Принятые 12 июня 1953 г. по инициативе Берии коррективы национальной политики — замещение руководящих кадров национальных республик местными уроженцами, ведение делопроизводства на местном языке, отзыв в распоряжение ЦК не знающих языка номенклатурных работников — были чреваты, как показала начавшаяся практика их реализации, оживлением антирусских настроений и межнациональной напряженности, усилением центробежных тенденций.
17 июня 1953 г. начались волнения рабочих в Восточном Берлине, а затем и в других городах ГДР, вызванные повышением с апреля цен на мясо, мясо- и сахаросодержащие продукты на 10–15 % и обнародованием в мае решения о повышении с июля 1953 г. норм выработки на 10 %. Восстание дало повод для развенчания либеральной политики Берии в германском вопросе.
Деятельное участие в наведении порядка приняли уполномоченный МВД СССР в ГДР полковник И.А. Фадейкин и командированные в Берлин ближайшие сотрудники Берии, генералы А.З. Кобулов и С.А. Гоглидзе, а с полудня 17 июня — Группа советских войск в Германии (главнокомандующий — генерал армии А.А. Гречко). К 23 июня в ГДР воцарилось спокойствие. Меры, вызвавшие недовольство германского рабочего класса, пришлось отменить. Были расширены поставки в ГДР продовольствия из СССР и других социалистических стран. Сосредоточенность Берии на германских событиях сыграла свою роль в формировании заговора против него. В Президиуме ЦК образовался единый фронт всех (за исключением Микояна) членов.
25 июня Берия представил Маленкову материалы следствия по делу Рюмина, которые высвечивали роль Игнатьева в подготовке обвинений по делам «ЕАК», «ленинградскому», «врачей». Перспективу ареста и расследования деятельности Игнатьева Маленков воспринял как угрозу самому себе как куратору бывшего министра. Это стало последней каплей, определившей судьбу Берии. На следующий день он был арестован. Предложения о перемещении Берии из МВД в Министерство нефтяной промышленности было отвергнуто. Согласились с Молотовым, что в данном случае «без решительных мер» не обойтись. Это означало необходимость ликвидации Берии как «врага народа». Большая роль в этой операции, по официальной версии, принадлежала Хрущеву, заместителю министра обороны Г.К. Жукову, командующему Московским военным округом К.С. Москаленко и его заместителю П.Ф. Батицкому (Маршалы Советского Союза с 1955 и 1968 гг.). 26 июня указом Президиума ВС Берия снят с поста первого заместителя председателя правительства и министра внутренних дел, лишен всех званий и наград. Дело о его «преступных действиях» было передано на рассмотрение Верховного суда СССР.
Были преданы суду и выдвиженцы Берии — В.Н. Меркулов (министр государственной безопасности СССР, на момент ареста министр госконтроля); В.Г. Деканозов (начальник одного из управлений НКВД СССР, перед арестом — министр внутренних дел Грузии); Б.З. Кобулов (заместитель наркома внутренних дел Грузии, затем замминистра госбезопасности СССР, замминистра внутренних дел СССР); С.А. Гоглидзе (нарком внутренних дел Грузии, перед арестом — начальник одного из управлений МВД СССР); П.Я. Мешик (начальник одного из управлений НКВД СССР, перед арестом — министр внутренних дел Украины); а также Л.Е. Влодзимирский (начальник следственной части по особо важным делам МВД).
По официальной версии, находясь под арестом в помещении штаба Московского округа ПВО, Берия направил в адрес ЦК несколько писем (опубликованы три — от 28 июня, 1 и 2 июля). В них он признал некоторые свои ошибки и просил не допустить расправы над ним без суда и следствия, назначить комиссию, чтобы его дело тщательно разобрали. «Я абсолютно чист, честен, верный вам друг и товарищ, верный член нашей партии», — писал он. Ответа не было.
2–7 июля «преступные антипартийные и антигосударственные действия» Берии рассматривали, в его отсутствие, на пленуме ЦК. Выступивший на нем Маленков сообщил, что Президиум ЦК выявил вопиющие нарушения Берией социалистической законности, уставных требований партии. Хрущев рассказал, что Берия не только осуществлял массовые репрессии советских людей, но и в огромных размерах злоупотреблял служебным положением, нанес огромный вред ключевым отраслям народного хозяйства, внутренней и внешней политике СССР. Н.Н. Шаталин говорил о найденных в сейфах Берии документах, свидетельствовавших о его слежке за другими членами руководства страны и сборе компромата для того, чтобы при удобном случае их уничтожить. Особо отмечалось нравственное разложение Берии. 23 декабря 1953 г. он был расстрелян по приговору Специального судебного присутствия Верховного суда СССР. Вместе с Берией в измене Родине и совершении террористических актов обвинены и приговорены к смертной казни его «приспешники». На эту группу были взвалены все преступления сталинского режима.