По возвращении Джугашвили в первый, но не в последний раз навлек на себя подозрения в сотрудничестве с охранкой. Товарищи по партии недоумевали, как это ему удалось так быстро вернуться из Сибири. Откуда взялось у него сто рублей на билет из Сибири до Кавказа? Джугашвили заявил, что он подделал удостоверение агента полиции. Но откуда в сибирских болотах он достал бланки и штампы? Он поехал дальше в Баку, но и там его отлучили от партии. Несколько раз он ездил в Тифлис. 1 мая 1904 г. его избили. Он сбежал к Гиорги Геладзе, брату матери, и два месяца не показывал носа. В августе его как будто «реабилитировали». Партии недоставало образованных активистов, а вещественных доказательств предательства не было.
Пользуясь прозвищем Коба, Сталин быстро рос в партийной иерархии, разреженной арестами товарищей. За короткое время он стал лидером закавказских социал-демократов. Когда умеренные меньшевики и бескомпромиссные большевики раскололись на II партийном съезде в 1903 г., последние почувствовали себя свободными и не стеснялись насилия. В Женеве Ленин, Крупская, Розалия Землячка и другие крайние требовали нового съезда, который одобрил бы новую программу революционной деятельности. Сталину наконец-то указали политическое направление, которое он с энтузиазмом мог навязать своим закавказским товарищам. После смерти Ладо Кецховели Джугашвили стал наиболее авторитетным и, пожалуй, харизматичным из грузинских большевиков. Время от времени он получал денежную и нравственную поддержку от русских большевиков: в сентябре 1904 г. Каменев вернулся в Тифлис, потом приехала из Швейцарии посланница Ленина, Цецилия Зелигсон; Камо Тер-Петросянц сбежал из батумской тюрьмы и присоединился к Джугашвили. В том году Сталин не переставал колесить по Закавказью. Благодаря связям с железнодорожниками ему было нетрудно ездить в закрытых товарных вагонах, не попадаясь жандармам.
Прошло уже три года с тех пор, как волна недовольства захлестнула рабочих по всей Российской империи. Как и предупреждали реакционеры, на каждую уступку царского правительства рабочие отвечали новыми, более решительными требованиями. В 1900 г. Сталин смог организовать выступление лишь одного трамвайного депо. В 1904 г., когда страна не только переживала ускоренную индустриализацию, но и готовилась к войне с Японией, Коба и его товарищи, армяне и азербайджанцы, организовали забастовку, которая парализовала добычу и переработку нефти в Баку и в первый раз в русской истории заставила владельцев заводов уступить требованиям рабочих. Но в конечном счете жандармы и охранка арестовали столько большевиков, что в Тифлисе партией на время овладели более законопослушные меньшевики.
Революционеры впервые почувствовали себя по-настоящему сильными в 1905 г., когда самодержавие, побежденное Японией, опозоренное расстрелом невооруженных рабочих перед Зимним дворцом, было вынуждено уступить общественному мнению и провозгласить конституционный строй. Смута волна за волной охватывала Россию. Летом этого года революционеры подняли бакинских рабочих, и они подожгли половину нефтяных скважин в городе. Коба был в постоянных разъездах, организовывая сходки, раздавая задания новым и старым партийным работникам. Когда дел было мало, Коба был сварлив и суров и не отрывался от книг, а в горячую пору, не щадя себя, недосыпая, не останавливаясь дольше двух дней в одном месте, он организовывал разобщенных, уговаривал несговорчивых и мирил враждующих. За его организаторский гений товарищи прощали и забывали его отталкивающие личные манеры.
В возрасте двадцати пяти лет Сталин встретил одну из тех немногих, к кому он питал сердечную привязанность. Скрываясь у своего друга Михаила Монаселидзе, он влюбился. У жены Монаселидзе было две сестры. Все трое Сванидзе были белошвейками, которые обслуживали жен армейских и жандармских офицеров. Они жили близко от казарм, и их дом никто и не думал обыскивать. Здесь Коба чувствовал себя вне опасности и ухаживал за Като Сванидзе.
В том же году Коба впервые встретил единственного человека, которому он подчинился добровольно, – Ленина. Под псевдонимом Иванович Коба поехал как делегат от Закавказья на тайный съезд РСДРП в Тампере, где, несмотря на то что Финляндия была частью Российской империи, революционеров нельзя было арестовать за мирную встречу и дискуссию о революции. Впервые Коба оказался среди большой группы партийцев (делегатов было более сорока). Он близко познакомился с некоторыми из них – Лениным, Свердловым, Леонидом Красиным. Кобу похвалили за бескомпромиссное мировоззрение, так что, вернувшись в Закавказье в начале 1906 г., он с полным на то правом объявил себя «закавказским Лениным». Впервые его власть стала легитимной. Как и побег из Сибири, его путешествие в Финляндию, не омраченное жандармскими досмотрами, навело некоторых товарищей на мысль, а не шпик ли Коба.