Приказом ДСТСЗИ № 1 от 3 января 2003 года Генеральным директором УСС был назначен Барлабанов Валерий Владимирович.
9 января 2003 года УСС было официально зарегистрировано и начало свою деятельность с целью координации работ по выполнению Государственной программы создания, развития и обеспечения функционирования НСКС, которая утверждена постановлением Кабинета Министров № 1520 от 11 октября 2002 года.
Согласно распоряжения Кабинета Министров № 338-р от 11 июня 2003 года «О создании Специальной информационно-телекоммуникационной системы органов исполнительной власти» (далее — СИТС) началось развёртывание первой очереди НСКС — фрагмента стационарной компоненты передачи данных. Эта система создаётся на основе современных цифровых технологий связи с использованием волоконно-оптических линий, соединяющих защищенные абонентские пункты Кабинета Министров и органов исполнительной власти.
Первый этап построения НСКС позволил начать работы по внедрению интегрированной системы электронного документооборота органов исполнительной власти и интеграции их веб-сайтов Единого веб — портала центральных органов исполнительной власти, создать условия для использования 1Р-телефонии и системы видеоконференцсвязи. Структура СИТС создаётся с учетом мирового опыта создания подобных систем и представляет собой транспортную магистраль для обеспечения защищённого доступа к государственным информационным ресурсам.
В 2006 году СИТС была создана в Киеве. Её инфраструктура позволила обеспечить функционирование автоматизированных систем, в которых циркулирует информация, как с ограниченным доступом, так и открытая информация, которая является собственностью государства. Также был организован доступ к единому веб-порталу, предполагается развёртывание системы видеоконференцсвязи и ресурсов ЦАЗИ, Центра сертификации ключей и предоставления ряда других услуг.
НСКС создала предпосылки и осуществила реальную возможность обеспечения защищённого обмена информацией с помощью механизмов электронно-цифровой подписи (далее — ЭЦП), реализованных с помощью Центра аутентификации НСКС — государственного аккредитованного центра сертификации ключей.
В НСКС с помощью криптографических, технических и организационных средств обеспечен обмен конфиденциальной информацией органов государственной власти (более 30 абонентских пунктов) и органов местного самоуправления. В плане оборудования абонентскими пунктами защищённой связи объектов критической инфраструктуры, в том числе предприятий атомной энергетики.
Указом Президента № 627 от 8 июня 2004 года ДСТСЗИ возглавил полковник Бойко Константин Владимирович.
Согласно распоряжения Кабинета Министров № 405-р от 24 сентября 2005 года «О создании специальной сети сотовой связи НСКС» разворачивание сети возложено на УСС. Наиболее реальным вариантом реализации этого проекта станет создание провайдера, который будет предоставлять услуги мобильной связи на базе существующих «GSM» — сетей.
Для защиты информации в НСКС планируется использовать только отечественные средства КТЗИ. Телекоммуникационное оборудование, которое планируется использовать в НСКС, может быть и отечественным, и импортным, но должно отвечать требованиям по обработке конфиденциальной информации, пройти обязательную экспертизу по вопросам защиты информации и получить соответствующее экспертное заключение.
В НСКС создаются сети сотовой и транкинговой радиосвязи, абоненты которых имеют возможность взаимодействовать между собой и с абонентами сетей стационарной связи НСКС в «закрытом» режиме (режиме шифрования), а также с абонентами сетей связи общего пользования в режиме открытой связи.
Планируется дальнейшее развитие специальной сети сотовой связи, модернизация стационарного телефонного компонента НСКС, развитие сети централизованного защищённого доступа органов государственной власти и местного самоуправления к ресурсам сети Интернет, создание единого защищённого информационного хранилища государственной информации.
Разработываются и внедряются средства КЗИ НСКС (защита цифровых потоков, многофункциональные средства защиты информации, средства абонентского засекр ечивания).
В конце 2005 года руководство ДСТСЗИ провело встречу с представителями отечественных средств массовой информации, впервые допустив журналистов в помещение, где функционируют коммутационные системы НСКС.
«Изюминкой» встречи с прессой была презентация ДСТСЗИ образцов мобильного терминала, который прошёл технические испытания в рамках создания в Украине специальной сети сотовой связи. Предварительные подготовительные этапы длились уже более трёх лет. На первом этапе были разработаны нормативные акты, которые определяли организационные основы, порядок создания и функционирования сети на базе ресурсов одного из отечественных операторов мобильной связи Украины.