С 1652 года патриархом становится Никон. Никон, по мнению Г. Флоровского, принадлежит к числу тех странных людей, у которых словно нет лица, но только темперамент. А вместо лица идея или программа. О церковной реформе Никона современники говорили и писали много, противоречиво. Он не знал по-гречески, но у него "была почти болезненная склонность все переделывать и переоблачать по – гречески, как у Петра впоследствии страсть всех или все переодевать по-немецки или по – голландски. Их роднит также эта странная легкость разрыва с прошлым, эта неожиданная безбытность, умышленность и надуманность в действии… Грекофильство Никона не было возвращением к отеческим основам, не было даже возвращением византизма. В "греческом" чине его завлекала большая торжественность, праздничность, пышность, богатство, видимое благополучие". Г. Флоровский справедливо отмечает, что противники Никоновой справы с основанием настаивали, что равняли новые книги "с новопечатанных греческих у немцев, с книг хромых и покидных… Главная острота Никоновой "реформы" была в резком и огульном отрицании всего старорусского чина и обряда. Не только его заменяли новым, но еще объявляли ложным, еретическим, почти нечестивым". На большом соборе 1667 года, где из 30 епископов 14 было иноземных, старый русский обряд был "заподозрен и осужден, под страшным крещением". Осуждена была русская церковная старина как невежество и безрассудство, как суемудрие и ересь. Под предлогом вселенской полноты старорусское заменяется новогреческим. По словам Г. Флоровского, – "это не было мнением греческой церкви, это было мнение странствующих "греческих" архиереев…".
Как отмечал русский историк С. Ф. Платонов, после Смуты участие иноземцев в русской жизни становится все более чувствительным. За годы Смуты они настолько распространились по Московскому государству, что стали знакомы каждому русскому. Верно отметил Г. Флоровский: "Здесь перед нами не случайные и бессвязные факты, но именно связь фактов. И не то важно, что в XVII веке в московский оборот входят разные западные мелочи и подробности. Но изменяется самый стиль или "обрядность жизни", изменяются психологические навыки и потребности, вводится новая "политесь" царя.
Волна "переписчиков истории" нарастала. Среди них был, например, Симеон Полоцкий. Это был довольно заурядный западнорусский начетчик, или книжник, но очень ловкий, изворотливый и спорный в делах житейских, сумевший высоко и твердо стать в озадаченном московском обществе (он является здесь в 1664 году), вернее, при московском дворе, как пиит или виршеслагатель, как ученый человек для всяких поручений. Сперва он учил приказных "по латиням", по неизбежному Альвару, потом стал учителем царевичей Алексея и Федора. Он составлял речи для царя, писал торжественные "объявления" царя.
С приходом на престол Романовых отдаются приказы в монастыри для сбора документов и книг с целью их исправления. Собирались и люди для "книжной справы". Так, в ноябре 1616 года архимандрит Дионисий, келарь Авраамий Палицин и вся братия Троицкого монастыря получили царскую грамоту: "По нашему указу взяты были к нам в Москву, из Троицкого Сергиева монастыря, канорхист старец Арсений, да села Клементьева поп Иван, для исправления книг печатных и Потребника… И мы, – продолжает царь, – указали исправление потребника поручить тебе, архимандриту Дионисию, а с тобою Арсению и Ивану и другим духовным и разумным старцам…" (Соловьев С. М. Чтение и рассказы по истории России. М., 1989.)
В эти годы начинается активная работа по ревизии библиотек, книгохранилищ, архивов. Документы часто просто уничтожались.
Царь Алексей Михайлович в середине XVII века повелел доставить к нему все имеющиеся в столице книги по истории Руси, но ни в царской, ни в патриаршей библиотеках не нашлось ни одной исторической книги (Бочаров Л. И. и др. Заговор против русской истории. М., 1998.).
К сожалению, историки уделяли крайне мало внимания вопросу искажения источниковой базы XVII века. Ученые конечно же находили явные подделки в книгах XVII века. Так, например, Карамзин обнаружил в Хрущевском списке Степенной книги пересказ речи Ивана Грозного на Лобном месте в 1550 году. Известный историк-архивист В. Н. Автократов доказал, что фальшивая речь Грозного была сфабрикована в XVII веке (Автократов В.Н. Речь Ивана Грозного 1550 года как политический памфлет конца XVII века // Труды Отделения древнерусской литературы. М.; Л., 1955.). Азнаменитая переписка Грозного с князем Курбским, по мнению некоторых ученых, является литературным произведением, написанным С. Шаховским в XVII веке. Но это, к сожалению, были только единичные факты обнаружения искажений в источниках по истории России.
Факты искажения источниковой базы исторической науки яснее прослеживаются в XVIII веке, когда активно начинается процесс создания новой (искаженной) истории России.