Борьба разума с чувством осложняется в романе противоречием, в которое вступает рассудок с нравственным началом, заключающимся, по мнению Капуаны, в самом человеке (душа, совесть) и в окружающем мире. У Достоевского носителем нравственного начала был только человек, Капуана вводит в действие также и природу как воплощение высшей мудрости и нравственного закона. Преступление маркиза вызывает возмущение нравственного начала в природе, которое требует возмездия. Ночью над городом разражается буря — нечто подобное мировому катаклизму. В Антонио пробуждается совесть, которая призывает его к ответу.
В процессе осознания героем своей вины Капуана, подобно Достоевскому, отводил важную роль религии. Страх Раскольникова перед самим собой порождает раскаяние и стремление искупить свое преступление. У маркиза страх перед небесной карой оживляет веру и нравственное чувство. Вместе с совестью в нем заговорило чувство ответственности, толкнувшее его исповедаться в содеянном.
Воплощением небесного правосудия в романе Капуаны является священник дон Сильвио, защитник бедных, прозванный в народе «святым». Он проповедует человеколюбие и не приемлет сделок с совестью. Он требует от маркиза восстановить справедливость и занять в тюрьме место невинно осужденного. Страдание ведет Раскольникова к обретению веры в человека и возвращению в лоно христианства. У Капуаны религия выполняет иную функцию: она не спасает и не возрождает его героя к новой жизни, а только пробуждает в нем совесть и обостряет душевные муки.
Антонио может пренебречь человеческим судом, но как верующий он небезразличен к тому, что ждет его за гробом. Символом небесной кары в романе Капуаны является старинное распятие с фигурой Христа в рост человека. Больная совесть маркиза как бы оживляет распятие — ему кажется, что глаза Христа смотрят на него, а уста шепчут: «Убийца». Антонио отдает распятие монастырю, но и после этого не может заставить молчать свою совесть. Даже смерть священника, единственного обладателя его тайны, не приносит облегчения. Нравственная истина напоминает о себе, поэтому перед глазами героя романа постоянно стоят распятие и убитый им человек.
В романе «Маркиз Роккавердина» Капуана откликнулся на проблему, широко обсуждавшуюся в литературе того времени: что выше — наука или религия, свободное интеллектуальное развитие или следование христианским нормам поведения? Достоевский отверг современный ему позитивизм и натурализм, противопоставив их «узости» нравственный пафос христианства. Капуана отдал предпочтение науке в ее широком понимании. Опираясь на научные данные, в частности на данные психиатрии, он изучает внутреннее состояние своего героя. Нравственные мучения маркиза Капуана изображает как физическое ощущение боли, не покидающее Антонио, который, подобно Раскольникову, как бы ощущает в своей голове забитый гвоздь.
Изучая больную совесть своего героя, Капуана показывает, что страдание и вера не могут привести к нравственному воскрешению личности. Итальянский писатель дает физиологическое решение вопроса: душевная борьба маркиза завершается не просветлением, а безумием и смертью. Оттолкнувшись от идей Достоевского, Капуана показал путь нравственной и физической деградации личности, подчеркнув роль религии, обострившей эту драму.
Религия присутствует в романе не только как некая нравственная сила, но и в преломленном, комическом аспекте. Эта тема раскрыта Капуаной в образе кавалера Перголы, считавшего себя позитивистом, атеистом и пропагандировавшего эволюционную теорию. Пергола ругает монахов и высмеивает веру в чудеса и реликвии. Он стремится посвятить маркиза в тайны эволюционного учения, опровергающего существование бога и тем самым избавляющего Антонио от мук в загробном мире. Однако, заболев и страшась смерти, Пергола отказывается от своих идей, призывает священника и окружает себя христианскими реликвиями. Комизм происходящего подчеркивается Капуаной и внешним видом заболевшего кавалера, сидящего в постели среди горы подушек, в натянутом на самые уши белом нитяном колпаке, с пластырями на горле, привязанными широким шарфом, с багровым лицом, опухшими веками, укрытого суконным одеялом, из-под которого виднелись руки, сжимавшие небольшую медную фигурку Христа на кресте из черного дерева.