«22 июня 1941 г. 5-й мотострелковый полк, совершив марш по маршруту г. Барановичи — г. Рига, возвращался из оперативной командировки. В 10:00 перед г. Шауляем полк был атакован немецкой авиацией. В результате бомбардировки ранило одного красноармейца. Шауляй горел, немецкая авиация зверски расправлялась с беженцами и войсками, совершавшими движение по шоссе. Из этого стало ясно — началась война. После налета авиации полк сосредоточился в лесу, укрылся от фашистских стервятников. Прибыл нарочный с приказанием полку срочно прибыть в Ригу, так как в городе неспокойно. Дальнейший марш полк совершал на автомашинах и к 18:00 22 июня сосредоточился в Риге…
В Риге враждебные элементы развернули активные действия: наводили панику в тылу армии, деморализовали работу штабов, правительственных и советских учреждений, тормозили эвакуацию ценностей и совершали диверсии.
Враги установили на колокольнях церквей, башнях, на чердаках и в окнах домов пулеметы, автоматы и вели обстрел улиц, зданий штаба Северо-Западного фронта, ЦК Литовской КП(б), СНК, почты-телеграфа, вокзала и НКВД.
Такое положение заставило развернуть самую жесткую борьбу с криминальным элементом в городе.
Командир 5-го мотострелкового полка войск НКВД объединил все войска НКВД Рижского гарнизона, организовал усиленную охрану всех важных объектов, выставил посты и пикеты на улицах города, систематически патрульными отрядами освещал весь город. С «пятой колонной» повел жестокую борьбу, на каждый произведенный выстрел из окна, с башни или колокольни отвечал огнем пулеметов и танковых пушек.
За 23, 24, 25 июня сего года активность «пятой колонны» была подавлена. По приказу начальника охраны Северо-Западного фронта генерал-майора т. Ракутина были расстреляны 120 человек пойманных негодяев из «пятой колонны», о чем было объявлено населению…»
Содержание этого документа Абакумов срочно доложил своему шефу.
— Товарищ нарком, есть срочная информация из Прибалтики.
— В шифровке?
— Да!
— Доложите.
Берия быстро пробежал взглядом документ, и тут же синим, цветным карандашом учинил короткую резолюцию, а потом размашисто расписался.
— Действуйте, я там все написал. Спешу на заседание в Кремль. Оставайтесь на месте — отслеживайте обстановку…
Накануне войны и в самый ее начальный период в системе управления военной контрразведки происходили важные организационно-штатные мероприятия. В августе 1940 года начальником Особого отдела ГУГБ НКВД СССР назначают Анатолия Николаевича Михеева. А с февраля 1941 года, после реорганизации НКВД, он уже начальник 3-го управления НКО СССР. Ему присваивают звание сначала дивизионный комиссар, а затем комиссар ГБ 3-го ранга. Исполнял он обязанности руководителя армейской контрразведки до 19 июля 1941 года.