку у Мавзолея на параде 7 ноября 1936 года, одному из всех присутствовавших здесь членов ЦК ВКП(б). Сталин уже не стеснялся говорить о том, что Ягода завалил работу доверенной ему спецслужбы, что с разоблачением «троцкистско-зиновьевского» заговора он опоздал как минимум на четыре года, то есть по официальному сталинскому летосчислению этот заговор оформился в 1932 году. Так в сталинском СССР говорили о практически отпетом покойнике, хотя сам Генрих Ягода и продолжал обреченно ходить среди живых в ранге наркома связи.
Состоявшийся в начале 1937 года пленум ЦК ВКП(б), проходивший в феврале и марте, этот приговор Ягоде практически огласил. На пленуме много времени уделили обсуждению положения дел внутри НКВД и разбору допущенных лично Ягодой ошибок от халатности в деле об убийстве Кирова до уже прямых обвинений в покровительстве им в верхушке НКВД тайным приверженцам группы «правой оппозиции». Давно недолюбливавшие Ягоду нарком обороны Ворошилов и сменивший его во главе НКВД Ежов своими выступлениями устроили для Ягоды натуральное аутодафе, бросая ему прямо в лицо очень тяжелые обвинения. Растерянный опальный экс-нарком испуганно и временами маловразумительно пытался парировать их обвинения, его страх и подавленность сквозят в материалах этого пленума на тех страницах, где Ягоде давали слово для объяснений. Впрочем, по настрою обвинявших явно обреченного Ягоду заметно, что все его объяснения уже ничего не могли изменить.