Однако очевидно, что душевно неуравновешенный Николаев вряд ли сумел бы совершить убийство Кирова, если бы не бездействие работников НКВД в Ленинграде. Многие факты, в том числе и те, что приводит Рой Медведев для обвинения Сталина, наделе лишь убедительно свидетельствуют о том, что те, кто отвечал за безопасность С.М. Кирова, сделали немало, чтобы не помешать Л. Николаеву. Еще до убийства Кирова Николаев тщательно изучал маршруты его прогулок. Рой Медведев пишет, что «во время одной из прогулок охрана задержала человека, который приблизился к Кирову. Это был Николаев. В его портфеле оказался вырез, через который можно было выхватить спрятанный револьвер, не открывая застежку. В портфеле лежал также чертеж с маршрутами прогулок Кирова. Л. Николаева допрашивал заместитель начальника УНКВД области И. Запорожец, лишь недавно прибывший в Ленинград доверенный сотрудник Г. Ягоды… Запорожец не доложил о задержанном своему непосредственному начальнику Ф.Д. Медведю, который был близок к Кирову, а позвонил в Москву Г. Ягоде… Через несколько часов Ягода дал указание освободить Николаева». Рой Медведев отмечает, что Николаев «через некоторое время… снова был задержан на мосту охраной Кирова, которая вторично изъяла у него все тот же заряженный револьвер… Николаева снова освободили».
На эти и другие обстоятельства убийства Кирова обращал внимание и А. Рыбин, который прибыл в Ленинград вместе со Сталиным на другой же день после убийства: «Среди сотрудников охраны не смолкали разговоры об этом убийстве. Все кляли Николаева. Но спрашивается: кто же вложил ему в руки револьвер? Неслыханное дело: вооруженного убийцу дважды задерживали у подъезда Смольного и во дворе Московского вокзала, но он тут же освобождался Запорожцем! В роковой день Николаев тоже свободно проник в Смольный, целый час болтался на запретном для себя этаже и, сидя на подоконнике, поджидал Кирова. В коридоре не оказалось никого из охраны, обязанной дежурить у кабинета Кирова и его заместителей. К тому же буквально пропал сотрудник, который должен был находиться в коридоре совершенно независимо от того, в Смольном Киров или нет. Словом, как специалисту организации правительственной охраны, мне стало совершенно ясно: тут в каком-то звене были предатели… И получается: личная охрана Кирова не так заботилась о его безопасности, как следила, чтобы не ускользнул от убийцы. Любого».
Не меньшие подозрения вызывает и ход следствия по делу об убийстве Кирова. Начальник охраны Кирова Борисов, арестованный сразу же после убийства, не был доставлен на допрос, в проведении которого должен был участвовать лично Сталин. Утверждалось, что он погиб по пути к месту допроса в результате автомобильной катастрофы.
Эти и другие подозрительные обстоятельства убийства Кирова и следствия по этому делу использовались противниками Сталина для того, чтобы обвинить его самого в организации преступления. Между тем очевидно, что прежде всего подозрения вызывали действия, а точнее бездействие НКВД и его руководства. Рыбин считал виновными в убийстве Кирова Запорожца и Ягоду. При этом он напоминал, что осенью 1934 года Киров, прибыв в Казахстан на уборку хлеба, «столкнулся с варварским отношением органов ГПУ к высланным переселенцам кулацких семей. По возвращении в Москву он указал на эти беззакония Ягоде. Тот воспринял все как удар по собственному престижу и затаил на Кирова уже личную злобу».
Хотя оснований подозревать Ягоду и Запорожца в потакании убийце Кирова более чем достаточно, вряд ли можно «казахстанским» эпизодом объяснить стремление Ягоды разделаться с Кировым. Надо учесть, что отношения между Ягодой и сталинским руководством партии были довольно сложными и противоречивыми. Со времени огласки содержания беседы Бухарина с Каменевым, состоявшейся в июле 1928 года, Ягода и его сторонники вызывали недоверие Сталина. Правда, после осени 1929 года, когда О ГПУ проводило операции против «классовых врагов» в деревне, а также в городе против «вредителей» вряд ли было признано целесообразным осуществлять чистку в верхах ОГПУ. Но в 1931 году Сталин постарался ослабить влияние Ягоды и его сторонников в ОГПУ. С этой целью на должность первого заместителя председателя ОГПУ был назначен заместитель наркома РКИ и член президиума ЦКК ВКП(б) И.А. Акулов. Бывший работник ОГПУ с 1924 года А. Орлов (Лев Фельдбин) утверждал, что Акулова прочили на должность председателя ОГПУ но в 1932 году «Ягоде вскоре удалось добиться дискредитации Акулова и убедить Сталина убрать его из «органов».