16 октября 1307 года Филипп IV направил всем монархам христианского мира послание, в котором уведомлял о раскрытии ереси тамплиеров и просил принять против них соответствующие меры. Гийом де Ногаре мобилизовал даже трубадуров, которые стали выступать с песнями, разоблачавшими преступления тамплиеров.
Во всех бальяжах и сенешальствах королевства допросами занимались сборные комиссии, составленные из братьев-доминиканцев и рыцарей или сержантов короля. Храмовники путались в показаниях, вырываемых у них силой, вероятно, не могли правильно повторить то, что от них требовалось. Сумбура добавляло и то, что и сами следователи, включая их начальников, постоянно меняли сценарий. «Идол» тамплиеров принимал все более фантастические формы: голова человека, бородатого или безбородого, молодого или старого, с двумя или четырьмя лицами, стоящего на четвереньках, с телом человека, кошки, свиньи и т. д. За ним укрепилось наименование «Бафомет», что, возможно, является провансальской формой имени Магомет. Ногаре изменял и постепенно усиливал свои обвинения, добавив к ним содомию и черную магию. Отдельным пунктом шло обвинение ордена в том, что его Великий магистр, не будучи священнослужителем, исповедовал и давал отпущение грехов.
Пребывавший в полном неведении Климент V, узнав о начале арестов, направил королю довольно резкое послание: «Ты, мой дорогой сын… в наше отсутствие нарушил закон, подняв руку на орден Храма и его имущество. Ты даже арестовал его членов и, что гнетет меня сильнее всего, обошелся с ними без должной терпимости и снисходительности… усугубив и без того тяжелое положение заключенных дополнительными страданиями. Ты посягнул на людей и имущество, находящихся под прямой защитой римской Церкви… Для всех очевидно, что твои поспешные действия являются неуважением к нам лично и ко всей римской церкви». Впрочем, противостоять монарху, благодаря которому он и пришел к власти, папа не мог. 27 ноября папа Климент V разослал буллу, в которой приказывал арестовать тамплиеров и в других странах, однако в Германии, Англии и Испании с ними поступили не столь решительным образом. Да это было и не важно, ведь центр ордена, безусловно, находился во Франции. Так что, 13 октября
1307 года орден, по большому счету, прекратил свое существование. Его казну и большинство земельных владений во Франции присвоил себе Филипп, хотя и до сих пор ходят легенды, что золото храмовников в день облавы уплыло из Ла-Рошели в неизвестном направлении.
В начале декабря папа направил в Париж двух кардиналов, чтобы разъяснить королю, что тамплиеров, как монахов, следует передать в руки духовных лиц. Филипп передал их, но тем кардиналам, которые полностью находились под его контролем. Узников распределили между парижским Тамплем, замком Корбей, замком Море-сюр-Луэн и прочими укрепленными местами.