В больнице святого Антония госпитальеры специализировались на врачевании отравления спорыньей (эпидемия, прокатившаяся по Европе в X–XII вв.). А исцелением слепых занимались в госпитале Кенз-Вен, основанном Людовиком Святым. Существует мнение, что в этих благотворительных заведениях отсутствовали специалисты, имеющие медицинское образование, хотя в действительности многочисленные представители церкви и монахи, работающие в них, не будучи дипломированными врачами, обладали несомненными медицинскими знаниями и умениями. Именно в монастырях тщательно и бережно хранили рукописные медицинские труды с аннотациями к ним. Совмещая медицинские знания с религиозными убеждениями, эти люди оказывали больным услуги и лечение, поддерживая их в духовном смысле (приводя в пример Иова как образец терпения), подготавливая их к смерти и прося в своих молитвах о даровании здоровья и успехов лицам, оказывающим покровительство этим заведениям. Каноники, руководящие Ланским госпиталем, были широко известны во всем королевстве. Их эффективные методы лечения и услуги, которые, в принципе, они оказывали неимущим слоям населения, были также востребованы в среде аристократов и местной буржуазии. Больницы при монастырях возглавлялись сведущими в медицине представителями духовенства, иногда они отправлялись по местным сельским медицинским заведениям для оказания врачебной помощи населению. Хильдегарда Бингенская (1098–1179 гг.), знаменитая аббатиса бенедиктинского монастыря, настоятельно советовала в своих сочинениях использовать лекарственные травы, минералы и драгоценные камни для лечения некоторых заболеваний.
Однако с конца XII в. и особенно в XIII столетии происходит отделение медицины от церкви. Не обладая священническими санами, светские представители новых поколений врачей прослыли в народе жадными, хотя оплата оказываемых ими услуг была для них жизненной необходимостью. Светские врачи участвовали в комиссиях по освидетельствованию прокаженных и подтверждению (или опровержению) диагноза, а также изучали архивы госпитальеров. А в это же время церковь эпохи григорианской реформы без устали напоминала некоторым религиозным орденам, что они слишком вовлечены в медицинскую деятельность в ущерб проповедничеству и нарушают запрет церкви на пролитие крови. Постепенное отторжение церкви от врачебной практики совпало по времени с появлением корпораций врачей и аптекарей. Услуги, не требующие высокой квалификации (кровопускания, мелкие операции) оказывались цирюльниками, хирургами и повитухами (родовспоможение).
Оставляя занятие медициной светским лицам, церковь продолжала выражать кардинальное недоверие по отношению к разного рода целителям, и в частности, по отношению к vetulae (старые женщины, «бабки», ведающие травами и обладающие некоторыми эмпирическими знаниями). «Книга простых медицинских средств» Матьё Платеария, появившаяся в Салерно между 1130 и 1160 гг., стала настоящей библией для аптекарей всей Европы. Салернская медицинская школа вообще пользовалась высокой репутацией, хотя доверие к ней с введением в число ее членов женщин постепенно стало падать. Во Франции Шартрская школа (XI и XII в.), а затем Парижский университет начали теоретические исследования в области медицины. Целью школы города Монпелье, входившего в состав Арагонского графства, а затем Майорки (с 1204 по 1349 г.) было наблюдение за больными. В ней преподавал Арно де Вильнёв (умер в 1311 г.), врач пап, написавший «Зеркало введения в медицину» и «Различные направления медицины». Наряду с дипломированными врачами, на юге Франции работали еврейские врачи, получившие большое признание и образовавшие свою собственную школу. Апогей расцвета их деятельности пришелся на XII столетие, и, несмотря на запреты церкви, их пациентами были многие христиане; впоследствии школа пришла в упадок в результате гонений, которым подвергались евреи.
Средства, к которым прибегали средневековые врачи для постановки диагноза, были немногочисленными: измерение частоты пульса, исследование особенностей крови и флегмы (слизистых выделений), желчи (черная или желтая) и мочи.