Броневая защита претерпела незначительные изменения за счет некоторого уменьшения толщины верхнего и нижнего листов кормы корпуса и крыши МТО.
Удачным компоновочным решением стала установка в носовой части корпуса двух баков-стеллажей, испытанных на экспериментальном танке Т-54М. В них одновременно размещалось 18 выстрелов к пушке и 300 л дизельного топлива. Благодаря этому суммарная емкость топливных баков в забронированном объеме увеличилась до 680 л и почти на треть вырос запас хода танка.
За счет стеллажной укладки 10-ти снарядов у перегородки силового отделения конструкторам удалось довести боекомплект пушки Д-10Т2С с 34 до 43 выстрелов. Пространство высвободилось благодаря ликвидации располагавшегося в этом месте на Т-54 среднего топливного бака емкостью 315 л — теперь это топливо находилось в баке-стеллаже. На Т-55 сохранили только небольшой 60-литровый топливный бак у правого борта.
Казалось, размещение артиллерийских снарядов в передней части машины в окружении топлива (несмотря на то, что именно лобовой лист имел наибольшую толщину) должно было снижать живучесть машины, особенно при попадании в танк кумулятивных снарядов. Но специально проведенные полигонные испытания показали, что такая «мокрая» боеукладка, наоборот, играет роль дополнительной защиты — при попадании кумулятивного снаряда дизельное топливо не воспламенялось, а просто вытекало из поврежденных емкостей. Если бы в подобном баке-стеллаже находилось не дизельное топливо, а бензин, на котором работали двигатели танков НАТО того времени, то наличие в нем паров более летучего топлива с большой долей вероятности приводило бы к пожару и взрыву.
Похожая «мокрая» боеукладка применялась еще в годы Второй мировой войны на американских «шерманах». Но там пушечные выстрелы находились в специальных ящиках-кассетах, двойные стенки которых заполнялись водой. Предполагалось, что при попадании снаряда в боеукладку вода разольется и предотвратит пожар. На послевоенном британском «Челленджере» конструкторы пошли дальше — здесь выстрелы раздельного заряжания помещались в контейнеры, имевшие кроме рубашки с огнегасящей жидкостью еще и бронирование.
На Т-55 отказались от зенитных пулеметов ДШКМ, малоэффективных в борьбе с низколетящими реактивными самолетами, а боевые вертолеты — другой грозный противник танков — в ту пору находились еще в стадии разработки. В связи с этим была изменена и конструкция люка заряжающего. Вместо небольшой «башенки» с вращающейся пулеметной турелью на башне поставили обычный круглый люк с крышкой, откидывающейся вперед.
Прибор наблюдения командира ТПКУ заменили более совершенным прибором ТПКУБ, а позже — ТПКУ-2Б. На ранних модификациях Т-54 наводчик имел перископический прибор наблюдения МК-4, позже на его месте установили ночной прицел ТПН-1, теперь же его заменили призменным прибором наблюдения ТНП-165. Смотровые приборы механика-водителя, как наиболее подверженные загрязнению, получили систему гидропневмоочистки: для стекол от грязи — жидкостью, а от пыли и снега — сжатым воздухом; управление системой велось с помощью специального электрического тумблера и крана.
Танк Т-55 получил унифицированную автоматическую (допускалось срабатывание и в ручном режиме) противопожарную систему «Роса» трехкратного действия с огнетушащим составом «3,5», пары которого при пожаре заполняли все свободное пространство того отделения танка, где возник очаг возгорания. Состав «3,5» представлял собой смесь, состоящую из бромистого этила, углекислоты и сжатого воздуха и являлся более эффективным средством пожаротушения, чем применявшаяся ранее на Т-54 обычная углекислота.
Для постановки дымовых завес вместо традиционно применявшихся ранее дымовых шашек БДШ-5 (две таких шашки крепились на корме корпуса) на Т-55 смонтировали новую термодымовую аппаратуру многократного действия (ТДА). Ее разработка началась весной 1955 года на заводе № 75 в Харькове. В течение следующего года опытный образец устройства проходил испытания, а в 1957-м готовая документация была передана для серийного производства.