Организация, созданная иезуитами, и режим управления во главе с Верховным священником просуществовали в единых организационных рамках лишь до 1602 г., а затем стала формироваться своя организация у белого духовенства, а иезуиты стали развивать свою организацию. С 1623 г. существовала отдельная провинция ордена иезуитов в Англии во главе с Ричардом Блаунтом, подразделявшаяся на 12 дистриктов. Провинциал ордена жил в Лондоне или в его окрестностях, поддерживал связи с руководителями дистриктов и осуществлял руководство финансовой деятельностью организации. Иезуиты были обычно хорошо укрыты в домах джентри и знати. Организация белого духовенства, по оценке А. Дюре, «была не такой спокойной во внутренних взаимоотношениях, как организация иезуитов». С 1607 г. Верховным священником был Джордж Биркхед. Верховному священнику не хватало полномочий, и некоторые его помощники были более влиятельны, чем он сам. Режим управления во главе с Верховным священником просуществовал до 1623 г.{2455}
По мнению Дж. Босси, разделение миссии в 1602 г. на иезуитов и белое духовенство привело к запутанности, дублированию в деятельности английских католиков, ограничило возможности расширения католического сообщества. Лидеры белого духовенства, как он считает, не уделяли должного внимания миссионерской деятельности. К середине XVII в. деятельность английской католической миссии в своих целях стала смещаться от решения задач но расширению миссии к её стабилизации. Это повлекло за собой всё более экономное использование средств и людей, ослабление усилий в миссионерской деятельности, особенно в территориально удаленных районах страны. Произошёл упадок численности католиков в среде простого народа. Католическое джентри, во многом подчинившее в это время католических священников, поставив их себе на службу, обеспечило священникам приют и относительно большую безопасность, чем способствовало сохранению английского католического сообщества, хотя численный его состав и уменьшился{2456}
.К 1625 г. в управлении английскими католиками в стране, наряду с должностью Верховного священника, имевшего практически положение епископа, действовали капитул каноников, которые были советниками Верховного священника, генеральные викарии, местные архидиаконы, сельские деканы. В связи с женитьбой принца Карла на французской принцессе Генриетте Марии в 1625 г. в Англию был назначен епископ. Рим долгое время не реагировал на просьбы английского белого духовенства о назначении епископа в Англию, возможно, считая, что английские власти могут истолковать назначение в страну епископа из Рима как провокацию. В течение двух лет после вступления на престол Карла I католицизм имел большие возможности для открытого исповедания при дворе, что вызвало в итоге волну протестантского гнева. Католиков вновь стали облагать штрафами, но, с другой стороны, уплатившим штрафы уже не досаждали власти. В 1623–1631 гг. двумя последовательно управлявшими в Англии католическими епископами Халкедонскими (наименование епархии было намеренно сделано не совпадающим с традиционными английскими названиями), назначенными Римом, были Уильям Бишоп и Ричард Смит. К этому времени возникли две независимые миссии, руководимые религиозными орденами — иезуитская и бенедиктинская.
Ордена в Англии уже примирились со своим миссионерским статусом, оставили мечты о создании католической церкви Англии, и служили католическому джентри, что, по словам Дж. Босси, стало напоминать сектантские группировки. Большинство католического джентри, которое во время спора о Верховном священнике ещё не занимало своей позиции, к этому времени стало вполне дружелюбно относиться к священникам из религиозных орденов. Фактически реализовался на практике план организации английских католиков вокруг имений джентри, впервые намеченный в петиции католиков 1604 г. Джентри стало осознавать большие преимущества, которые были связаны для них с режимом, установившимся в миссии, поскольку теперь джентри могли выбирать себе для службы такого священника, который был им по нраву. Теперь оказалось, что апеллянты, настаивавшие на сохранении традиционных церковных структур управления, стремились лишить мирян свободы выбора священника и подчинить их священникам, которых эти миряне не могли выбирать.