Затем Абакумов и его соучастники сфабриковали фальшивое, клеветническое «заключение» по делу Константина Орджоникидзе и, используя в преступных целях Особое Совещание при МГБ СССР, продлили ему срок заключения в тюрьме еще на 5 лет. Так, Абакумов помог врагу народа Берия осуществить свою гнусную расправу с братом Серго Орджоникидзе – Константином, который содержался в тюрьме в одиночном заключении более 12 лет. Константин Орджоникидзе был полностью реабилитирован в 1953 году, после разоблачения Центральным Комитетом партии и Советским правительством врага народа Берия. Из обвинительного заключения по делу Берия известно, что в своей изменнической деятельности он использовал гнуснейшие методы тайных похищений людей, злодейских убийств из-за угла, совершал тягчайшие преступления против человечности, производя опыты над живыми людьми, умерщвляя людей при помощи различных ядов и т. д. Для совершения этих преступлений Берия создал особую группу готовых на все головорезов – Судоплатова, Эйтингона, Майрановского и др.
Абакумов был участником этих преступлений. Поэтому, даже получив прямое указание от И.В. Сталина об аресте Судоплатова и Эйтингона, Абакумов уберег их от ареста. Допрошенный по этому поводу Берия показал: «В 1950 году в середине или в начале года Абакумов, будучи у меня в Совете Министров, рассказал, что он имеет указание И.В. Сталина арестовать Судоплатова, Эйтингона… Я сказал Абакумову: «Я бы на твоем месте сохранил Судоплатова…» Абакумов, рассказывая мне о Судоплатове и Эйтингоне, имел в виду мое отношение к ним». Абакумов выполнил это преступное указание Берия. Эйтингон и Судоплатов не только не были арестованы, но сохранены Абакумовым на руководящей работе в органах МГБ и арестованы лишь после разоблачения Берия. Абакумов был полностью осведомлен о глубоком моральном падении Берия, сожительстве его с многочисленными женщинами, связанными с иностранными разведчиками. Абакумов не только скрывал эти факты, но пресекал всякую возможность появления сигналов о моральном разложении Берия. Бывший начальник охраны Берия арестованный Саркисов показал: «О моральном разложении Берия я докладывал Абакумову… В 1948 или 1949 году я пришел в его служебный кабинет и сказал ему, что я больше не хочу работать в охране Берия. Абакумов спросил, почему я не хочу там работать. Я сказал, что прошу перевести меня в какое-либо другое место, т. к. Берия развратничает. Абакумов спросил: «А много у него женщин?» Я ответил: «Сотни! В каждом переулке, на каждой улице». Причем рассказал, что Берия специально разъезжал по улицам Москвы, особенно по улице Горького и Столешникову переулку, выискивал женщин с привлекательной внешностью и заставлял меня и других сотрудников охраны узнавать фамилии и адреса этих женщин, после чего заводит с ними знакомство, завозит в свой особняк и там сожительствует с ними».
Показаниями многочисленных свидетелей – оперативных работников установлено, что Абакумову неоднократно докладывалось о моральном разложении Берия. Абакумов всегда с крайним раздражением реагировал на эти доклады, запрещая «собирать клеветнические сведения» о Берия. Вместе с тем доказано, что Абакумов использовал органы государственной безопасности для расправы над женщинами, отказавшимися сожительствовать с Берия, подвергая этих женщин заключению в лагери через Особое Совещание. Уже находясь под стражей, Абакумов не переставал возлагать свои надежды на помощь Берия.