Очень часто решение многих вопросов в Османской империи зависело от прихоти самого влиятельного придворного — «кызлар-агасы» (начальника черных евнухов), который руководил внутренним двором султана (женской половиной). Черных евнухов детьми похищали в Эфиопии и Судане, потом особым способом кастрировали, чтобы сделать охранниками в гареме. Они отвечали за сношения гарема с внешним миром, а кызлар-агасы следил еще и за порядком продвижения женщин по ступенькам гаремной иерархии. К тому же на нем лежала и другая важная обязанность — отбирать в гарем новых девочек-рабынь с прекрасными фигурами.
Имя кызлар-агасы с опаской произносили даже высшие сановники Османской империи, прекрасно сознававшие, что достаточно даже легкого неудовольствия с его стороны — и любой из них может лишиться не только должности, но и жизни. Так, в XVIII в. кызлар-агасы Бешир в течение почти тридцати лет пользовался практически неограниченной властью. После его смерти выяснилось, что в личной казне этого бывшего раба, купленного когда-то в Абиссинии за тридцать пиастров, хранится около 3 000 000 пиастров, 160 роскошных доспехов и 800 часов, украшенных драгоценными камнями.
В настоящее время в Топкапы для посетителей открыта лишь небольшая часть гарема, вход в который находится во втором дворе. Вход этот называется «Воротами экипажей», так как именно здесь женщины рассаживались в коляски перед выездом в город. Через «Ворота экипажей» посетители попадают в караульную комнату для чернокожих евнухов, стены которой выложены красивыми изразцами. Слева находится мечеть чернокожих евнухов, стены которой тоже облицованы плитной.
Непосредственно в гарем ведут «Главные ворота», расположенные в конце двора. За ними находится караульная комната, а слева начинается длинный, узкий коридор, вдоль которого тянется выступ, подогревавшийся снизу. На него ставили принесенную из кухни еду, чтобы она не остывала.
Коридор выходит во двор Джарийелер — двор для рабынь, которые жили в окружающем его двухэтажном доме. Направо от этого двора располагались покои султанши-матери, которая была самой значительной фигурой в гареме. Для осмотра открыты лишь столовая и гостиная, хотя покои султанши-матери состояли из сорока комнат. И не раз бывало, что государственные дела вершились именно в этих покоях — в кругу лиц из придворной администрации, близких султанше-матери. Так в гареме формировалась внешняя и внутренняя политика Блистательной Порты; здесь решали, кому из повелителей продлить жизнь, а кто должен был тихо и бескровно умереть.
Короткий коридор выводит посетителей в бани: первая из них принадлежала султанше-матери, а вторая — султану. Решетки, которые здесь установлены, должны были защитить султана от возможных нападений.
Напротив бань расположены спальные покои султана Абдул-Гамида I, построенные в XVIII в. В главной комнате, украшенной золотой и бронзовой росписью, внимание посетителей привлекают фонтан, выложенный венской плиткой, и кровать с балдахином. Если пройти дальше по коридору, ведущему в бани, можно попасть в Тронный зал — самый большой и самый величественный во всем гареме. Во времена правления султана Османа II он был оформлен в стиле рококо. Сюда султан приглашал своих близких друзей; кроме них, в Тронный зал могли заходить только султанша-мать, первая жена, наложницы и дети.
Стены этого зала украшены бело-голубой плиткой, которую в XIX в. привезли из голландского местечка Дельфт. Зеркала сделаны из венецианского хрусталя, кресла с позолотой присланы немецким императором Вильгельмом II, а высокие часы подарила английская королева Виктория. За одним из зеркал устроена потайная дверь, через которую султан в случае опасности мог укрыться в соседней комнате.
Дальнейший маршрут проходит через «Комнату с фонтаном» и «Комнату с очагом»; в одну из изразцовых стен последней был встроен бронзовый камин, откуда брали угли для гарема.