Немалые силы были брошены царем против повстанцев. В состав карательных корпусов были включены отборные войска, имевшие опыт боевых действий, гвардейские дивизии и казачьи полки. Во главе отрядов стояли офицеры, знакомые с приемами партизанской войны горцев Кавказа.
Трехсоттысячной вышколенной армии противостояли отряды восставших, общая численность которых не превышала 40 тысяч вооруженных бойцов. Но какое у них было оружие! Большинство повстанцев имело старые охотничьи ружья, уцелевшие от конфискаций во время многочисленных обысков и облав. Многие имели косы, вилы, топоры, иные вооружались дубинами. Редко можно было встретить в руках повстанцев дальнобойный штуцер. Несмотря на превосходство сил, каратели с начала боев не одержали решающей победы. Опираясь на сочувствие и поддержку местного населения, хорошо зная родные леса, повстанцы вновь и вновь уходили звериными тропами из окружения.
В дремучие, труднопроходимые леса стекалась городская молодежь. Из университетов Петербурга, Москвы, Дерпта, Казани, Киева сотнями съезжались студенты…
Общее руководство восстанием в Литве осуществлял Виленский революционный комитет, в составе которого было несколько друзей Сераковского. Крестьяне Литвы и Белоруссии нападали на воинские команды, расставленные по селам, и не принимали условий грабительской реформы. Однако склонить чашу весов борьбы в свою пользу повстанцы все еще не могли. Время шло, лучшие люди гибли в неравной борьбе.
…Последние известия из Вильно и Варшавы потрясли Сераковского. Воспользовавшись отъездом революционной молодежи на театр военных действий, к руководству организацией повстанцев пробрались лица, страшившиеся крестьянских топоров более, чем царских войск. Друг Сераковского, пламенный белорусский революционер Кастусь Калиновский был отстранен от руководства восстанием. Правда, большинство повстанческих отрядов Литвы и Белоруссии не признавало новое руководство. Уж слишком явно защищало оно интересы польской аристократии.
В конце марта 1863 года Сераковский выехал из Петербурга. Официально он получил двухнедельный отпуск для поездки за границу. На самом же деле он намеревался пробраться к восставшим в Литву, а из Вильно послать военному министру рапорт об отставке. До сих пор он помогал повстанцам, оставаясь в столице, тайно руководя отправкой офицеров, оружия и боеприпасов, поддерживая контакт с русскими революционными организациями. Теперь, когда пламя борьбы уже бушевало, он не мог оставаться в столице. В Литве и Белоруссии решался вопрос, перейдет ли польское национальное движение в крестьянское, распространится ли оно далее на восток, удастся ли восставшим польским дворянам найти общий язык с литовскими и белорусскими крестьянами. Товарищи звали Сераковского в Литву, и он не мог не откликнуться на их зов.
В Вильно Сераковский остановился в гостинице Нашковского и в первый же день приезда нанес визит генерал-губернатору Назимову — командующему войсками Виленского военного округа. Это был несколько необычный визит. Нужно было не только выполнить формальность, но и попытаться разузнать о намерениях царского командования. Назимов, однако, больше интересовался новостями из столицы, жизнью двора, расспрашивал о здоровье членов августейшего дома — он был в молодости воспитателем Александра, в то время еще наследника. В завязавшейся беседе он «бросил все же несколько фраз, из которых было видно, что командующий войсками считает мятеж уже подавленным и в этом духе составляет донесение военному министру.
Сераковский, слушая светскую болтовню Назимова, рассеянно поддакивал ему и кивал головой. Мысли его были далеко. Что противопоставить царским войскам, стянутым в Литву? Как поднять народ, крестьян, чем вооружить их?
Вечером в номере у Сераковского собрались несколько офицеров, вместе с ним готовившихся перейти к повстанцам. Разложив на столе военно-топографические карты, долго обсуждали сложившуюся обстановку. Было решено, что Сераковский выедет в Жмудь и возглавит повстанцев, действующих у морского побережья. Звеждовскому — капитану генерального штаба, старому товарищу Сигизмунда — предложили выехать в восточную Белоруссию и поднять там восстание местных крестьян. Остальные офицеры должны были выехать в отряды, действовавшие на Виленщине и Гродненщине. Было решено, что к концу апреля отряды повстанцев продвинутся на восток. К этому времени должны были начать активные действия революционные силы внутренней России. Революционные эмигранты в Лондоне и Париже должны были закупить и доставить к месту боев оружие и боеприпасы. Решающим участком борьбы считали приморские районы Литвы.
Ночью, проводив друзей, Сераковский написал военному министру Милютину письмо, в котором сообщил, что переходит на сторону восставших соотечественников и иначе поступить не может.