Филипп IV забеспокоился, ведь дело принимало неожиданный для него оборот. Чиновники «подкинули» комиссии нескольких свидетелей в противовес появившимся защитникам. Некоторые из этих свидетелей были мирянами, и их показания основывались лишь на слухах. Они рассказывали о существовании тайного Устава, неприличных собраниях, ужасных тюрьмах ордена. Характерны показания оруженосца Николя Симона, который ничего не смог добавить к этим россказням и сказал, что ничего не знает о предъявленных ордену обвинениях, «однако давно подозревал, что упомянутый орден нехорош».
Видя, что папская комиссия дает все возможности тамплиерам для защиты, Филипп Красивый решил переключиться на епископские расследования по делам отдельных членов ордена. Главную ставку он сделал на следствие в провинции Сане, куда в то время входил и Париж. Архиепископом Санским был Филипп де Мариньи – брат восходящей звезды королевского правительства Ангеррана де Мариньи. Он должен был собрать провинциальный церковный собор, чтобы еще до Вселенского собора вынести вердикты по делу некоторых тамплиеров, находившихся на его территории. Поняв, что такой собор будет направлен в первую очередь против тех, кто защищал орден перед лицом папских уполномоченных в Париже, Пьер де Болонья подал апелляцию председателю папской комиссии архиепископу Нарбона Жилю Анселену. Последний же, не желая ссориться с королем, попросту устранился от рассмотрения этого протеста. Тем временем архиепископ Санский делал свое дело. Около полусотни тамплиеров, вызвавшихся защищать орден перед папской комиссией, были сожжены по приговору епископского суда в предместье Парижа. Это было наглядной иллюстрацией того, что терпение короля исчерпалось и рыцарям-храмовникам все равно не избежать осуждения. Через несколько дней еще четверо тамплиеров встретили свою смерть на костре, а прах бывшего казначея парижского Тампля Жана де Тура был извлечен из могилы и сожжен. Вскоре девять человек были сожжены в Санлисе по приказу совета провинции Реймс. Так вопрос решался и без участия папской комиссии, которая либо не могла, либо не хотела что-либо этому противопоставить.
Вскоре на допрос в провинциальный суд был вызван и Рено де Провен – как частное лицо и уроженец провинции Сане. Он был лишен своего сана и не мог более выполнять функции защитника тамплиеров. Без вести пропал Пьер де Болонья… Через небольшой промежуток времени документы начали описывать совсем других обвиняемых – смирившихся. Историки полагают, что в темницах перед допросами со стороны папской комиссии с этими тамплиерами «работали» люди короля, впечатлила «адвокатов ордена» и казнь рыцарей в Париже. На заседания комиссии свободный доступ имели и Гийом Парижский, и Гийом де Ногаре. Вероятно, в их присутствии прошедшие через пытки подследственные не спешили отказываться от своих признаний. В конце 1310-го и первой половине 1311 года многие из тех тамплиеров, которые ранее собирался защищать орден, теперь всячески открещивались от этого решения. Они ссылались на внезапные приступы болезни, дурные советы и т. д. Протоколы заседаний папской комиссии свидетельствовали, что многие при этом были сильно напуганы.
Созванный папой в октябре 1311 года во Вьенне XV Вселенский собор отказался уничтожить самый могущественный союз рыцарей-крестоносцев: лишь пять кардиналов из 140 проголосовали за упразднение ордена, остальные приняли решение просить для него защиты. Кардиналы требовали беспристрастного расследования. Так обозначилась попытка воспрепятствовать тому, чтобы светские власти диктовали свои условия церковным. Хотя, не исключено, что большее значение имел для кардиналов вопрос о том, кто будет делить имущество храмовников. Сам Климент настаивал, чтобы оно было передано рыцарям ордена Св. Иоанна – то есть госпитальерам. В ходе собора произошел драматический эпизод, когда неожиданно явились девять тамплиеров, заявивших, что они хотят защищать орден. По их утверждению, в окрестностях Лиона находилось еще полторы-две тысячи братьев. Напуганный неожиданным поворотом дела папа приказал арестовать незваных гостей. Влияние на кардиналов падало. Многие из них открыто говорили о том, что после перерыва собор следует перенести в другой город, где не будет опасности вмешательства французского короля.