Согласно версии ФБР первая пуля попала в Кеннеди, вторая – в губернатора Конналли, третья – снова в Кеннеди (в голову). По версии комиссии по расследованию убийства Кеннеди, первая пуля попала в Кеннеди и, пройдя навылет, угодила в Конналли, вторая прошла мимо, а третья попала Кеннеди в голову.
По показаниям свидетелей вскоре стало ясно, что стрелявший прятался на шестом этаже находившегося рядом книгохранилища, и один из сотрудников, Ли Харви Освальд, бывший морской пехотинец, вышел из здания вскоре после выстрелов. На шестом этаже книгохранилища, за ящиками, обнаружили итальянскую винтовку «Mannlicher-Carcano» с оптическим прицелом и три стреляные гильзы. Как потом выяснилось, на винтовке оказались отпечатки пальцев Освальда.
Вскоре Освальда остановил на одной из улиц полицейский, но в момент задержания тот убил его. Через некоторое время убийца был задержан в городском кинотеатре и доставлен в полицию.
С момента покушения на Кеннеди до ареста Освальда прошло всего 80 минут. Той же ночью Освальду были предъявлены обвинения в убийстве президента и полицейского.
Арестованный свою вину отрицал.
А 24 ноября единственного официального подозреваемого застрелил в полицейском участке Далласа владелец ночного клуба Джек Леон Руби. Для этого последний пошел в штаб-квартиру полиции и пробрался в подвал. В то время как Освальда вели в бронированный автомобиль, чтобы перевезти в окружную тюрьму, Руби вышел из толпы репортеров и выстрелил из револьвера в живот Освальда, смертельно ранив его. Перевод Освальда показывался в прямом эфире, так что миллионы телезрителей стали свидетелями случившегося.
Руби потом привел два объяснения, почему он убил Освальда: чтобы отомстить за любимого президента и чтобы избавить Жаклин Кеннеди от необходимости выступать свидетелем в суде.
14 марта 1964 года Джек Леон Руби был приговорен к смертной казни, но подал апелляцию и выиграл ее. В декабре 1966 года, когда он ждал назначения даты нового суда, у него обнаружили рак. Он скончался в больнице 3 января 1967 года.
По другой версии, он умер от эмболии легочной артерии, вторичной по отношению к раку легких. И, кстати, умер Руби в той самой больнице, где умер Освальд и где президент Кеннеди был объявлен мертвым после покушения.
А вот сторонники теории заговора уверены, что Руби был устранен как опасный свидетель. С другой стороны, специальная комиссия, которую возглавил председатель Верховного суда США Эрл Уоррен, пришла к выводу, что стрелял в Кеннеди один Ли Харви Освальд, и что он был преступником-одиночкой.
Большинство конспирологических теорий включают утверждение о том, что в Кеннеди стрелял не только Освальд.
Некоторые исследователи, сопоставив все доступные фото- и киноматериалы с места происшествия, обнаружили признаки шести выстрелов. И даже с трех разных направлений! Из-за изгороди на травяном холме (первый и шестой выстрелы), со второго этажа здания «Даллас Тексас Билдинг» (второй и четвертый выстрелы) и с шестого этажа здания книгохранилища (третий и пятый выстрелы).
В 1975 году Комиссия Рокфеллера, занимавшаяся расследованием действий ЦРУ внутри страны и за рубежом, «не нашла подтверждения причастности ЦРУ» к убийству Кеннеди.
В 1979 году созданный тремя годами раньше Комитет палаты представителей США по политическим убийствам в целом поддержал выводы Комиссии Уоррена, но отметил, что «существует высокая вероятность того, что в президента Кеннеди стреляли двое».
Очевидцы, находившиеся на пути президентского кортежа в момент начала стрельбы, дали весьма противоречивые показания о том, откуда велся огонь. В докладе Комитета палаты представителей США по убийствам приводятся следующие данные: 49 человек слышали выстрелы со стороны книгохранилища, 21 человек – со стороны изгороди на
Соответственно, Комитет предположил, что за спиной Ли Харви Освальда стояла целая группа заговорщиков.
Было выдвинуто множество предположений о том, кто «заказал» Кеннеди – от связанных с ЦРУ кубинских эмигрантов до советских спецслужб и организованных преступных группировок. Например, мотивом вполне могла быть месть за преследование мафиозных группировок, которое усилилось в период президентства Кеннеди (как отмечено в докладе Комитета, Джек Руби имел тесные связи с организованной преступностью).
В 2007 году бывший агент ЦРУ Говард Хант в своей автобиографии указал на нового президента США Линдона Джонсона, скончавшегося в 1973 году, как на заказчика убийства. А непосредственно операцию, по его мнению, организовали агенты ЦРУ.
В 2013 году Роджер Стоун, бывший помощник экс-президента США Ричарда Никсона, изложил подобную теорию на страницах написанной им книги под названием «Человек, который убил Кеннеди, – дело против Линдона Джонсона» (The Man Who Killed Kennedy: The Case Against LBJ).