Одновременно взяв его за руки, приподнял его со стула и обыскал все его карманы, оружия не оказалось. Его портфель был тут же отброшен на середину стола. Берия страшно побледнел и что-то начал лепетать. Два генерала взяли его за руки и вывели в заднюю комнату кабинета Маленкова, где был произведен тщательный обыск и изъятие неположенных вещей. В 11 часов ночи Берия был скрытно переведен из Кремля в военную тюрьму (гауптвахту), а через сутки – в помещение командного пункта МВО и поручен охране той же группы генералов, которая его арестовала. В дальнейшем я не принимал участия ни в охране, ни в следствии, ни в судебном процессе».
3 июля 1953 года, во второй день пленума ЦК КПСС, с речью, осуждающей арестованного Берию, выступили Н. А. Булганин и другие, менее высокопоставленные, функционеры. Они обвинили Берию (так и не «предъявленного» пленуму, что официально было недопустимо, как и его арест без соответствующих санкций) не только в попытке захвата власти путем переворота, игнорировании ЦК и правительства, многочисленных интригах, но и в моральном разложении, выразившемся к неумеренном для настоящего коммуниста пристрастии к женскому полу. Так, выступивший секретарь ЦК Н. Н. Шаталин, назначенный после ареста Л. П. Берии первым заместителем министра внутренних дел СССР, заявил, что нашел при обыске в служебном кабинете Берии в Совете министров одиннадцать пар дамских чулок иностранных фирм, семь шелковых женских трико, дамские кофточки и т. п.
8 июля 1953 года состоялся первый допрос арестованного Берии генеральным прокурором Союза ССР Р. А. Руденко. Допрос начался в девять часов вечера и продолжался более трех с половиной часов. Текст допроса на следующее утро, снабженный грифом «Совершенно секретно», был отправлен официальному руководителю Советского государства Г. М. Маленкову.
Во время допроса Берия, обвиненный в организации заговорщической деятельности против партии и Советского государства, это отрицал, как и работу в контрразведке при мусаватистском правительстве (имевшем, по сведениям того же Руденко, связи с англичанами). Кроме того, Берия, был обвинен (использовались показания одного из его сотрудников, Шарии) в бонапартистских, диктаторских замашках и в преступном моральном разложении, на что бывший почти всемогущий министр ответил (согласно дошедшему до наших дней протоколу): «Есть немного. В этом я виноват».
25 июля 1953 года было принято «Постановление Президиума ЦК о письме Полукарова о положении в следственных органах МВД», относившееся к числу строго секретных документов. Поводом послужило письмо следователя МВД Полукарова, адресованное секретарю ЦК КПСС Н. Н. Шаталину. Автор послания сетовал на нововведения, появившиеся в деятельности министерства с тех пор, как его возглавил Берия, и высказывал твердую убежденность в виновности всех подозреваемых по «делу врачей». Полукаров сообщал, что именно по распоряжению Берии «дело врачей» было спущено на тормозах и закрыто, а арестованным сами следователи должны были подсказывать формулировки отказа от прежних признательных показаний.
Постановлением было предписано «поручить тов. Хрущеву Н. С. рассмотреть заявление с учетом обмена мнений на заседании Президиума ЦК».
19 октября генеральный прокурор СССР Р. А. Руденко снова лично провел допрос арестованного еще летом Берии. Протокол допроса Руденко отправил Маленкову со своими комментариями. Поводом и основной темой допроса были материалы, добытые подчиненными Руденко в архивах МВД Грузии. При этом были обнаружены многочисленные резолюции, которые, по словам прокурора, свидетельствовали о том, что «именно Берия в 1937–1938 годах являлся инициатором массовых арестов при отсутствии доказательств виновности и применения незаконных методов следствия». Авторство резолюций Берия признал, но от того, что он руководствовался в своей деятельности контрреволюционными мотивами, отказался.
5 ноября в Президиум ЦК КПСС, а также лично Маленкову и Хрущеву был представлен доклад генерального прокурора СССР о деле Папулии (Павла) Орджоникидзе. В докладе говорилось, что Л. Берия, желая скомпрометировать видного советского деятеля С. Орджоникидзе, ложно обвинил в антисоветской деятельности его родного брата, который был арестован в ноябре 1936 года и сначала осужден на пять лет ссылки. В августе следующего года П. Орджоникидзе был снова арестован, возвращен из места ссылки и обвинен в причастности к убийству Кирова. Жестокими пытками его заставили подписать признательные показания в том, что он не только знал о контрреволюционном заговоре, но и сам в нем участвовал, намереваясь убить Берию. В ноябре 1937 года П. Орджоникидзе был расстрелян. Теперь прокурор Руденко просил опротестовать и прекратить то дело, а Орджоникидзе посмертно реабилитировать.