В МГБ грубо нарушался установленный правительством порядок ведения следствия. Есть следственные дела, которые велись два — три года, тогда как согласно закону, их полагалось вести не более двух месяцев. Абакумов неправильно загружал следственную часть делами, которые лучше могли бы быть расследованы следственным аппаратом главных управлений. В следственном аппарате создалась атмосфера угодничества, подхалимства, отсутствия критики. Такое положение являлось результатом того, что подбор работников Абакумов производил по принципу прежней совместной работы с ними в военной контрразведке.
В процессе работы Комиссии Огольцов и Питовранов заявили, что Абакумов принизил роль заместителей, недостаточно советуясь с ними. В центральном аппарате Министерства все чрезмерно зацентрализовано.
В интересах быстрейшего выправления неблагополучного положения дел в руководстве МГБ Комиссия предложила: снять Абакумова с поста министра государственной безопасности и дело о его партийности передать на рассмотрение КПК при ЦК ВКП(б); укрепить руководство следственной части и снять с занимаемых постов Леонова и Лихачева с запрещением им в дальнейшем работать на чекистской работе; указать первому заместителю министра Огольцову и заместителю министра Питовранову на то, что они не проявили достаточной партийности и не доложили ЦК ВКП(б) о недостатках в работе МГБ СССР.
Таким образом, члены Комиссии пытались смягчить наказание Абакумову, ограничившись снятием его с должности и передачей его дела в КПК при ЦК ВКП(б). Особых оснований для возбуждения уголовного дела не было, т. к. многое из того, что написал Рюмин не подтверждалось.
Однако Сталин, своими пометами на документе полностью изменил их мнение. Вождь считал, что Абакумов совершил обман партии по указанным выше делам. По его мнению, среди врачей есть тайная организация, которая старается лечить высокопоставленных больных, чтобы сократить их жизнь. Абакумов считал, что это дело не заслуживает внимания, ведет в дебри и прекратил дальнейшее следствие. Этим по мнению Сталина он помешал ЦК выявить безусловно существовавшую законспирированную группу врачей, выполнявших задание иностранных агентов. Ведь Этингер признался, что имел террористические намерения в отношении Щербакова и принял все меры к тому, чтобы сократить жизнь. ЦК считало это показание, данное им без всякого нажима, заслуживающим внимание.
Несмотря на неоспоримые факты Абакумов отрицал свою виновность и не дал признаний в том, что он понял свою преступную деятельность и готов исправиться. Это видимо тоже раздражало вождя.
Учитывая все это, Сталин предложил снять Абакумова с должности как человека опасного на таком важном посту и исключить его из партии, снять с должности Леонова и Лихачева. Назначить министром Госбезопасности Игнатьева, оставив его одновременно секретарем ЦК. Назначить Рюмина заместителем министра.
Далее Сталин обозначил структуру документа, который в окончательном виде должны были подготовить члены Комиссии Политбюро [5, л. 63–68].
После доклада Сталину всем стало понятно, что Абакумова ждет более серьезное наказание, чем то, которое первоначально планировалось членами Комиссии. После такой резолюции, в последовавших докладных записках все больше стал проявляться обвинительный уклон в отношении Абакумова.
10 июля 1951 г. М.Д. Рюминым была подготовлена очередная докладная записка в Комиссию Политбюро ЦК ВКП(б) в которой тот сообщил, что в МГБ СССР существует практика, при которой протоколы допросов арестованных, направлявшиеся в ЦК ВКП(б) и Правительству пересоставлялись одним и тем же лицом из секретариата Абакумова. Вначале Броверманом, а в последнее время Белоусовым. В ряде случаев в протоколах допроса, без изменения оставались только подписи лиц, допрашивавших арестованных. Отметил, что по указанию Абакумова нередко исключались из протоколов допроса наиболее важные показания арестованных. Рюмин не исключил, что они скрывались от ЦК ВКП(б) и Правительства.
По его мнению, в МГБ СССР действует Особое совещание, «где рассматривается подавляющее большинство следственных дел, причем, там, по выражению некоторых товарищей, можно «пропихнуть любое дело». Так оно есть и в действительности» [5, л. 105–106].
11 июля 1951 г. с заявлением в Комиссию Политбюро ЦК ВКП(б) обратился помощник начальника следственной части по особо важным делам МГБ СССР А.В. Путинцев. Узнав, что Абакумов скрыл от ЦК ВКП(б) важные показания Этингера, он посчитал, что возможно Абакумов утаил от ЦК и другие важные показания по террору, которые дали участники антисоветской молодежной организации, «Союз борьбы за дело революции» — (СДР). Он сообщил о ходе следствия по этому делу, которое было передано в следственную часть по особо важным делам МГБ СССР из УМГБ Московской области. Путинцев полагал, что Абакумов по непонятным причинам не проинформировал ЦК ВКП(б) о показаниях арестованных по террору [5, л. 138–143].