У животных повышается температура тела до 40–41 °C, отмечаются вялость и отказ от корма. В первый или на второй день болезни у поросят появляется конъюнктивит, слизистое или слизисто-гнойное истечение из носовых отверстий, чиханье и кашель. У некоторых животных (до 15 %, по Тарасенкову) из ноздрей начинает выделяться кровянистая жидкость. В результате непрерывного подсыхания ее в области пятачка образуются корки, напоминающие струп. Вследствие набухания слизистой оболочки носа и сужения воздухопроводящих путей дыхание больных сопящее.
Общее состояние животных характеризуется депрессией, переходящей иногда в прострацию. Свиньи лежат, зарывшись в подстилку, не реагируя на окружающее. Если их заставить встать, они поднимаются неохотно, в этот момент у них довольно часто отмечаются приступы болезненного кашля. При типичном течении болезни у животных появляются признаки воспаления легких. Из носовой полости выделяется пенистая жидкость, дыхание становится затрудненным, выраженного брюшного типа. Для облегчения дыхания больные часто принимают позу сидящей собаки. Из-за ослабления сердечной деятельности кожа больных в области живота и конечностей приобретает синюшную окраску. У некоторых животных отмечаются расстройства функции желудочно-кишечного тракта (запоры, поносы), у подсосных свиноматок резко уменьшается молочная продуктивность, что ведет к гибели приплода.
Для инфлюэнцы характерно также поражение мышц и суставов конечностей, больные с трудом передвигаются, а при стоянии подгибают под себя задние ноги. У некоторых животных наблюдается сильное опухание лимфатических узлов, особенно надколенных и предлопаточных.
При благоприятных условиях содержания и высокой резистентности организма животных болезнь протекает остро и продолжается 7—10 дней. У слабых животных болезнь осложняется геморрагической септицемией, быстро приводящей больных к смерти. Летальность при типичном течении болезни не превышает 1–4 %. Молодняк переболевает тяжелее, погибает примерно 25 % больных. Редко, особенно при так называемом «злокачественном течении инфлюэнцы» (Шерстобоев и Гаклин), летальность может составлять 60 % и более. Иногда в свиноводческих хозяйствах погибают все свиньи, так как часть животных ввиду их очень тяжелого состояния приходится забивать на мясо.
При подостром течении инфлюэнцы у больных наблюдают гнойную или некротическую пневмонию. Такие животные через 15–30 дней после начала заболевания погибают. Выздоровевшие поросята остаются заморышами.
Иногда у животных, перенесших острый приступ инфлюэнцы, через 5—10 дней после клинического выздоровления возникают рецидивы болезни. Прогноз при этих вторичных заболеваниях, как правило, благоприятный.
Клинические признаки при инфлюэнце, протекающей атипично, малозаметны. Отмечают кашель, слизистое выделение из носа, учащенное дыхание, пониженный аппетит. Воспаления легких не бывает, температура тела может быть нормальной. При благоприятных условиях содержания животные выздоравливают через 3–6 дней.