Еще в ходе следствия в Ленинграде Сталину показали записку о деятельности зиновьевской группы, подготовленную работниками НКВД в середине 1934 года. Авторы записки просили у Кирова дать им санкцию на арест членов группы, но Киров ответил им отказом. Теперь членов этой группы арестовали по обвинению в подготовке антиправительственного заговора. Выбор зиновьевцев в качестве основной мишени вряд ли был случайным. Как бывший сторонник Бухарина Ягода был давним противником Зиновьева и Каменева. Он имел основание и лично ненавидеть Каменева. Известно, что Каменев распространял запись своей беседы с Бухариным 1928 года, из которой следовало, что Ягода является надежным сторонником Бухарина.
На основе данных следствия вместе с Николаевым судили членов так называемого «ленинградского центра» зиновьевцев во главе с бывшим секретарем Выборгского райкома ВЛКСМ И.И. Котолыновым. Все подсудимые были приговорены к смертной казни за участие в террористическом заговоре с целью уничтожить руководителей партии. Приговор был приведен в исполнение 29 декабря. Позже по делу «ленинградской контрреволюционной зиновьевской группы Сафарова, Залуцкого и других» было привлечено 77 человек, в том числе 65 членов ВКП(б).
Однако состоявшийся 15—16 января 1935 года в Ленинграде процесс по делу «московского центра» зиновьевцев не увенчался столь же суровым приговором, как в отношении Николаева и его подельников, несмотря на то, что во время процесса по всей стране проходили митинги, на которых выдвигались требования о расстреле обвиняемых. Зиновьев был приговорен к 10 годам заключения, Каменев – к5. Приговор гласил: «Судебное следствие не установило фактов, которые давали бы основание квалифицировать преступления зиновьевцев как подстрекательство к убийству С.М. Кирова». Приговор соответствовал оценке Сталина роли Зиновьева и Каменева, изложенной в написанном им «закрытом письме ЦК ВКП(б)»от 18 января 1935 года – «Уроки событий, связанных со злодейским убийством тов. Кирова».
С одной стороны, в письме подчеркивалось, что «зиновьевцы ради достижения своих преступных целей скатились в болото контрреволюционного авантюризма, в болото антисоветского индивидуального террора, наконец, – в болото завязывания связей с латвийским консулом в Ленинграде, агентом немецко-фашистских интервенционистов». С другой стороны, указывалось, что «московский центр» «не знал, по-видимому, о подготовлявшемся убийстве т. Кирова». Судя по всему, Сталин в это время убедился, что нет оснований признать Зиновьева и Каменева ответственными за убийство Кирова.
Кроме того, в первых же строках письмо ЦК обвиняло лидеров «московского центра» не в терроризме, а в карьеризме: «Их объединяла одна общая беспринципная, чисто карьеристская цель-добраться до руководящего положения в партии и правительстве и получить во что бы то ни стало высокие посты». Таким образом, Сталин видел в убийстве Кирова прежде всего проявление острой борьбы за власть в стране. В то же время вряд ли можно было считать, что убийство Кирова расчистило бы Зиновьеву и Каменеву путь к высоким постам. Очевидно, что от убийства Кирова выгадывали лица из нынешних партийных верхов. Однако Сталин, видимо, не был готов предъявить подобные обвинения кому бы то ни было из высшего руководства в стране, а потому удары наносились по давно поверженным оппозиционерам.
В письме Сталин обращал внимание на утрату бдительности членами Ленинградской партийной организации. Таким образом, критике подвергался посмертно и сам Киров, который не придал должного значения ни сообщениям о задержании Николаева, ни записке о подпольной деятельности зиновьевцев. Сталин обвинял членов Ленинградской парторганизации в «опасном для дела» благодушии, «недопустимой для большевиков» халатности. В письме вновь повторялся известный тезис Сталина об усилении сопротивления классовых врагов по мере укрепления социализма: «Партия уже давно провозгласила, что чем сильнее становится СССР и чем безнадежнее положение врагов, тем скорее могут скатиться враги – именно ввиду их безнадежного положения – в болото террора, что ввиду этого необходимо всемерно усиливать бдительность наших людей. Но эта истина осталась, очевидно, для некоторых наших товарищей в Ленинграде тайной за семью печатями». Очевидно, что эти заявления были обращены не только к Ленинградской парторганизации.