Что это была разведка, подтверждает и тот факт, что многие офицеры, плававшие в первом походе фрегата «Надежда Благополучия» в Средиземное море, позже, в 1768–1769 годах были назначены на корабли эскадр Г. А. Спиридова, Дж. Эльфинстона, И. Н. Арфа, готовившиеся к отправке в Архипелагскую экспедицию. Понятно, что на корабли экспедиции требовались офицеры, имевшие опыт плавания в Средиземноморье, ибо, как писал Веселаго: «Императрица заметила по поводу отправления эскадры в Архипелаг, что «Гибралтар нашим (морякам) казался конец света»».
По возвращению «Надежды Благополучия» в Кронштадт и постановке фрегата в док выяснилось, что подводная часть наружной обшивки корпуса — доски дюймовой толщины — глубоко источены червями, и их пришлось целиком заменить. Во время подготовки кораблей Архипелагской эскадры к переходу в Средиземное море опыт этого первого средиземноморского похода был учтен, и подводные части всех кораблей обшили снаружи дополнительным рядом дубовых досок с прокладкой из овечьей шерсти, чтобы корпуса не источил морской червь. Поэтому эскадру и стали называть «обшивной».
Для лучшей подготовки Архипелагской экспедиции капитана Ф. С. Плещеева назначили цейхмейстером — начальником артиллерии флота. Тогда эта должность приравнивалась к контр-адмиралу.
Забегая вперед, скажу, что Ф. С. Плещеев, назначенный флаг-капитаном на флагманский корабль адмирала Г. А. Спиридова «Святой Евстафий», геройски погибнет в Хиосском сражении с турками при взрыве корабля 24 июня 1770 года.
Изменение политики Российской империи на международной арене, которая стала не только составлять противовес, но даже угрожать Австрии и Франции, привело к тому, что, как писал Ф. Веселаго, анализируя причины войны: «…было желание ослабить Россию посредством войны с Турцией, которая подаваясь внушениям Франции, в 1768 году воспользовалась ничтожным предлогом и объявила России войну».
Сразу после объявления Турцией войны России императрицей были организованы контакты с греческим и славянским населением Османской империи, с целью помощи русскому делу со стороны греков и славян. В рескрипте от 29 января 1769 года Екатерина II писала:
«Мы сами уже… помышляли о учинении неприятелю чувствительной диверсии со стороны Греции, как на твердой земле, так и на островах Архипелага, а теперь получа… известия о действительной тамошних народов склонности к восстанию против Порты, не сомневаемся в успехе».
После этого немедленно были приняты энергичные меры «к подпаливанию Турецкой империи со всех четырех углов». На Государственном Совете, в котором председательствовала сама Екатерина, решено было: «вести войну наступательную и одну армию направить к Днестру для вторжения в неприятельские пределы, а другую в Украину. Конечными целями войны представлено освобождение христианского населения Турции, утверждение России на берегах Азовского и Черного морей и открытие через них свободного торгового пути в Средиземное море». И далее: «Самым смелым морским предприятием этой войны был проект… об отправлении русской эскадры в Средиземное море для действий против Турции со стороны Архипелага».
Понятно, что для ведения таких военных операций, в том числе для обеспечения деятельности флота на отдаленном морском театре, требовались деньги, и немалые. С этой целью Екатерина II увеличила налоги на двадцать процентов, но средств все равно не хватало. Тогда она ввела бумажные деньги — ассигнации, которые сразу стали дешеветь относительно серебра, зато позволяли казне делать закупки внутри страны практически даром. Но для обеспечения длительной деятельности флота за рубежом требовалась полновесная монета и бумажные ассигнации не годились. Чеканка денег из собственных запасов серебра и золота опустошила бы казну, и поэтому было принято решение взять зарубежный заем — впервые за всю российскую историю. В то время центром европейских финансов была Голландия, ее золотой гульден принимался повсюду. В Голландии существовала фондовая биржа, банки и инвестиционные компании. Взятие денег у голландцев организовали в виде облигационного займа, номинал облигации — пятьсот тысяч гульденов. Заем требовал обеспечения, и императрица предоставила довольно необычный залог: таможенные сборы с ряда прибалтийских городов. Объем займа составил семь с половиной миллиона гульденов на десять лет под пять процентов. Этот заем позволил перебросить пять эскадр из Балтийского моря в Средиземное.
Приняв решение о финансировании военных действий в Средиземном море для нанесения оттуда удара по туркам, императрица писала своему послу в Англии графу И. Г. Чернышеву:
«Туркам с французами заблагорассудилось разбудить кота, который спал; я сей кот, который им обещает дать себя знать, дабы память нескоро исчезла. Я нахожу, что мы освободились от большой тяжести, давящей воображение, когда развязались с мирным договором; надобно было тысячи задабриваний, сделок и пустых глупостей, чтобы не дать туркам кричать. Теперь я развязана, могу делать все, что мне позволяют средства, а у России, вы знаете, средства немаленькие».