В период последовавший за этим реакции, когда была восстановлена смертная казнь, введена военная цензура, запрещены демонстрации и арестованы многие видные большевики, Сталин занимается спасением Ленина, который был переправлен им в Разлив. Впрочем, есть версия (не поддержанная большинством историков), что на самом деле Ленин, не без помощи Сталина, был переправлен в Кронштадт и укрывался именно там.
При этом именно Сталин, после ухода Ленина в подполье, остался главным связующим звеном между ним и ЦК с Кронштадтом.
После провозглашения курса на вооруженное восстания, И.В. Сталин был избран в состав Центрального Комитета и являлся фактическим руководителем партии с начала июля до начала сентября 1917 года. Именно под его руководством происходила стремительная большевизация балтийских матросов и их руководящего органа Центробалта. В августе 1917 года во время мятежа генерала Корнилова именно Сталин координировал деятельность матросских отрядов, отправленных на подавление этого мятежа.
В том, что к октябрю 1917 года балтийские матросы практически полностью находились на большевистских позициях, что позволяло использовать их, в случае восстания, как ударную силу, есть серьезная заслуга Сталина.
16 октября 1917 года И.В. Сталин возглавил партийный центр по руководству вооруженным восстанием, т. к. имел опыт организации боевых отрядов в Баку. Именно Сталин занимался вопросами координации действий прибывающих в Петроград матросских отрядов из Кронштадта, а также расстановкой в Неве прибывающих революционных кораблей.
Помощник И.В. Сталина по наркомнацу С.С. Пестковский впоследствии вспоминал: «Сталин стал заместителем Ленина по руководству боевыми действиями. Он вел наблюдение за военными операциями на Дону, на Украине и в других местах России. Ленин не мог обходиться без Сталина ни одного дня. Вероятно, с этой целью наш кабинет в Смольном находился «под боком» у Ленина. В течение дня он вызывал Сталина по телефону бесконечное число раз или же являлся в наш кабинет и уводил его с собой…» Имеется свидетельство, что, уставая, Сталин предпочитал отдыхать в кабинете, занимаемым матросом С.С. Цыганковым, или же у коменданта Смольного матроса П.Д. Малькова.
Выступая на заседании ЦК 16 октября 1917 года И.В. Сталин заявил: «Флот уже восстал, поскольку пошел против Керенского». В ночь на 28 октября 1917 года, вместе с В.И. Лениным, И.В. Сталин прибывает в штаб Петроградского военного округа, где они, вместе с военным специалистами, разрабатывают оперативный план разгрома идущих к Петрограду войск Керенского – Краснова. При этом, как известно, решающую роль в распропагандировании казачьих частей генерала Краснова сыграли именно матросские отряды, во главе с матросом-большевиком П.Е. Дыбенко.
В феврале 1918 года декретом Совнаркома весь морской и речной торговый флот был национализирован. Тогда же был учрежден отдел водных сообщений. В феврале-мае 1918 года на Балтике была осуществлена уникальная операция по спасению кораблей Балтийского флота от захвата германскими и финскими войсками и переводу их из Гельсингфорса в Кронштадт.
Дело в том, что согласно подписанному 3 марта 1918 года Брестскому миру, русские корабли должны были покинуть финляндские порты, причем предусматривалось, что до тех пор, пока лед не позволяет осуществить переход, на кораблях должны были оставаться лишь «незначительные команды», которые легко могли быть нейтрализованы немцами. Чтобы спасти корабли от захвата их немцами было решено их срочно перебазировать из Гельсингфорса и Ревеля в Кронштадт. При этом, если часть советского руководства, во главе с Л.Д. Троцким фактически согласилось на передачу немцам Балтийского флота, то командование Балтфлота, офицеры и матросы не желали отдавать свои корабли вчерашнему врагу. Их поддерживала и наиболее патриотически настроенные руководители партии большевиков, в том числе и Сталин.
Переход кораблей был осуществлен в тяжелых ледовых условиях. Операцией руководил начальник Морских сил Балтийского моря А.М. Щастный. В результате операции были спасены от захвата и перебазированы 236 кораблей и судов, включая 6 линкоров, 5 крейсеров, 59 эсминцев, 12 подводных лодок. Впоследствии именно эти корабли послужили основой для возрождения военно-морского флота СССР.
В книге М.Я. Сорокин и А.Я. Лурье «Ермак» ведет корабли» приводится малоизвестный факт приезда И.В. Сталина в Гельсингфорс в момент подготовки перехода кораблей оттуда в Кронштадт. В Гельсингфорсе Сталин встретился с руководителями флота, в т. ч. и с начальником Морских Сил Балтийского моря А.М. Щастным, а также выступил на собрании матросов- большевиков.