Стремительный взлет затрат вновь разбудил скепсис в среде советского руководства, о чем свидетельствует негодующее письмо И.В. Сталина В.М. Молотову, датированное 7 сентября 1930 года. «Говорят, что Рыков и Квиринг хотят потушить дело Северного канала вопреки решениям ПБ. Нужно их осадить и дать по рукам. Сократить максимально финплан – следует, но тушить дело преступно». Жестко настаивая на продолжении работ, Сталин руководствовался, скорее всего, тем фактом, что военно-стратегические соображения, принимавшиеся в расчет ранее, полностью сохраняли свою силу. Создание военно-морской группировки на Севере стало насущной необходимостью. Переброска сил вокруг Скандинавии без специальной подготовки крайне затруднена, почти невозможна. На Севере развитой инфраструктуры и системы базирования, позволяющей осуществить автономное обслуживание корабельной группировки, нет. В то же время в составе ВМС РККА нет современных кораблей с осадкой 5.5 метров. Линкоры не в счет, закладка крейсеров планируется лишь на вторую пятилетку. По расчетам проектировщиков, после окончания Свири № 3 глубина на фарватере достигла бы 10 футов. Для переброски подводных лодок, сторожевых кораблей и эскадренных миноносцев этой глубины практически достаточно: стоило снять с кораблей вооружение, боеприпасы и выгрузить часть топлива. Существовало и еще одно обстоятельство. Поскольку реконструкция Мариинской системы откладывалась, грузоперевозки вполне можно было осуществлять и на судах «системного» типа, тем более что по Свири они проходили свободно. Такой вариант был лучше, чем тратить огромное количество остродефицитных материалов и валюты на долгострой.
Проанализировав сложившуюся обстановку, руководство страны приняло решение строить канал по измененному варианту. 18 февраля 1931 г. СТО принимает постановление № 24 «Об изменении п.п. «б», «в» и «г» ст.2-й постановления СТО от 3 июня 1930 года о постройке Балтийско-Беломорского канала».
Совет Труда и Обороны постановил:
1) глубину Балтийско-Беломорского канала установить в 10–12 футов;
2) срок окончания работ не позже конца 1932 года;
3) затраты на постройку канала определить в 60–70 млн руб.;
4) валютных ассигнований не производить.
5) предложить Комитету по постройке канала представить в СТО не позднее 15 марта 1931 года общую смету и программу работ на 1931 год.
Изменение основных элементов трассы требовало полной корректировки всех проектов, а по ряду районов и повторного проведения изысканий. В то же время уменьшение затрат позволяло добиться выполнения плановых заданий с полным использованием уже созданного задела.
Так, по строительству на Свири для поднятия воды на уровень 12 футов (10 футов осадки плюс два запас) достаточно было закончить строительство ГЭС Свирь № 3 и водоудерживающую плотину и шлюз на объекте Свирь № 2. Дноуглубительные работы оставались необходимыми только в устье и у истока реки из Онежского озера, т. е. предполагалось обычное размывание речных наносов. УВМС РККА также вполне устраивала 12-футовая глубина, хотя военные ворчали по поводу разоружения кораблей, что ярко выразилось в отношении Начальника Морских сил № 1115/сс от 7 марта 1931 года, обращавшем внимание на беззащитность кораблей во время прохождения по системе, Гораздо больше поводов для беспокойства оказывалось у ОГПУ, на которое ложились все заботы по сооружению Северного канала, включая его перепроектирование. Теперь на первый план выходила задача сооружения водного пути там, где до сих пор пролегали скалы, леса и мелкие реки. Изменение проектных заданий практически аннулировало многие результаты предыдущих изысканий. С уменьшением глубины заложения менялась и геологическая карта, и схема питания водой отдельных участков. Работы предстояло начинать заново.
Обсуждению этих проблем было посвящено заседание Особого Комитета Беломорстроя от 1 апреля 1931 г. Участники заседания приняли решение разработать технический проект водного пути до 1 сентября 1931 г., т. е. меньше, чем за пять месяцев. А на трассе параллельно должно идти бурение для изучения геологии 12-футового варианта. Положение проектировщиков оказалось трудным вдвойне: они не могли опираться на данные изысканий, им оставалось только переделывать свою работу в зависимости от сообщений геологов. А сбавить темп возможности уже не было: установив жесткие сроки проектирования, Особый комитет постановил немедленно развернуть вспомогательные работы на трассе по сооружению подъездных путей, строительству жилья и т. д.
Согласно предварительным заданиям, размер шлюзов устанавливался в 110 метров длины и 17 метров ширины. Глубина на пороге и на короле – 3,65 м. Для ввода судов в шлюз предусматривалась установка лебедок и бечевников. Ширина канала по дну – 35 метров, наименьший радиус закруглений – 500 метров. В особый пункт выделялось требование самого широкого использование на стройке местных и бездефицитных материалов.