В январе 1589 г. Константинопольский патриарх Иеремия II возвел московского митрополита Иова в патриаршее достоинство. Вслед за этим по его же благословению произошло возвышение и увеличение чинов русской церковной иерархии, чтобы сделать ее полномочной избирать патриарха на соборе. В 1590 г. Иеремия II созвал в Константинополе собор, который признал патриаршество автокефальной Русской Церкви, утвердив за Патриархом Московским и всея Руси пятое место в иерархии предстоятелей автокефальных православных церквей. С введением патриаршества была окончательно закреплена автокефалия Русской Православной Церкви.
В середине XVII века идея симфонии светской и духовной властей нашла свое высшее воплощение в эпоху сотрудничества патриарха Никона и царя Алексея Михайловича (1652-58гг.). В тот период было осуществлено исправление церковных книг и обрядов по образцам Константинопольской и Иерусалимской Православных Церквей. Однако по наветам недоброжелателей (среди которых особую роль сыграли дипломаты Ватикана) патриарх был оклеветан, низложен и сослан в Соловецкий монастырь. Начинается период государственного диктата в делах Церкви, гармония государственного и церковного начал нарушается. Искусственно разжигаются противоречия между сторонниками старых обрядов и властей, приводивших богослужение в соответствие с уставами Константинополя и Иерусалима. Русская Церковь переживает раскол.
Эпоха Петра I принесла новые испытания Церкви. Все национальное преследовалось, церковность изгонялась из уклада жизни высших сословий, процветали рационализм, безверие, а порой и прямое богохульство. В 1720 г., по поручению Петра I и по образцу протестантских стран, был составлен "Духовный регламент" - законодательный акт об управлении Церковью. Согласно "Духовному регламенту," высшей властью в Церкви обладает император, от имени которого церковное управление осуществляет духовная коллегия, получившая наименование Святейший Синод. Она формировалась императором и возглавлялась президентом в сане митрополита. Фактически руководителем церковного ведомства был обер-прокурор Святейшего Синода, "око государево в Синоде" - чиновник, осуществлявший надзор за его деятельностью, а возглавление церковной иерархии соборно избранным патриархом упразднялось. Целью этих нововведений являлась полная ликвидация независимости священства от государственной власти. Делалась попытка превратить Церковь в один из государственных институтов.
Императрица Екатерина II продолжила эту политику, лишив Церковь остатков экономической самостоятельности. Согласно Манифесту от 26 февраля 1764 г. большая часть монастырских и архиерейских вотчин передавалась под полное управление Коллегии экономии Синодального правления.
Несмотря на давление государственной власти, русское монашество в синодальный период (1720-1917гг.) пережило новый расцвет, связанный с восстановлением традиций старчества. Согласно православной аскетической традиции, старец - это духовно опытный монах (независимо от возраста и иерархического положения) благодаря своему подвижничеству получивший благодатные дары Святого Духа: прозорливости, исцеления, чудотворения.
Восстановление и развитие традиций старчества связано с именами преподобного Паисия Величковского (1722-1794 гг.), преподобного Серафима Саровского (1759-1839 гг.), святителя Феофана Затворника (1815-1894 гг.), оптинских старцев, особенно преподобного Амвросия Оптинского (1812-1891 гг.). XIX век становится веком постепенного возвращения России в Церковь.
В начале XX века Русская Православная Церковь являлась самой крупной из всех поместных православных церквей. В ней насчитывалось 55 тыс. храмов, 100 тыс. священников и диаконов. В 1242 монастырях проживало более 50 тыс. монахов. Церковь имела 64 епархии и около 40 викариатов; ее епископат составлял свыше 100 архиереев. В начале 1917 г. из 182 млн. жителей Российской империи 115 млн., или более 63%, составляли лица православного вероисповедания.
Революция 1917 года в православном сознании стала испытанием веры. Земное православное царство было отнято, однако в день отречения св. царя-страстотерпца Николая II от престола, в селе Коломенском была явлена Державная икона Божией Матери, на которой Богородица держит в Своих руках символы царской власти - державу и скипетр, знаменуя не исчезновение, но вознесение на небо царской власти. Вскоре после постановления Временного правительства "О свободе совести" и отмены института обер-прокурорства, с 15 августа по 9 декабря 1917 г. в Москве прошла Первая сессия Поместного Собора Российской Православной Церкви, на которой присутствовало 564 человека - 265 духовных лиц (из них 80 епископов) и 299 мирян. Главным событием сессии стало решение о восстановлении в России патриаршества. Патриарх был выбран жребием из трех представленных кандидатов, набравших на Соборе наибольшее число голосов. Им стал митрополит Московский Тихон (Белавин).