Содействие в раскрытии организованных преступлений оказывали оперативные подразделения мест лишения свободы (впоследствии — служба исполнения наказания). Их участие заключалось в разработке по заданиям ГУОП лиц, находившихся в пенитенциарных учреждениях, принимавших участие в совершении тяжких преступлений в составе организованных группировок. В процессе проведения мероприятий учитывалось то, что некоторые осужденные осведомлены о методах оперативной работы, и это зачастую умело использовалось для их разработки. Порой проводились совместные сложные мероприятия с учетом психологии таких лиц для получения дополнительной информации по изобличению обвиняемых и лиц, оставшихся на свободе.
В ходе следствия, в том числе при участии сотрудников СИЗО, не всегда удавалось полностью раскрыть преступления, установить всех виновных, разыскать похищенное имущество и ценности. Из-за большого количества членов организованных сообществ и сложности расследования совершенных ими преступлений по мере доказывания их вины и вступления приговора в законную силу осужденных отправляли в исправительно-трудовые учреждения для отбытия наказания. Участников опасных преступлений с целью полного их раскрытия по возможности направляли в ИТУ Новосибирской, Иркутской областей, Мордовской республики. Там работали высококлассные оперативники, которые проводили различного рода комбинации и получали информацию о сообщниках, оставшихся на воле.
В то время когда пенитенциарные учреждения входили в структуру МВД, была создана система выполнения заданий органов внутренних дел оперативными частями мест лишения свободы. В 1998 году уголовно-исполнительные учреждения передаются в структуру Министерства юстиции Российской Федерации. Спустя шесть лет создается специальная Федеральная служба исполнения наказаний, находящаяся в ведении Минюста. Ранее имевшаяся система взаимодействия с органами внутренних дел претерпела изменения, и не в лучшую сторону. В настоящее время в основном взаимодействие осуществляется на уровне оперативных подразделений СИЗО и в меньшей степени с исправительно-трудовыми учреждениями.
Эффективно вести борьбу с организованной преступностью только одной, пусть даже самой мощной службой, невозможно. Здесь нужны усилия всех правоохранительных органов и в первую очередь оперативно-розыскных структур. После ликвидации ГУБОП системно данной проблемой не занимается никто.
Кроме органов внутренних дел, противодействие этому социальному явлению в рамках своих функциональных обязанностей осуществляют подразделения Федеральной службы безопасности. Во-первых, некоторые преступные сообщества, располагавшие крупными денежными средствами уже на начальной стадии развития, стали стремиться к власти, быстро политизироваться. В это время заметно начала прослеживаться тенденция нарастающей угрозы основам конституционного строя Российской Федерации. До сих пор со стороны криминальных группировок предпринимаются меры проникновения в институты государственной власти, чтобы с помощью должностных полномочий добиваться осуществления преступных замыслов. Во-вторых, преступники начали активно расширять связи с зарубежными криминальными структурами, с помощью которых совершали экономические преступления, причиняющие государству значительный материальный ущерб. В-третьих, под прикрытием деятельности различных партий, некоммерческих организаций (НКО), охранных служб, спортивных секций создавались незаконные вооруженные формирования с общеуголовной направленностью, нередко преследующие и политические цели.
В дальнейшем отдельные известные бизнесмены, обогатившись далеко не честным путем, стали посматривать в сторону высших государственных должностей федерального уровня. Реальные шаги в достижении своих замыслов в данном направлении предпринимали руководитель крупной нефтяной компании ЮКОС и директор «ЛогоВАЗ», владелец многих коммерческих структур, в том числе нефтяных, центрального телеканала ОРТ, медиагруппы.
Главу компании ЮКОС осудили не за намерения стать одним из руководителей государства, а за ряд совершенных экономических правонарушений и соучастие в общеуголовных деяниях.
Это был всего лишь повод для начала проведения проверки хозяйственной деятельности компании, хотя и весомый. Если бы такого повода не было, органы государственной власти еще долго закрывали глаза на обворовывание страны, придерживаясь принципа: хочешь воровать у государства — хвали власть имущих, хочешь ругать — не воруй.