В своей «Краткой хронике “Большого террора”» Охотин и Рогинский указали четыре этапа с разными основными акцентами при преследовании фактически или якобы враждебно настроенных групп. В период между октябрем 1936 года и февралем 1937 года прошла реструктуризация органов прокуратуры и чистка партии от потенциально оппозиционных элементов. В период с марта по июнь 1937 года работа следственных органов была сконцентрирована на поиске «двойных агентов» и агентов иностранных разведок, чистке в элите партии и планировании массовых репрессий против социальной базы потенциальных агрессоров. В период между июлем 1937 года и октябрем 1938 года были проведены массовые репрессии против кулаков, националистов, членов семьи изменников родины, против военно-фашистского заговора в Красной армии и против вредительства в сельском хозяйстве и других отраслях. С начавшейся в ноябре 1938 года и продлившейся до 1939 года «бериевской оттепелью» массовые репрессии были прекращены, большинство установленных Ежовым внесудебных «инстанций» были свернуты. В последующие месяцы прошло массовое освобождение заключенных. В то же время многие назначенные Ежовым лица были сняты со своих должностей в министерстве внутренних дел и привлечены к ответственности за нарушение социалистических законов. Но тот факт, что все это проходило при информированности, молчаливом согласии и поддержке партии и руководства и что все члены Политбюро были вовлечены в этот процесс, не был озвучен и осужден.
То, что были допущены серьезные ошибки и даже в центральных областях имели место серьезные нарушения закона и административные преступления, и тогда, и сейчас используется как антикоммунистический аргумент.
31 июля 1937 года нарком внутренних дел СССР издал приказ № 00447 «Об операции по репрессированию бывших кулаков, уголовников и других антисоветских элементов». Приказ определял контингенты, подлежащие репрессии: бывшие кулаки, оставшиеся в деревне или осевшие в городах, бывшие члены социалистических партий, священство, «бывшие белые» и т. д., а также «уголовники», т. е. люди, ранее судимые по общеуголовным статьям УК… Кроме того, речь шла обо всех, кто участвовал в восстаниях или фашистских, террористических и других группах.
Члены антисоветских партий, бывшие офицеры белогвардейской армии, царские жандармы и сотрудники тюремной системы, а также бандиты и реэмигранты, были поставлены на учет вместе с зарегистрированными следственными органами участниками фашистских, диверсионных и шпионских групп.
Репрессиям подверглись также те, кто уже находился в заключении, расследование относительно которых было завершено, но судебное разбирательство еще не прошло. На учет ставились наиболее активные антисоветские элементы среди бывших кулаков, бандитов, нарушителей, участников сект и прихожан церквей, а также всех других групп, кто вел активную антисоветскую деятельность. Кроме того, сюда относились преступники (бандиты, грабители, воры-рецидивисты, контрабандисты, уголовники-рецидивисты, похитители скота) и криминальные элементы, которые вели в лагерях уголовную деятельность. К первой категории принадлежали самые враждебно настроенные из перечисленных элементов. Они подлежали немедленному аресту и после изучения их дела «тройкой» расстрелу. Вторая категория включала все остальные, менее активные, но все же враждебные элементы. Они подлежали аресту и по решению «тройки» получали от 8 до 10 лет лагерей или тюрьмы.
Приказ № 00447 устанавливал количественные «лимиты» по первой (расстрел) и второй (заключение в лагерь) категориям для каждого региона СССР, а также фиксировал персональный состав «троек»: председатель – местный начальник НКВД, члены – местные прокурор и первый секретарь областного, краевого или республиканского комитета ВКП(б).