Под руководством Люшкова очистка органов госбезопасности и партийного аппарата Дальневосточного края от «врагов народа» и «изменников» шла такими темпами, что лимиты на приговоры «троек» по «первой категории» – расстрел (2 000 человек) и «второй категории» – осуждение к длительным срокам (4 000 человек) были исчерпаны к октябрю 1937 года. В наркомате пошли навстречу его настойчивым просьбам и пересмотрели их в сторону увеличения.
От такой работы Люшкова был в восторге первый секретарь Дальневосточного крайкома ВКП(б) Иосиф Варейкис. В письме Сталину 8 сентября 1937 года он писал:
В конце письма Варейкис заверял товарища Сталина в том, что
Когда он писал эти строки, то вряд ли предполагал, что «новый начальник НКВД Люшков» уже копает под него яму. Не прошло и месяца после письма Варейкиса Сталину, как его освободили от должности и вызвали в Москву для объяснений в ЦК ВКП(б). До столицы он так и не доехал, был снят с поезда и арестован. Объяснения ему пришлось давать не в ЦК ВКП(б), а в камере на Лубянке. Следователь НКВД не стал их слушать, а предъявил Варейкису обвинение в организации «правотроцкистского Дальневосточного центра».
В результате «активной разоблачительной деятельности» Люшкова в Дальневосточном крае подверглись репрессиям, помимо славившего его Варейкиса, второй секретарь крайкома партии Владимир Птуха, председатель Далькрайисполкома Михаил Вольский, первые секретари Приморского обкома партии Павел Таныгин и Николай Мякинен, первый секретарь Хабаровского обкома Илья Слинкин, первый секретарь Сахалинского обкома Павел Ульянский, начальник штаба Приморской группы войск Отдельной Краснознаменной Дальневосточной армии (ОКДВА) Алексей Балакирев, командующий ВВС Приморской группы войск ОКДВА Иван Флеровский, а также предшественники Люшкова начальники УНКВД по Дальневосточному краю комиссар 1-го ранга Терентий Дерибас, комиссар 1-го ранга Балицкий и многие другие.
Маховик репрессий, раскрученный Люшковым, набирал обороты, и здесь он совершил ошибку. Ему изменило чутье, он не уловил, что из Кремля подули другие ветры. Было ли это связано с отдаленностью от Москвы или с тем, что под давним его покровителем Леплевским закачалось руководящее кресло начальника 3-го управления военной контрразведки НКВД СССР, и тому стало не до своего протеже. Как бы там ни было, но оказалось, что Люшков зашагал не в ногу с партией.
С наступлением 1938 года Сталин начал раскладывать новый кадровый «пасьянс» и сметать с политического поля лишние фигуры. 14 января 1938 года на Пленуме ЦК ВКП(б) с докладом выступил член политбюро Георгий Маленков. Он подверг резкой критике «перегибы» и «перекосы» в работе партийных организаций, связанные с «необоснованными исключениями коммунистов». По итогам заседания было принято постановление «Об ошибках парторганизаций при исключении коммунистов из партии».
Сталин посчитал, что пришло время осадить своего «цепного пса» Ежова, а стране и народу в очередной раз явить «врагов» – виновников чудовищных злодеяний и преступлений. Одним из первых «козлов отпущения» стал Леплевский, наиболее рьяный исполнитель предыдущих разоблачений – «военно-фашистского заговора в Красной армии» и в партийных организациях Украины. Выправлять линию партии в органах госбезопасности взялся новый ставленник Сталина Михаил Фриновский. Он со своей командой, поработав, как следует, в Киеве, подготовил «схему заговора» и подобрал в нее исполнителей. И когда все было готово, настал черед самого Леплевского. 26 апреля 1938 года его арестовали и предъявили стандартное обвинение – «участие в правотроцкистской антисоветской организации и проведение контрреволюционной деятельности».