10 января 1439 г. папа Евгений IV принял решение перенести собор из Феррары во Флоренцию, где уже в феврале 1439 г. возобновились соборные заседания. Предметом обсуждения вновь стали вопросы богословия (различия в учении об исхождении Духа Святого в православной и католической традиции и прочее). Недовольный император хотел поскорее прекратить богословские дискуссии, найти компромисс и объединиться с западными христианами. В этом его поддерживали Виссарион Никейский и Исидор Киевский. Византийской делегации вновь урезали содержание, так что греки терпели большую нужду. Марк Эфесский соглашался на соединение с латинянами только при условии, что из Символа веры будет исключена прибавка филиокве. Католики категорически отказывались пойти на это. Позицию митрополита Марка разделяли всего четыре или пять византийских архиереев. Большинство остальных колебались, постоянно испытывая на себе давление со стороны императора. Патриарх Иосиф, смертельно больной, также стал склоняться к тому, чтобы пойти на уступку латинянам, оправдывая это политической выгодой для гибнущей Византии. Видя бесплодность богословской полемики с греками, католическая сторона фактически поставила византийской делегации ультиматум, требуя, чтобы Восточная церковь приняла латинское учение и заключила унию в кратчайшие сроки — к Пасхе47
.10 июня 1439 г. скончался патриарх Константинопольский Иосиф II. Таким образом, византийская делегация лишилась своего лидера. Между тем давление на греческую делегацию со стороны католиков усилилось. Исидор первым начал доказывать необходимость принятия унии на условиях, предложенных папой, и решительно повлиял на византийского императора, пользуясь своим авторитетом гуманиста, философа, богослова. Церковные историки объясняют такое поведение митрополита по-разному. Одни — его крайним патриотизмом в отношении к Византии. Другие — его личным честолюбием, «желанием занять то блестящее и высокое положение в римской иерархии или латинском духовном царстве, которое он потом действительно занял: кардинал-пресвитер и легат от ребра апостольского (legatus de latere) для провинций: Литвы, Ливонии, всей России и Польши (т. е., вероятно, Галичины)»48
. Если в Ферраре еще имел место элемент дискуссии, то во Флоренции «дискуссионность и коллегиальность в поиске единства заменяются дипломатией и интригами»49. В процессе работы собора, как отмечает суздальский иеромонах Симеон, некоторые из греков «усладишася злата ради и чести, начата к Папе часто приходити, и что слышаша от греков, и то поведаша Папе»50. В ход были пущены все средства, чтобы принудить греков к принятию римско-католических догматов и заключить унию. Так, за упорное нежелание греческих богословов принять Filioque папа пошел на хитрость: взяв на себя все финансовые обязательства по содержанию православных греческих делегаций, прибывших на собор, он постепенно начал урезать средства на их содержание и в конце концов вовсе прекратил финансирование. В свою очередь византийский император Иоанн VIII Палеолог запретил греческим иерархам при любых обстоятельствах покидать Флоренцию и не скупился на разные обещания и подарки: «укорял их в нерадении об общем благе, напоминал им о бедствиях отечества, выставлял выгоды от заключения мира с латинянами, грозил своим гневом»51.Такое давление заставило православных делегатов собора уступить. Почти все греческие иерархи, за исключением Марка Эфесского, признали папу главою церкви, «наместником и местоблюстителем Иисуса Христа, с тем, однако ж, чтобы сохранены были права и имущества Восточных патриархов; приняли и латинское учение о чистилище, об освящении даров и об опресноках в Евхаристии с условием, чтобы таинство могло быть совершаемо и на квасном хлебе. Они были доведены до того, что самый акт о соединении с латинами подписали, не прочитав его предварительно: содержание его знали только составители его…»52
. Заседания собора затянулись, а между тем из Константинополя приходили тревожные известия о росте турецкой активности.5 июля 1439 г. были наконец подписаны документы Ферраро-Флорентийской унии: «И полиса Папа Еугении, и царь Греческыи Иоан, и все гардиналове, и митрополиты подписаша на грамотех коиждо своею рукою»53
. Глава русской делегации митрополит Исидор безоговорочно подписал акт об унии церквей. Его греческая подпись гласит: «Исидор, митрополит Киевский и всея Руси и представитель Апостольской кафедры Святейшего Патриарха Антиохийского Дорофея, с любовию соглашаясь и соодобряя, подписую».