Собравшийся в 1866 году Конгресс начал с мер, усиливающих федеральную защиту освобожденных рабов. Обе палаты единогласно постановили расширить функции «Бюро освобожденных людей». Это ведомство, организованное в 1865 году, имело своей целью управление разоренными и заброшенными южными территориями. Одновременно оно снабжало одеждой, продуктами питания и топливом бывших рабов и других остро нуждающихся граждан. Согласно решению Конгресса, теперь Бюро предстояло заниматься также вопросами образования и юридической защиты освобожденных негров. В целях борьбы с «черными кодексами» законодатели приняли билль о гражданских правах, гарантирующий бывшим рабам полноценное гражданство. Президент Джонсон наложил вето на оба решения, а конгрессмены – в пылу борьбы – аннулировали президентское вето.
Вслед за тем Конгресс выдвинул собственную (первую по счету) редакцию плана реконструкции. Главный упор делался на защиту гражданских прав (в том числе избирательных) освобожденных негров и отстранение от государственных должностей бывших конфедератов. Обе палаты одобрили и разослали во все штаты текст Четырнадцатой поправки к конституции. В этом документе давалось конституционное определение американского гражданства, которое теперь распространялось и на афроамериканцев. Отдельно оговаривалось, что все граждане имеют «равную защиту перед законом». Какие-то штаты, конечно, могли своей властью отказать в избирательном праве совершеннолетним мужчинам (как белым, так и черным), но в этом случае на них накладывалось наказание в виде сокращения их представительства в Конгрессе. Поправка также впредь запрещала включать бывших сторонников Конфедерации в правительства штатов или назначать их на другие ответственные должности. Не согласный с этими мерами Джонсон рекомендовал южным штатам отвергнуть Четырнадцатую поправку. Практически все штаты последовали совету президента, за исключением Теннесси, который предпочел ратифицировать поправку и вновь вернуться в лоно Союза. Джонсон был оскорблен поведением своего родного штата, но на этом его огорчения не окончились: ему пришлось испытать сильнейшее разочарование в ходе выборов 1866 года, когда республиканцы получили надежное большинство в обеих палатах Конгресса.
В 1867 году законодатели разработали новый, второй по счету, план реконструкции. Десять неприсоединившихся штатов Конфедерации были сведены в пять военных округов, подчинявшихся генералам армии, уполномоченным вводить военное положение. Каждому штату предписывалось сформировать конвент (путем всеобщего мужского голосования) и принять конституцию, обязательным пунктом которой являлось избирательное право для негров. После ратификации Четырнадцатой поправки штат мог снова присоединиться к Союзу.
На фоне страстей, бушевавших по поводу неприсоединившихся штатов, Конгресс решил проявить твердость и объявил, что не позволит двум остальным ветвям федеральной власти застопорить реконструкцию. Свое заявление Конгресс подкрепил конкретными мерами. Прежде всего он ограничил юрисдикцию Верховного суда в вопросах, касавшихся реконструкции. Кроме того, конгрессмены существенно урезали полномочия президента, запретив тому самостоятельно связываться с военными губернаторами округов. Теперь все военные приказы Джонсон должен был согласовывать с главнокомандующим армией, пост которого на тот момент занимал – вот удача! – убежденный республиканец У. С. Грант. Кроме того, был принят закон о пребывании на государственной службе, запрещавший президенту без согласия сената увольнять чиновников. Это постановление сыграло благотворную роль в судьбе военного министра Эдвина М. Стэнтона, защитив его от произвола президента.