В Таншу в описании владения Ниньюань сказано, что оно «собственно есть владение Боханьна, иначе Бохань. При династии Юань Вэй оно называлось Полона». И далее: «Местопребывание владетеля в городе Сигянь, на северной стороне реки Чженьчжу. Находится шесть больших городов и около 100 малых. Жители долговечны. Преемствие владетелей со времени династий Юань Вэй (386–535 гг.) и Цзинь (265–420 гг.) не прерывалось» (там же, с. 319).
В VII–VIII вв. население Ферганы, как и других областей Средней Азии, было занято непрестанной борьбой за свою независимость, на которую попеременно посягали тюрки, китайцы, тибетцы, арабы. Жители Ферганы, расположенной на восточной окраине среднеазиатского междуречья, должны были все время лавировать, заключая различные временные союзы то с одними, то с другими, но упорно не подчиняясь на длительный срок ни одному из противников.
В VI в. на землях Северной Монголии возникло новое централизованное государство, созданное алтайскими тюрками, — Тюркский каганат (551–744 гг.). В результате междоусобных войн в начале VII в. (в 600–603 гг.) каганат распадается на две части — Восточнотюркский и Западнотюркский (в последний входили частично и территории Средней Азии). Это государство сыграло огромную роль в судьбах народов Средней Азии, в том числе и Ферганы. Китайский путешественник Сюань Цзян отмечал, что в Фергане ко времени прихода тюрков не было единого правителя и множество князей боролись между собой, причем страна находилась в таком состоянии уже несколько десятилетий. Это, несомненно, облегчило захват части Ферганы тюрками, о чем сообщается в хронике Таншу: «В правление Чженгуань (627–649 гг.) владетель Киби был убит западным тукюеским Ганьмохэду. Ашена Шуни отнял у последнего город. После смерти Шуни сын его Йебочжи заступил его место, а Кибиев родственник Аляошень поставлен владетелем. Он жил в городе Хумынь, а Йебочжи в городе Гиесай. В первое лето правления Ханькиен (656 г.) Йебочжи отправил ко Двору посланника с данью. По прошествии трех лет Гиесай был переименован областью Хюсюнь; Аляошень поставлен правителем ее и с сего времени ежегодно отправлял ко Двору дань» (там же.). Таким образом, очевидны убийство местного владетеля тюрками, захват ими столицы («отнял у последнего город») и утверждение новой, тюркской династии, которая, однако, не сумела покорить всю Фергану. В какой-то ее части правил Аляошень, принадлежавший к местной династии. Тюркский правитель жил в городе Гиесай, отождествляемом обычно с Касаном, а Аляошень — в городе Хумынь, местоположение которого неизвестно. Значение города Сигянь, идентифицируемого с Ахсикетом, для этого времени остается неясным. Как отмечает В.В. Бартольд, оба эти города — Гиесай и Сигянь — называют столицами в различных источниках (китайских и арабских) примерно одного времени (
Кризис Западнотюркского каганата в 630 г., возобновление набегов кочевников и внутренние смуты способствовали тому, что Китай разгромил каганат и номинально подчинил себе всю его территорию. В течение VIII в. Фергана дважды была покорена Китаем. Местным владетелям были присвоены китайские чины, и китайцы пытались вмешиваться в дела среднеазиатских владений, что вызывало недовольство местных жителей. Так, в биографии китайского деятеля конца VII — начала VIII в. Гуо Юань Чженя содержатся сведения о том, что один из китайских военачальников пытался реквизировать в Фергане солдат и лошадей. Жители Ферганы, не желавшие выносить бесконечные незаконные поборы, призвали на помощь тибетцев, с которыми, как и с тюрками, Китай вел длительную войну (
В конце VII — начале VIII в. Фергана обрела некоторую самостоятельность. Во главе области стоял правитель местного происхождения с титулом ихшид.
С начала VIII в. ферганцы ведут упорную борьбу с арабами. Во главе арабских войск, наступавших на Мавераннахр, в начале VIII в. стоял хорасанский наместник Кутейба ибн Муслим. Продвигаясь через земли Чача и Ферганы, уничтожая города, Кутейба доходит до Касана. Однако карательные походы не привели к подчинению Ферганы (как и Чача) халифату. В 715 г. Кутейба, на этот раз в союзе с тибетцами, повторяет поход в Фергану и свергает ее царя-ихшида. Ферганский ихшид бежит в Кучу, а на его место Кутейба ставит угодного ему наместника по имени Алутар. Направляясь в Фергану, Кутейба, у которого к этому времени осложнились отношения с халифом Сулейманом, взял с собой родственников и отряд согдийской знати. Неожиданно арабское войско восстало, сам Кутейба и его родственники были убиты. Воспользовавшись этим, китайцы, по просьбе ферганского ихшида, свергли ставленника арабов и возвратили престол прежнему ферганскому владетелю.