18 апреля 1943 г. командующим войсками фронтов была направлена следующая совершенно секретная шифртелеграмма начальника Генерального штаба РККА А.М. Василевского:
«Совет Народных Комиссаров СССР. Постановление:
1. Управление Особых отделов НКВД СССР изъять из ведения
Народного комиссариата внутренних дел СССР и передать в Народный
комиссариат обороны, реорганизовав его в Главное управление контрразведки НКО «СМЕРШ» («Смерть шпионам»), поставив перед ним следующие задачи:
А/ борьба со шпионской, диверсионной, террористической и иной подрывной деятельностью иностранных разведок в частях и учреждениях Красной Армии;
Б/ борьба с антисоветскими элементами, проникшими в части и учреждения РККА;
В/ принятие необходимых агентурно-оперативных и иных /через командование/ мер к созданию на фронтах условий, исключающих возможность безнаказанность прохода агентуры противника через линию фронта с тем, чтобы сделать линию фронта непроницаемой для шпионских и антисоветских элементов;
Г/ борьба с предательством и изменой Родине в частях и учреждениях Красной Армии /переход на сторону противника, укрывательство шпионов и вообще содействие работе последних/;
Д/ борьба с дезертирством и членовредительством на фронтах;
Е/ проверка военнослужащих и других лиц, бывших в плену и окружении противника;
Ж/ выполнение специальных заданий Народного Комиссара Обороны.
2. Установить, что органы «СМЕРШ» освобождаются от проведения всякой другой работы, не связанной непосредственно с задачами, изложенными в пункте 1 настоящего Постановления.
3. Назначить тов. Абакумова Виктора Семеновича заместителем Народного Комиссара Обороны и начальником Главного управления контрразведки НКО «СМЕРШ», освободив его от работы заместителя Народного комиссара внутренних дел СССР, заместителями начальника Главного управления контрразведки НКО «СМЕРШ» [назначить] тов. Мешика Павла Яковлевича, освободив его от работы в НКВД СССР, тов. Селивановского Николая Николаевича, освободив его от работы начальника О[особого]О[тдела] НКВД Южного фронта и тов. Бабича Исая Яковлевича, освободив его от работы начальника ОО НКВД Северо-Западного фронта.
Председатель Совета Народных Комиссаров СССР
Эти же задачи военной контрразведки содержались и в утвержденном И.В. Сталиным 19 апреля 1943 г. Положении о ГУКР НКО «СМЕРШ» (объявлено Постановлением ГКО СССР от 21 апреля 1943 г. № 3222 сс/ов).
Государственный комитет обороны обязал управления и отделы контрразведки «СМЕРШ» информировать Военные Советы и командование соответствующих частей, соединений и учреждений РККА о результатах борьбы с агентурой противника, дезертирством, изменой Родине, об антисоветских и других негативных проявлениях в армии. Помимо этого, начальники УКР «СМЕРШ» фронтов, армий и военных округов имели право присутствовать на заседаниях Военных Советов.
Центральный аппарат ГУКР «СМЕРШ» НКО насчитывал 646 штатных единиц и располагался он вместе с НКВД и НКГБ СССР, в доме 2 на площади Дзержинского на четвертом и седьмом этажах.
Нельзя не сказать о том, что Виктор Семенович Абакумов показал себя талантливым организатором и руководителем военной контрразведки.
К числу его достижений следует, в первую очередь, отнести разработку в кратчайшие сроки ряда инструктивно-методических документов для оптимизации действий оперативного состава подчиненных органов: Инструкции по организации ведения радиоигр с противником (объявлена директивой ГУКР «СМЕРШ» НКО № 38288 от 16 июля 1943 г.) и Инструкции по организации розыска агентуры разведки противника (директива ГУКР «СМЕРШ» НКО № 49519 от 9 сентября 1943 г.). Данные документы, на основе приобретенного за годы войны опыта, рационализировали работу военных контрразведчиков, способствовали повышению ее эффективности и результативности.
К числу важных информационно-аналитических документов, подготовленных в кратчайшие сроки ГУКР «СМЕРШ» НКО, следует также отнести и сборники справочных материалов «Органы германской разведки, действующие на советско-германском фронте» (август 1943 г.) и аналогичный справочник об органах финской разведки (март 1944 г.), которые также широко использовались в работе НКВД и НКГБ СССР.
Накопленный военными контрразведчиками опыт позволял им заводить оперативные разработки конкретных разведывательных, контрразведывательных и карательных органов противника, действовавших на временно оккупированной советской территории в зоне ответственности управлений военной контрразведки (УВКР) соответствующих фронтов, организовывать против них оперативные игры в целях парализации и снижения эффективности их действий.
Это позволяло не только вести с противником радиоигры и осуществлять в отношении него дезинформационные мероприятия, но и проводить операции по агентурному проникновению, обеспечивавшие выявление официального состава и агентуры этих органов, готовить и проводить мероприятия по их ликвидации, а также захвату личного состава, агентуры, зданий и документов.