С 1717 г. Петр возобновил систему двойного представительства: наряду с официальными посольствами он направлял за границу особо доверенных лиц. Возможно, что это было обусловлено попавшим к царю анонимным письмом, компрометировавшим А. А. Матвеева. В качестве доверенных лиц царя обычно выступали офицеры гвардии. Тем самым получила продолжение практика Алексея Михайловича, назначавшего в состав каждого русского посольства представителя Приказа тайных дел.
Известный советский разведчик-нелегал В. Гражуль, оперативник Особой группы Я. Серебрянского и один из руководителей Школы особого назначения, охарактеризовал состояние разведывательной работы при Петре Великом: «Отличительной ее чертой являются широкие масштабы работы. Впервые в истории русского государства разведка распространяет свое влияние не только на всю Европу, но и на Азию. <…> Второй отличительной чертой разведки при Петре является ее активность. <…> Петр никогда не ограничивался только одной информацией. Русские дипломаты-разведчики пользовались очень широко агентурными комбинациями для оказания влияния на политику других государств и принимали агентурные контрмеры (репрессии) всегда, когда этого требовала обстановка. <…> Агентурная сеть тогдашней разведки была сетью высокоценных агентов, а не массовой мелкой агентуры. База вербовки агентуры во всех странах была преимущественно материальная. <…> Но наряду с этим <…> русские пользуются и идеологической базой для вербовок, особенно в Турции и Польше. Надо отметить тот интерес, который проявлял лично Петр к разведке. Он понимал, что разведка помогает решать сложнейшие политические проблемы»
[176].На рубеже XVII – ХVIII вв. в России происходило дальнейшее совершенствование и развитие тайнописи, что обусловливалось двумя факторами: расширением и углублением дипломатических отношений и начавшейся Северной войной. Главным государственным учреждением, систематически использовавшим тайнопись, являлась Посольская канцелярия, в составе которой работало особое «цыфирное» (шифровальное) отделение. Эта служба находилась в ведении «начального президента» Государственной посольской канцелярии Ф. А. Головина
[177]и лично государя, который оценил огромное значение тайнописи. Все русские послы для переписки с Посольской канцелярией и царем использовали шифры, называвшиеся «азбука», «ключ» и «цыфирь». Аналогичную переписку Петр Алексеевич вел с высшим командным составом армии и флота: с адмиралом Ф. М. Апраксиным, фельдмаршалами Г. В. Огильви и Б. П. Шереметевым. Наиболее характерными особенностями того периода следует считать повышение уровня защищенности шифров и разработку новых методов маскировки тайнописи.Государь придавал большое значение качеству тайнописи. В одном из писем он с неудовольствием сообщал Огильви, что его «цыфирь» «к разобранию легка». Российская тайнопись начала XVIII в. представляла собой простые шифры замены: буквы алфавита заменялись в тексте на условные обозначения (буквы, цифры, особые знаки) по специальной таблице. Например, гетман Мазепа после его перехода на сторону шведов в октябре 1708 г. изображался в шифровках в виде топора и виселицы. Для усложнения дешифровки секретных донесений, попавших к противнику, они писались не только на русском, но и на французском, немецком и греческом языках. Так, один из русских шифров Петровской эпохи перехватившие его англичане сумели прочитать только через 25 лет.
Не меньшее внимание Петр уделял средствам осуществления тайнописи и способам скрытной транспортировки донесений. В апреле 1714 г. он направил послу России в Швеции И. Ю. Трубецкому инструкцию по применению специальных составов. В качестве контейнеров для доставки секретных посланий использовались полости в предметах быта, одежде и даже полые орудийные ядра. Последний способ был, в частности, использован русским комендантом Полтавы А. С. Келиным в 1709 г. Тогда же петровские войска применили сигнализацию (условные огни и выстрелы) для подтверждения получения шифровок: с помощью сигнализации отправителю давали знать, что послание дошло до адресата, расшифровано и понято.
Военная и Адмиралтейская коллегии, Коллегия иностранных дел занимали привилегированное положение в системе государственных учреждений благодаря тому огромному значению, которое Петр придавал армии, флоту и дипломатии, а также благодаря той роли, которую играли их президенты: генерал-фельдмаршал светлейший князь А. Д. Меншиков, генерал-адмирал граф Ф. М. Апраксин и канцлер граф Г. И. Головкин.