Маркиша не затронули чистки 1937 г., жертвами которых пали многие поэты и писатели, в том числе фанатичный коммунист Лит-ваков. В 1939 г. он единственный среди еврейских писателей был удостоен ордена Ленина. Вслед за этим ему пришлось вступить в партию. После вступления Красной армии в Польшу в сентябре 1939 г. Маркиш ездил на аннексированные польские территории, в Вильно и Белосток, где смог помочь Альтеру Казысне, Рахили Корн, Хаиму Граде и другим еврейским писателям.
Вместе с Михоэлсом Маркиш входил в число основателей ЕАК. Поэта мало заботили организационные дела, но его престиж и слава шли на пользу общему делу. Его противником в комитете был Ицик Фефер, завидовавший гениальному коллеге и критиковавший его при каждом удобном случае. Репутация Маркиша была запятнана позорным эпизодом пребывания на Западе, среди классовых врагов, поэтому он довольно скоро потерял пост руководителя передач Московского радио на идиш.
По поручению ЕАК Маркиш направил в США несколько стихотворений и статей, в частности «Зеленая папка Геринга», «Полвека» и «На пороге 1948 года». Они были опубликованы в просоветских газетах и журналах на идиш «Моргн фрайхайт», «Дер тог», «Идише культур» и «Найлебн». Ведущие еврейские литераторы США И. Опа-тошу, Н. Майзель и Я. Глатгштейн чествовали его как одного из величайших поэтов современности.
Главным трудом Маркиша была поэма «Война». Четыре раздела: «В начале», «Москва», «Сталинград» и «На Западе» — включают 1 276 стихотворений по шестнадцать строк каждое. Главные персонажи — молодой еврей Гур-Арье (на древнееврейском языке «молодой лев») и его русский товарищ офицер Алексей Садовский. Оба посещают Бабий Яр. Осмысление преступлений, совершенных на этом месте, заставляет их задуматься о своей идентичности. Если Алексей излучает оптимизм и уверенность в себе, то Гур-Арье мучают самообвинения и сомнения относительно своего существования как гражданина и еврея. Маркиш применяет многочисленные поэтические и библейские метафоры, например видение иссохших костей перед Иезекиилем и образ Даниила в львиной пещере. Но это произведение славит также Сталина и советский народ, его солдат и его руководство. В нем содержится и критика терпимого отношения Запада к Гитлеру.
Во время войны в еврейских и других театрах ставились некоторые пьесы Маркиша, например «Кол нидре» (название молитвы в праздник Йом-кипур, Судный день в иудаизме. —
После ареста Маркиша 28 января 1949 г. его семья осталась без каких бы то ни было средств к существованию и жила продажей мебели. В декабре 1952 г. родные поэта как изменники родины были приговорены к десяти годам ссылки в Казахстан. Давид, тогда тринадцатилетний, позже описал это время в автобиографическом романе «Присказка». Жена Маркиша Эстер так никогда и не получила ответа на вопросы о судьбе мужа. В августе 1954 г. семье было разрешено покинуть Казахстан, но она ничего не знала о судьбе Переца Маркиша. Много лет семья боролась за разрешение на выезд в Израиль. В августе 1971 г., в 19-ю годовщину убийства, семья Маркиша устроила на улице демонстрацию с требованием права на выезд. Только 3 ноября 1972 г. им сообщили, что они в течение 72 часов должны покинуть страну. Двумя годами позже во Франции вышли мемуары филолога Эстер Маркиш «Le long retour» («Долгое возвращение»), изданные затем на многих других языках. Симон Маркиш — профессор в Женеве (Симон Маркиш умер в 1999 г. —
Стихотворение об убийстве Михоэлса, разоблачавшее как ложь официально распространявшуюся версию, согласно которой он стал жертвой автомобильной катастрофы, было предметом тайного судебного разбирательства. За эти мужественные стихи Маркиш заплатил жизнью.