В непосредственном подчинении начальника полиции безопасности и СД находился охранный батальон, состоявший из четырех рот. Командиром батальона был оберштурмбанфюрер СС Баатц и гауптштурмфюрер СС Вайнло.
Местные органы полиции безопасности и СД были представлены тремя внешними отделами и 9 отделениями. Эти структуры также делились на линии А и Б. В конце 1942 — начале 1943 гг. внешние отделы имелись в городах Тарту, Пярну, Киивыли, отделения располагались в городах Пайде, Раквере, Нарве, Выру, Петсери (Печорах), Вильянди, Хаапсалу, Курессаре. До осени 1943 г. отделы полиции безопасности и СД имелись в городах Псков, Луга, Кунда, Локса, Кингисепп, Волосово. Контрразведывательные группы располагались в Луге, Плюссе и Стругах Красных и вели борьбу с партизанами и охраняли промышленные объекты от внедрения и диверсий советской агентуры.
При начальнике полиции безопасности и СД был создан самостоятельный орган «Охрана промышленных предприятий» («Наскодукайтсе»). Формально эта служба входила в структуру созданной при оккупации эстонской самозащиты «Омакайтсе». Кроме них, местные органы полиции безопасности и СД имели на каждом предприятии своих оперативных работников. В их задачу входило насаждение агентурной сети, предотвращение диверсий и саботажа, выявление политически неблагонадежных работников.
Органы полиции безопасности и СД вели борьбу с советскими парашютистами и партизанами в тесном контакте с Абвером. Между этими службами велся обмен ориентировками и арестованными.
Розыскную работу проводила Крипо, широко используя при этом полицию порядка. Розыскные списки рассылались всем органам полиции, референтурам, префектурам и подпрефектурам, начальникам полицейских отделений и адресных столов.
В начале 1942 г. из сотрудников безопасности и СД генерального округа «Эстония» была организована специальная группа для действий в захваченном Ленинграде. Группа состояла из 120–200 человек во главе с майором Мере. В конце 1942 г. группа была расформирована.
Осенью 1944 г. в период отступления немецких войск, создавались разведывательно-диверсионные группы по 8-10 человек из сотрудников полиции безопасности и СД. Группы снабжались автоматическим оружием, гранатами, взрывчаткой и продовольствием.
Полиция безопасности и СД генерального округа «Латвия»
После оккупации Латвии на ее территорию прибыла оперативная команда 2 под командованием оберштурмбанфюрера СС Штрауха. Отряды команды размешались в Риге и Лиепае. В середине декабря 1941 г. отряды оперкоманды были реорганизованы в территориальные органы полиции безопасности и СД генерального округа «Латвия». Штаб полиции безопасности и СД под руководством штурмбанфюрера Ланге размещался в Риге, в бывшем здании НКВД. До апреля 1942 г. структура находилась в подчинении айнзатцгруппы А, позднее перешла в подчинение командующего полиции безопасности и СД «Остланда».
Местные отделы полиции безопасности и СД располагались в городах Лиепае, Валдемарпилсе и Даугавпилсе. Каждый из отделов имел в ряде населенных пунктов свои посты.
Личный состав органов был укомплектован латышами, бывшими офицерами латвийской армии, членами «Перконкруста» и айзсаргами. Немцами была создана параллельная латышская структура — «Дрошибас полиция», начальником которой был назначен бывший майор латвийской армии Виктор Арайс.
При вступлении советских войск в Латвию часть латышской полиции эвакуировалась в Германию, где впоследствии использовалась рядом немецких спецслужб для ведения подрывной работы в советском тылу.
Полиция безопасности и СД генерального округа «Литва»
Базой для формирования органов почиции безопасности и СД в Литве стал личный состав айнзатц-группы А. Начальником новой структуры был назначен К. Егер. В 1943 г. Егера сменил оберфюрер СС Фукс.
Управление полиции безопасности и СД размещалось в Каунасе, а его структура соответствовала структуре РСХА.
Периферийные органы располагались в Шауляе, Паневежисе и в Вильнюсе. В уездных центрах также были созданы отделы и отделения, подчинявшиеся непосредственно начальнику полиции безопасности и СД генерального округа.
Летом 1941 г. была возобновлена работа органов местного самоуправления. Было возрождено Литовское управление безопасности, также полностью подчинявшееся органам полиции безопасности и СД. Некоторые органы литовского управления возглавляли сотрудники СД. Так, начальником вильнюсского отдела литовского управления был назначен унтерштурмфюрер СС Бибель, одновременно занимавший пост начальника реферата 4А 1 отдела управления полиции безопасности и СД генерального округа.
Полиция безопасности и СД генерального округа «Белоруссия»
До декабря 1941 г. на территории Белоруссии действовали только оперативные органы полиции безопасности и СД. Первоначально вся Белоруссия была отнесена к зоне деятельности айнзатцгруппы Б.