Начиная с 1059 г., папа (епископ Рима) избирался коллегией кардиналов (конклавом). Императоры Священной римской империи, а иногда и группировки заговорщиков пытались оказать давление и воздействовать на выборный процесс, что приводило к усилению напряженности. С 1309 г. папы избрали своей резиденцией Авиньон, где они оставались до 1377 г., удалившись от беспорядков и отсутствия стабильности, царивших в Риме. Свои решения папы опубликовывали в буллах (послание или обращение Папы Римского) или в канонах церковных соборов, которые далее расходились по всем епархиям в виде синодальных уставов. Архиепископы метрополий стояли во главе провинций, состоящих из нескольких епархий под руководством викарных епископов. Епископы исполняли не только религиозные функции, но, начиная с XI в., отправляли также и правосудие в рамках подвластной им юрисдикции (церковный суд, введенный в XII столетии), проводя разбирательство и вынесение судебных решений по делам, связанным с исповедованием ересей, богохульством, внутрисемейными проблемами, расследовали споры о церковных доходах и т. д. Епископ осуществлял отправление культа в соборе (где на возвышении, с которого произносились проповеди, стоял его стул с высокой спинкой), ему помогали каноники, составлявшие соборный капитул. Епископ нес ответственность за религиозную жизнь в подвластной ему епархии. Кюре был приходским священником и самым близким и доступным для верующих служителем культа, совершавшим религиозные обряды в приходской церкви (имевшей монопольное право на их совершение). При непосредственном участии церкви рождались, жили, заключали браки и отправлялись в последний путь на приходское кладбище. В обмен на оказываемые религиозные услуги кюре мог взимать плату с прихожан. Раз в год епископ должен был совершать объезд приходов своей епархии, чтобы выявить уровень знаний кюре, состояние церкви, а также правильность и регулярность отправления культа. Теоретически кюре также раз в год были обязаны являться в синод к епископу, который напоминал им о необходимости заботиться о душе (cura animarum) и сообщал последние каноны, опубликованные церковными соборами. В некоторых приходах отправление религиозного культа осуществлялось монастырями. Светский патронаж над приходскими церквями постепенно уступал место власти епископа, назначавшего самого достойного, по его мнению, человека для исполнения этих функций. Прихожане объединялись в церковные советы, возглавляемые управляющим делами их общины, на которую возлагалась часть расходов по поддержанию культовых зданий. У приходских церквей были конкуренты в лице частных молелен и часовен, а, начиная с XIII столетия монахи нищенствующих орденов получили право проповедовать и причащать во всем христианском мире.
Укрепление папской власти
В течение долгого периода выборы епископов находились в ведении принцев и суверенов. В 1075 г. Папа Григорий VII изданием «Диктата папы» отменил выборы духовных лиц светской властью. После долгой и изнурительной борьбы духовенства с империей на Вормском соборе в 1122 г. был найден компромисс, закрепленный Вормским конкордатом. Положения этого документа были приняты во многих странах. Этим соглашением предполагалось наличие двух аспектов епископальных функций: светского и духовного. Выборы епископа были свободными (он избирался канонниками собора), но происходили в присутствии представителя, делегируемого императором. Архиепископ совершал церемонию посвящения вновь избранного в сан епископа, вручая ему посох и кольцо (инвеститура посохом и кольцом), император же наделял его политическими правами в соответствии с его чином (инвеститура скипетром).
Достигнутый компромисс покончил с многолетними спорами, вызванными выборами епископов (а также и аббатов), но не решил основной проблемы равновесия между императорской и папской властью (кто мог править миром?), приводя к непосредственным столкновениям между представителями обеих ее ветвей в Италии и к сложным сплетениям союзов, заключаемым с суверенами различных европейских государств. «Диктат папы» Григория VII утверждал превосходство папской власти, незыблемой и нерушимой, поскольку папа являлся наместником Христа на земле. Папа имел право низложить короля или императора, освобождать их подданных от клятвы верности, данной своим суверенам, если эти последние не будут надлежащим образом исполнять свой христианский долг и не покоряться папской власти. Этот документ был первым проявлением теократии понтификов, заложившим программу деятельности на длительный период (в частности, деятельность Иннокентия III (1198–1216 гг.) и Григория IX (1227–1241 гг.).