9 сентября советская эскадра прибыла в Сьенфуэгос. 14 сентября У-2 совершил новый облет острова Кайя Алькатраз. На полученных им фотоснимках было видно, что ведется строительство двух казарменных помещений и административных зданий. Были также сооружены баскетбольная площадка и футбольное поле. Киссинджер замечал: «В моих глазах это неопровержимо свидетельствовало о русской базе, так как, будучи старым футбольным болельщиком, я знал, что кубинцы не играют в футбол». На таком «веском основании» было решено, что СССР сооружают военно-морскую базу на Кубе.
Правда, Киссинджер в своих воспоминаниях признавал, что советские подводные лодки и так постоянно находились у берегов США. Заходили подводные лодки и к берегам Кубы. Однако, очевидно, что в Вашингтоне сочли, что на сей раз строительные работы на небольшом кубинском островке можно использовать в качестве предлога для очередной антикубинской и антисоветской кампании. Перед заседанием Вашингтонской группы особого реагирования (ВГОР) 19 сентября Киссинджер запросил государственный департамент. Однако его сотрудники не увидели в происходящем строительстве ничего особо угрожающего. В то же время, по словам Киссинджера, министерство обороны и Объединенный комитет начальников штабов «сочли, что база подводных лодок в Сьенфуэгосе представляет собой стратегическую угрозу Соединенным Штатам. С их точки зрения она позволит советским подводным лодкам расширить свои операции в море и сделает возможным передвижения советского подводного флота в Мексиканском заливе. Л это сделает уязвимыми новые территории США для ракетного нападения».
Когда Киссинджер доложил об итогах совещания ВГОР Никсону, последний стал уговаривать его «спустить вопрос на тормозах». Никсон заявил, что он не хочет, чтобы «какой-то клоун из сенаторов потребовал блокады Кубы в разгар предвыборной кампании, как это делали республиканские сенаторы в 1962 году». Поэтому Киссинджер собрал новое заседание ВГОР лишь 24 сентября. На заседании было решено ограничиться сообщением о том, что президент проинформирован о строительстве в Сьенфуэгосе.
На следующий день 25 сентября Киссинджер встретился с послом СССР Добрыниным. Из мемуаров Киссинджера следует, что в ходе встречи обсуждался вопрос о возможном визите Никсона в СССР, о политическом кризисе в Иордании, но ни слова не было сказано об «угрожающем» строительстве в районе Сьенфуэгоса.
Однако в тот же день, по словам Киссинджера, «разразился хаос. Утро началось со статьи С. Сульцбергера в «Нью-Йорк тайме», озаглавленной «Гадкие тучи на Юге». Статья предупреждала о возможном появлении советской базы подводных лодок в Сьенфуэгосе. Вопреки рекомендациям относительно того, что следует передавать прессе, представитель Министерства обороны осветил во всех деталях эту проблему, когда ему был задан соответствующий вопрос на утреннем брифинге… Он же добровольно сообщил все, что знал, рассказав о ходе советского строительства и военно-морских передвижениях советских судов за последние месяцы».
Вряд ли это было следствием небрежности пресс-секретаря Министерства обороны. Известно, что в это время в конгрессе происходило обсуждение бюджета. Требования об увеличении военных расходов, выдвигавшиеся Министерством обороны, могли быть не удовлетворены в то время, когда война в Индокитае была так непопулярна, правительство США твердило о «вьетнамизации» войны, а тогдашний кризис вокруг Иордании был близок к разрешению. Поэтому, хотя Министерство обороны рисковало навлечь на себя обвинения Никсона в подрыве позиций правительства накануне выборов в конгресс и даже в провоцировании нового карибского кризиса, его представители пошли на обострение ситуации вокруг Сьенфуэгоса, поскольку речь шла о многомиллиардных военных заказах в интересах крупнейших военно-промышленных компаний США.
Киссинджер писал: «Реакцию печати можно было предвидеть. Агентство Ассошиэйтед пресс открывало сообщение заголовком: «Пентагон заявил сегодня, что есть твердые свидетельства того, что Советский Союз создает постоянную базу подводных лодок на Кубе». Агентство Юнайтед пресс интернейшенл сообщало: «Министерство обороны заявило сегодня, что есть свидетельства того, что русские начали строительство военно-морской базы на Кубе». Разумеется, вечерние телевизионные передачи и утренние газеты на следующий день драматизовали события еще сильнее».
Вечером 25 сентября Белый дом опубликовал сдержанное заявление об «озабоченности правительства США» относительно возможности создания базы советских подводных лодок на Кубе. Зато в конгрессе сообщения Пентагона и Белого дома вызвали бурю. 28 сентября выступлением члена палаты представителей Сикеса открылась новая антикубинская истеричная кампания. Си-кес утверждал: «Господин спикер, только что раскрылся еще один кризис, который может быть столь же зловещим, как и тот, что был связан с русскими ракетами».