В ближайшей перспективе единая структура особых отделов вновь возникнет накануне Великой Отечественной войны в феврале 1941 г. Постановлением ЦК ВКП(б) и СНК СССР от 8 февраля 1941 г. органы военной контрразведки (00) были переданы в Наркомат обороны и Наркомат военно-морского флота. В их структуре были созданы управления военной контрразведки (Зи управления): 3-е управление НКО и 3-е управление Наркомата военно-морского флота (НК ВМФ). 17 июля 1941 года Государственный Комитет Обороны принимает постановление № 187 о преобразовании органов Третьего управления Народного Комиссариата Обороны в особые отделы НКВД СССР, а Третье управление — в Управление Особых отделов НКВД СССР. Так был создан будущий «СМЕРШ».
Иными словами, и опыт гражданской войны, и ситуация во время Великой Отечественной войны показывает, что централизованная структура особых отделов создается во время непосредственной военной угрозы. Следовательно, причиной изменения структуры НКВД и создание Управления особых отделов в 1938 году могли послужить конфликты СССР с Японией, стремительно набиравшие обороты в это же время.
Хорошо известно, что Советский Союз и Япония готовились к войне друг с другом в течение десятилетия. Мы знаем также, что в 30-ые годы эта война почему-то
не произошла. А как мыслилась она участникам конфликта?В этой войне у каждого участника есть сильные и слабые стороны, причем они ассиметричны. Японский план войны основан на предположении, что, как и в 1904–1905 гг., стратегическое превосходство России в ресурсах может быть компенсировано географическим фактором. Дальневосточный театр военных действий далеко от основных центров СССР и, наоборот, близок к Японии. Владивосток расположен крайне неудачно с точки зрения возможностей его успешной обороны. Главную военно-морскую базу России трудно защищать и легко блокировать, а сопоставимых с японским флотом военно-морских сил у СССР нет. Хабаровск также расположен практически на границе и уязвим для атаки. РККА может попытаться компенсировать географический фактор использованием авиации. Численное превосходство советской авиации очевидно, поэтому успех Японии в войне зависит от того удастся ли начать войну с уничтожения советской авиации. Иначе она успешно преодолеет Японское море и нанесет удар непосредственно по островам. Однако, японские планы построены на предположении, что исход сражения в воздухе будет иной и «Спасская авиабригада» будет уничтожена. Японское командование считалось с возможностью контрнаступления Красной Армии из Забайкалья и через Монголию. «Через Гоби и Хинган» (как это и случилось в 1945 г.) Но возможность одновременного удара ОКДВА из Забайкалья (через Монголию) к Хингану и из Владивостока с целью окружения Квантунской армии японскими штабными офицерами не рассматривалась вообще. Японское командование исходило из предположения, что сможет успешно вести наступление против превосходящих сил РККА (допускался перевес в 2–3 раза), однако наступление не планировалось дальше Иркутска.
Советские планы войны строились на предположении, что ключевым фактором является захват господства в воздухе. Это должно было компенсировать превосходство Японии на море. Именно поэтому Сталина так напугали сообщения о том, что «враги в ОКДВА» смогли нанести ущерб ВВС. «Измена» командующего ВВС ОКДВА Лапина привела к тому, что «на Дальнем Востоке наша авиация в тяжелом состоянии», написал вождь на протоколе допроса Флоровского и выделил слова «в тяжелом состоянии».
Командование Красной Армии стремилось к наступательной войне и создавало с этой целью стратегический перевес. Следует сразу сказать, что эту задачу удалось выполнить. На конец июня 1938 года, японские силы в Корее и Маньчжурии, которые могли быть использованы против Советского Союза, насчитывали всего лишь 9 дивизий… Опираясь на полученные от Люшкова данные, пятый отдел японского генштаба пришел к выводу о том, что Советский Союз может использовать против Японии в нормальных условиях до 28 стрелковых дивизий, а при необходимости сосредоточить от 31 до 58 дивизий… Тревожным выглядело и соотношение в танках и самолетах. Против 2000 советских самолетов Япония могла выставить лишь 340 и против 1900 советских танков — только 170… «До этого мы полагали, что советские и японские вооруженные силы на Дальнем Востоке соотносились между собой как три к одному. Однако фактическое соотношение оказалось равным примерно пяти или даже более к одному. Это делало фактически невозможным осуществление ранее составленного плана военных операций против СССР…».