В 1941г. Хаббарду удается поступить в резерв ВМФ, а немногим позже он был направлен офицером в действующие части ВМФ США. За несколько месяцев службы Хаббард успел настолько "прославиться," что вскоре был отправлен обратно в США. Одним из "военных подвигов" Хаббарда был 55-часовой бой, в который он, командуя небольшим судном, сумел вовлечь часть флотилии США против того, что Хаббард посчитал двумя японскими подводными лодками. Кроме него самого, как показало расследование этого инцидента, никто из офицеров других судов ни одного признака присутствия лодок не заметил.
Закончил Хаббард свой героический поход орудийным залпом по острову, принадлежащему союзной Мексике, который к тому же оказался обитаем. Неудивительно, что после этого контр-адмирал Брайсет в рапорте о служебном несоответствии писал: "...Данного офицера отличает полное отсутствие таких необходимых качеств, как оценка окружающей обстановки, лидерство и способность к совместным действиям. Он не задумывается о возможных последствиях своих поступков...." До конца войны Хаббард прослужил на тыловых должностях и не получал ни 21, ни 27 (по противоречивым сайентологическим данным) медалей и орденов, а только 4 рядовые медали за выслугу лет.
Последние месяцы войны Рональд провел в госпитале в Окленде, но не по причине боевого ранения, как утверждают сайентологи, а с диагнозом язвы двенадцатиперстной кишки. С момента поступления в госпиталь до увольнения из флота его зрение заметно ухудшилось, что позволило Хаббарду впоследствии получать пенсию в Федеральной администрации ветеранов.
В августе 1945г. на одной из вечеринок Хаббард знакомится с человеком по имени Джон (более известным под именем Джек) Уайтсайд Парсонс, учеником Алистера Кроули (одного из самых известных сатанистов ХХ века, называвшего себя "зверем 666" и "рабом антихриста"), главой Пасаденской "Ложи агапы" Ордена Восточного Храма (Ordo Templi Orientis, OTO). Выйдя в отставку в декабре 1945г., Хаббард оставляет первую жену с двумя детьми и начинает заниматься с Парсонсом черной магией и оккультизмом. Еще ранее, в 1938г., надышавшись "веселящим газом" во время операции у зубного врача, Хаббард пережил видение. Ему показалось, что он побывал в царстве мертвых и ознакомился с сокровищницей знаний. А в 1940г. интерес к оккультизму ненадолго привел Хаббарда в общество розенкрейцеров, где он прошел две ступени посвящения. Позднее кое-кто обратил внимание, что он включил в доктрину сайентологии элементы учения розенкрейцеров, которые обязался хранить в тайне.
Парсонс был одержим "сексуальным колдейством" (колдовским действом) Кроули и ознакомил с "колдейством" Хаббарда. Парсонс, Хаббард и женщина по имени Марджори Камерон осуществляли в марте 1946г. сексуальные ритуалы, целью которых было добиться рождения мистического существа Бабалон, "багряной жены," которая, по магическим представлениям, является средоточием вселенского зла. Записи их совместных магических действий были позже расшифрованы и опубликованы под названием "Бабалон действует." Сам Хаббард, не дождавшись воплощения, сбежал от Парсонса с круглой суммой денег и его подружкой, женился на ней (не будучи разведен с первой супругой, т.е. став двоеженцем) и продолжил уже собственные "колдейские" поиски, а также занятия гипнозом и оккультизмом. Впрочем, в 1946г. Парсонсу удалось через суд вернуть часть своих денег. Есть свидетельства, подтверждающие, что в течение всей своей жизни Хаббард не прекращал занятия черной магией, многие элементы которой нашли свое отражение в методологии, в учении и в практических приемах сайентологии. Кроме того, символика, использующаяся в церкви сайентологии, неоднократно встречается в различных оккультных и магических группах, в частности, в организациях Кроули. По всей видимости, и сама организация в целом является мистическим воплощением того духа всемирного зла, персонифицированное воплощение которого долгое время пытались осуществить посредством "колдейства" Кроули, Парсонс и другие отъявленные сатанисты ХХ века, в том числе и Рон Хаббард. Известно, что последние курсы посвящения ("уровни ДТ") содержат элементы языческих поклонений и что во время своих морских круизов основатель сайентологии исполнял разные ритуалы, в которых участвовали и его приближенные. Неоднократно Хаббард сообщал друзьям, что чувствует себя находящимся под защитой духа-хранителя в женском образе, которую он называл "Императрицей" и которая иногда бывает видна; правда, только ему одному. Так однажды Хаббард на вопрос своего приятеля как ему удалось написать "Дианетику" всего за три недели, ответил, что писал эту книгу автоматически, что она была продиктована ему "Императрицей." А в одной из статей он откровенно признался, что часто "автоматически пишет, автоматически говорит и обладает ясновидением." Таким образом, демоническое происхождение "наук" Хаббарда не оставляет сомнения.