В августе 1919 года руководить Особым отделом Центральный комитет партии поручил самому Дзержинскому. Но уже 15 сентября в Особом отделе появился Вячеслав Рудольфович Менжинский, будущий глава госбезопасности. Для начала его назначили особоуполномоченным. Через полгода он — уже заместитель начальника отдела, а еще через несколько месяцев возглавил особистов. В июле 1922 года его утвердили членом коллегии ВЧК.
Менжинский докладывал о работе особых отделов, о ситуации в армии (и не только в армии) и Дзержинскому, и Троцкому. Председатель Реввоенсовета был куда более важной фигурой, чем председатель ВЧК. Поэтому военные чувствовали себя уверенно и не боялись чекистов. После ухода Троцкого из армии ситуация радикально изменится. А в Гражданскую войну разгневанный командарм запросто мог арестовать начальника Особого отдела, если у них не складывались отношения.
Вячеслав Менжинский был исключительно лоялен по отношению к наркому по военным и морским делам. Троцкий вспоминал:
«Он явился ко мне в вагон с докладом по делам особых отделов в армии.
Закончив с официальной частью визита, он стал мяться и переминаться с ноги на ногу с той вкрадчивой своей улыбкой, которая вызывает одновременно тревогу и недоумение. Он кончил вопросом: знаю ли я, что Сталин ведет против меня сложную интригу?
— Что-о-о? — спросил я в совершенном недоумении, так как был далек тогда от каких бы то ни было мыслей или опасений такого рода.
— Да, он внушает Ленину и еще кое-кому, что вы группируете вокруг себя людей специально против Ленина…
— Да вы с ума сошли, Менжинский, проспитесь, пожалуйста, а я разговаривать об этом не желаю.
Менжинский ушел, перекосив плечи и покашливая. Думаю, что с этого самого дня он стал искать иных осей для своего круговращения».
Доверительность отношений Менжинского с Троцким не стоит переоценивать. Тут не было ничего личного. Начальник Особого отдела ответственно исполнял свои обязанности — пытался предупредить своего начальника о грозящей ему опасности, не более того.
На посту начальника Особого отдела ГПУ-ОГПУ Менжинского сменил Генрих Григорьевич Ягода, ему доверили следить за порядком в армии. Потом вместо Менжинского возглавил и все секретно-оперативное управление, то самое, которое занималось борьбой с антисоветскими элементами. Едкий в оценках наркомвоенмор Троцкий так характеризовал приходившего к нему на доклад нового начальника Особого отдела: «Ягода очень точен, чрезмерно почтителен и совершенно безличен. Худой, с землистым цветом лица (он страдал туберкулезом), с коротко подстриженными усиками, в военном френче, он производил впечатление усердного ничтожества».
Лев Давидович, как это бывало с ним часто, недооценивал других. Генрих Ягода не был ничтожеством. А традиция докладывать высшему руководству о политической ситуации и о поведении политиков, как мы видим, заложена была в органах госбезопасности еще в те годы.
2 марта 1920 года ЦК направил циркулярное письмо «Всем губернским комитетам Р.К.П. и Политотделам армий и флотов»:
«Особое внимание контрреволюционеры направляют на Красную армию, стремясь как можно больше внести дезорганизацию в дело транспорта, обслуживания больных, раненых красноармейцев, снабжения и формирования войсковых частей, чтобы вызвать тем самым в тылу и на фронте волнения, восстания и массовый переход на сторону противника…
Для более быстрого и рационального уничтожения контрреволюции и в этой области ЦК, во-первых, вменяет в обязанность всем комиссарам и коммунистам, работающим в армии, быть постоянными осведомителями особ-отделов. Во-вторых, предлагает всем политотделам армии и флота, а также политуправлению Республики и крупным партийным организациям для работы в особотделах командировать наиболее ответственных, испытанных и старых партийных работников».
Гражданская война заканчивалась, но чекисты уверяли, что врагов становится больше. Все проявления недовольства среди населения сваливали на козни скрытых врагов и изменников, которых следовало вскрывать и разоблачать. Чекисты были недовольны тем, что решение ЦК плохо исполняется. После совещания начальников особых отделов фронтов и армий летом 1920 года ВЧК направила циркулярное письмо всем особотделам фронтов, армий и Губчека:
«Все сведения с мест, полученные за истекший период, говорят о том, что письмо ЦК РКП в большинстве случаев в жизнь не проведено. Одни сообщения говорят, что оно не проведено в жизнь благодаря неправильному толкованию задач особых отделов партийными организациями на местах, другие — что сами руководители особых отделов не усвоили себе понятия, какими путями нужно это письмо использовать…
Так, например, в одном особом отделе, основываясь на письме ЦК, партийных товарищей, находящихся на службе в советских учреждениях, заставляли переодеваться, чуть ли не гримироваться и заниматься слежкой за контрреволюционными элементами…