Известно также о причастности к делам Василия II дьяка Степана Бородатого и подьячего Василия Беды – вероятно, людей из княжеской «службы безопасности». Как указывает историк Вологодского края П. А. Колесников, после указанных выше событий роль Вологды для московских великих князей возросла: «Как удельная, так и уездная (с 1482 г. –
Сын Василия Темного Иван III, правивший с 1462 г., с 1450 г. соправитель отца, значительно расширил сферу влияния Москвы, с 1463 по 1503 г. присоединив Ярославль, Пермь, Ростов, Новгород, Тверь, Вятку, Вязьму, Чернигов, Брянск, Путивль, Гомель. Он усилил и политические преимущества Москвы. Право сбора налогов и чеканки монет, рассмотрение важнейших уголовных дел отныне стали принадлежать исключительно великому князю Московскому. В результате политическое влияние удельных князей к концу XV в. уменьшилось. Но угроза центральной власти оставалась весьма реальной. Ключевский определил ее следующим образом: «Удельные предания были еще слишком свежи и кружили слабые удельные головы при всяком удобном случае. Удельный князь был крамольник если не по природе, то по положению: за него цеплялась всякая интрига, заплетавшаяся в сбродной придворной толпе. В Московском Кремле от него ежеминутно ожидали смуты; более всего боялись его побега в Литву»
[16]. Эти опасения полностью подтвердились во времена смуты, наступившие после смерти Бориса Годунова.К измене своих приближенных Иван III относился со всей строгостью. Угроза его личной безопасности исходила не только со стороны удельных князей, но и из-за границы. В январе 1493 г. в Москве казнили сразу несколько человек, уличенных в государственной измене. Братья Селевины были обвинены в шпионаже, поскольку «посылали з грамотами и с вестми человека своего Волынцова к князю великому Александру Литовскому»
[17]. Проступки князя Лукомского и «латинского переводчика» Матиаса Ляха шпионажем не ограничивались: «А князя Ивана Лукомского послал к великому князю служити полский Казимир, а привел его к целованию на том, что ему великого князя убити или зельем окормити, да и зелие свое с ним послал, да зелие у него выняли» [18]. Таким образом, попытка покушения на Ивана III была выявлена и предотвращена на стадии подготовки. Скорый суд и жестокая, по современным меркам, расправа (публичное сожжение) вполне объяснимы законами военного времени – шла война с Литвой. Наряду с карательными мерами применялись и меры превентивного характера. В 1487–1488 гг. из Новгорода в центральные земли были переселены нелояльные боярские и купеческие фамилии.Возможно, что улучшение работы «спецслужб» великого князя было заслугой не только его самого, но и его второй жены (с 1472 г.), племянницы последнего византийского императора Константина XI Софьи Палеолог. Софья стала ближайшим советником своего царственного супруга. Именно с ней противники Ивана III часто связывали уменьшение своего влияния в Московской Руси.
В последней четверти XV в. у великого князя появились рынды – оруженосцы-телохранители, сопровождавшие его при выездах и набиравшиеся из юношей знатного происхождения. При строительстве нового кремля под Тайницкой башней были сооружены подземный ход и скрытый водозабор.
Иван III успешно продолжил начинания своего отца, направленные на укрепление резервной базы московских князей в Вологде.
П. А. Колесников описывает эти события так: «Нам важно отметить два обстоятельства, которые были понятны современникам, но потом забылись. Во-первых, вероятно, уже в конце XV в. наиболее надежным местом хранения великокняжеской казны были Белоозеро и Вологда, особенно когда последняя стала уездным центром. Из нее можно было при необходимости перенести казну в другое безопасное место. В 1480 г., когда на Угре решался вековой вопрос об окончательной ликвидации монгольского ига, Иван III отправляет свою жену Софью вместе с казной на Белоозеро. В завещании Ивана III говорится о великокняжеской казне на Белоозере и в Вологде. Во-вторых, огромный район Европейского Севера, вошедший к концу XV в. в состав Российского государства, особенно Вологодский и Белозерский уезды, были значительным резервом пополнения государевой казны. Не случайно в своем завещании Иван III передает сыну, кроме коренных великокняжеских земель, ряд важных городов и земель на Севере (Вологда, Белоозеро, Двина и Вятка). Особенным вниманием великих князей, начиная с Василия II, пользовались северные монастыри: Спасо-Прилуцкий, Кирилло-Белозерский, Ферапонтовский и др.»
[19].Василий III, правивший с 1505 г., продолжил дело отца. При нем к Москве были присоединены Псков, Волоцкий удел, Рязанское и Новгород-Северское княжества, а также в 1514 г. Смоленск.