В мае 1942 года первые 19 танков Ausf.J с 50-мм пушками L/60 прибыли в Северную Африку. В английских документах эти машины фигурируют как Panzer III Special. Накануне сражения у Эль-Газала Роммель располагал всего 332 танками, 223 из них были «тройки». При этом следует учитывать, что появившиеся на фронте американские «Грант I» являлись практически неуязвимыми для орудий немецких танков. Исключение составляли Pz.III Ausf.J и Pz.IV Ausf.F2 с длинноствольными пушками, но таких машин у Роммеля насчитывалось всего 23 единицы. Тем не менее, несмотря на численное превосходство английских войск, немцы вновь перешли в наступление, и к 11 июня вся передовая линия опорных пунктов от Эль-Газалы до Бир-Хакейма оказалась в их руках. За несколько дней боёв британская армия потеряла 550 танков и 200 орудий, после чего английские части начали беспорядочный отход к тыловой оборонительной позиции на египетской территории у Эль-Аламейна.
Тяжёлые бои на этом рубеже начались в конце августа 1942 года. Накануне наступления, которое Роммель предпринял в это время, Африканский корпус располагал 74 Panzer III Special. В ходе неудачных наступательных боёв немцы понесли тяжёлые потери в технике, восполнить которые так и не смогли. К концу октября в немецких войсках остался всего 81 боеспособный танк. 23 октября 8-я армия генерала Монтгомери, имея в активе 1029 танков, перешла в наступление. К 3 ноября сопротивление немецких и итальянских войск было сломлено; началось стремительное отступление, а вся тяжёлая техника оказалась брошенной. В 15-й танковой дивизии, например, к 10 ноября оставалось 1177 человек личного состава, 16 орудий (из них четыре 88-мм) и ни одного танка. Оставив Ливию, армия Роммеля, получившая пополнение, в январе 1943 года смогла остановить англичан на границе Туниса, на Линии Марет. В 1943 году некоторое количество танков Pz.III, главным образом модификаций L и N, приняло участие в завершающих боях Африканской кампании. В частности, танки Ausf.L 15-й танковой дивизии были задействованы в разгроме американских войск у Кассерина 14 февраля 1943 года. Танки Ausf.N входили в состав 501-го тяжёлого танкового батальона. Их задачей была охрана позиций «тигров» от атак неприятельской пехоты. После капитуляции немецких войск в Северной Африке 12 мая 1943 года все эти танки стали трофеями союзников.
Главным же театром боевого применения Pz.III в 1943 году оставался Восточный фронт. Правда, основная нагрузка в противоборстве с советскими танками к середине года перешла к Pz.IV с длинноствольными 75-мм пушками, а «тройки» всё чаще в атаках играли вспомогательную роль. Тем не менее, они ещё составляли примерно половину танкового парка вермахта на Восточном фронте. К лету 1943 года в штат немецкой танковой дивизии входил танковый полк двухбатальонного состава. В первом батальоне «тройками» вооружалась одна рота, во втором — две. Всего в дивизии полагалось иметь 66 линейных танков этого типа.
«Прощальной гастролью» Pz.III стала операция «Цитадель». Представление о наличии танков Pz.III разных модификаций в танковых и моторизованных дивизиях вермахта и войск СС к началу этой операции даёт информация, приведённая в таблице. Кроме этих танков, ещё 56 машин насчитывалось в тяжёлых танковых батальонах Pz.Abt.502 и Pz.Abt.505, 656-м полку истребителей танков и других частях. По немецким данным, в течение июля и августа 1943 года было потеряно 385 «троек». Всего же в течение года потери составили 2719 единиц Pz.III, из которых 178 после ремонта вернули в строй. К концу 1943 года в связи с прекращением производства число Pz.III в частях первой линии резко сократилось. Значительное количество танков этого типа передали в различные учебные и резервные части. Они несли службу и на второстепенных театрах военных действий, например, на Балканах или в Италии. В боевых частях первой линии к ноябрю 1944 года оставалось чуть больше 200 Pz.III: на Восточном фронте — 133, на Западе — 35 и в Италии — 49.