Что стало с Дмитрием, осталось загадкой. Официально власти объявили, что Дмитрий пытался бежать, но был схвачен и убит. Труп якобы сначала закопали, а потом сожгли. Но труп Дмитрия никто не видел и, естественно, опознать не мог.
На престол взошел руководитель заговора боярин Василий Шуйский, но по стране сразу же поползли новые слухи: Дмитрий жив. Вместо него зарезали другого, а Дмитрий вторично спасся. Народ верил в чудом спасшегося Дмитрия.
Против Василия Шуйского поднимались восстания. Центром нового восстания стал Путивль.
Вождем восстания стал казачий атаман Иван Болотников, который получил царскую грамоту о назначении главным воеводой в путивльском войске.
Спасшийся Дмитрий объявился в Литве, а затем переправился в Староду, где и встретился с болотниковцами, которые признали его своим государем. Дмитрий двинулся с войсками к Москве и встал лагерем под Москвой в Тушине. Туда же прибыла Марина Мнишек, отпущенная из русского плена Василием Шуйским. Она признала спасшегося мужа.
Почти два года длилась осада Москвы. Только в марте 1610 года воевода М. Скопин-Шуйский с русскими и шведскими войсками освободил Москву от осады, но уже 17 июля 1610 года боярская Дума и войска свергли Василия Шуйского с престола.
Власть перешла в руки семи бояр. Дмитрий же был убит собственной охраной в Калуге.
Его жена Марина Мнишек с сыном скрылась у казаков в низовьях Волги. Она, находясь при сыне, законном наследнике престола, продолжала борьбу с помощью верных ей войск, возглавляемых Заруцким. Москву заняли поляки, но не надолго. Народное ополчение под руководством Минина и Пожарского, как известно, выгнало поляков.
Многие исследователи считают, что мысль о побеге в Литву родилась у Дмитрия в стенах Чудова монастыря. Кремлевский Чудов монастырь располагался под окнами царских теремов и являлся местом всевозможных интриг и политических страстей (Благочестивый царь Иван IV желчно бранил чудовских старцев за то, что они только по одежде иноки, а творят все, как миряне. Близость к высшим властям наложила особый отпечаток на жизнь чудовской братии. Как и в верхах, здесь царил раскол и было много противников новой династии, положение которой оставалось весьма шатким.).
Личность Дмитрия, естественно, вызывает противоречивые мнения. Если встать на позиции, что царевич был настоящий сын Ивана Грозного, спасшийся от смерти и получивший воспитание в Чудовом монастыре, то нельзя исключить, что его в монастыре мог навещать его брат Федор Иванович. Чудов монастырь находился рядом с Кремлем.
Федора Ивановича называют то слабоумным, то блаженным. Но, может быть, его блаженство есть следствие доброты его нрава, кротости и набожности. Как известно, согласно концепции А. Т. Фоменко, фантомным отражением Федора Ивановича является Андрей Боголюбский. Андрея Бого-любского слабоумным никто никогда не считал.
Имеются сведения, что у Федора Ивановича был литературный талант, что также не вяжется со слабоумием царя. Естественно, что Федор знал дворцовые интриги, был в курсе истории с ересью жидовствующих и знал «интригу» Василия III с Еленой Волошанкой и «связь» Ивана Грозного с женой сына Ивана, которого он убил на почве ревности.
Таким образом, можно предположить, что в воспитании малолетнего Дмитрия принимал участие его старший брат царь Федор Иванович. О своем царском происхождении Дмитрий, естественно, знал от Федора. Может быть, поэтому в дальнейшем Дмитрий во всем всегда вел себя так, словно не сомневался, что он законный государь — настоящий сын Ивана Грозного. Как писал Маржерет, «в нем светилось некое величие, которое нельзя выразить словами, и не виданное прежде среди русской знати и еще менее среди людей низкого происхождения, к которым он неизбежно должен был принадлежать, если бы не был сыном Ивана Васильевича».
Слухи о чудом спасшемся царевиче не утихали в России. Возрождение Дмитрия ждали. Это ожидание должно было чем-то оправдываться. И оно оправдалось.
Когда Дмитрий был провозглашен царем, он вел себя естественно, как действительный государь. Поражало его великодушие к своим врагам. Никаких казней практически не было. Когда астраханский архиепископ Феодосии пытался обличить Дмитрия в самозванстве, утверждая, что подлинный царевич давно умер, Дмитрий всего лишь отправил клеветника под домашний арест. Даже когда Шуйский стал распространять слух, что на престоле сидит самозванец, Дмитрий не казнит его, а предает суду боярам и собору из представителей всех сословий.
Когда Борис Годунов стал распространять версию, что Дмитрий всего лишь беглый монах Гришка Отрепьев, царевич, будучи тогда в Путивле, приказал найти подлинного Григория Отрепьева. Французский историк де Ту отмечал, что Гришку Отрепьева захватили в Лихвине и оттуда привели в Путивль. Подлинного Отрепьева ставили в Путивле «перед всими, явно обличаючи в том неправду Борисову».