Обсуждая вопрос о философских истоках идей Хукера, Дж. Гаскойн утверждает, что по своему происхождению философия Хукера — это телеологическая натуральная философия Аристотеля{1191}
. У. Каргилл Томпсон считал, что Хукер использовал томистское понятие естественного закона, чтобы обеспечить более широкое философское обоснование возможности существования в церкви форм управления, не санкционированных прямо Св. Писанием{1192}. Таким образом, у Хукера глубже аргументировалась идея, которую развивал Уитгифт, о существовании в церковном устройстве порядков, которые можно было отнести к сфере adiaphora — второстепенных по характеру черт церковного устройства, которые регулировались по человеческому усмотрению в зависимости от конкретных условий. М. Перрот признает аргументацию Хукера более утончённой по сравнению с аргументацией Уитгифта, но Хукер всё же, но её мнению, связан с конформистской традицией, восходящей к выступлению епископа Лондонского Николаса Ридли в полемике с радикальным реформатором Джоном Хупером о возможности для протестантского священника ношения стихаря в 1550 г., когда Хупера убедили в уместности сохранения традиционного облачения епископов в протестантской церкви Англии, на что обращал внимание также X. К. Портер{1193}.Уитгифт опасался развивать тезис о роли разума в регулировании церковного устройства — это могло привести к формированию в Англии такой системы церковно-политического устройства, когда возникла бы мысль о том, что действия властей подлежат самостоятельной независимои рациональной оценке{1194}
.Исследователи отмечают, что Хукер видоизменил томистское понимание функций разума утверждением, что человеческие законы имеют силу и значение для церкви, и авторитет разума имеет регулирующее влияние на церковные дела. Фома Аквинский, в отличие от такого подхода, утверждал, что церковное законодательство находится всё-таки в сфере божественного права. Опираясь на общечеловеческий разум и его авторитет, Хукер отмечал, что, учитывая значение общего человеческого разума, такие группы, как пуритане, представляющие меньшинство, не могут отказываться от признания установленных церковных законов под предлогом того, что они на основе своих частных выводов пришли к какому-то другому мнению{1195}
.Хукер считал, что божественные законы можно обнаружить, изучая природу{1196}
. Иначе этот вопрос трактовали пуритане: благодать и природа, по их мнению, были вещами совершенно разными, и знание, полученное из Писания, было совершенно отлично от знания, полученного при изучении природы. У пуритан и церковь на этой основе отделялась от государства, поскольку государство — институт, созданный испорченной природой человека. Хукер же в своём труде преодолевал этот дуализм благодати и природы, государства и церкви. Подобным образом мыслил также Фома Аквинский{1197}, который считал, что благодать не уничтожает природу, а ведет её к совершенству, поэтому церковь может взаимодействовать с государством, а государство тоже имеет божественную санкцию на существование. Рассмотрение политического порядка в обществе как существующего помимо церкви, по мнению Хукера, могло вести только к дехристианизации политического устройства общества{1198}.Хукер утверждал, что подчёркивание пуританами значения Св. Писания как единственного источника, из которого христиане могут черпать уверенность в формировании церковного устройства, лишает смысла само понятие второстепенного в церковной жизни (adiaphora) — в этом случае всё важно, не остается ничего второстепенного, чем даже подрывается принцип свободы христианина. Хукер, в отличие от пуританского подхода, полагал, что есть области жизни, относительно которых Св. Писание вообще молчит, но это не означает, что действия христианина здесь скованы и парализованы. Христиане просто должны пользоваться разумом в общественной и частной жизни, и вполне способны делать это с успехом, например, в судопроизводстве. С помощью разума люди также поняли, что Св. Писание — это божественное Откровение. Но использование разума в понимании божественных дел, считал Хукер, зависит от помощи Св. Духа и Божьего благословения. Хукер отмечал, что многие законы церковного устройства фактически и установлены с учётом опоры на разум, и это не ставит под сомнение их обоснованность. Пуритане же, по мнению Хукера, охвачены ложной уверенностью, что основывают свои действия на Св. Писании, в действительности произвольно толкуя его в интересах своей группировки{1199}
. Как отмечал К. Томас, конформисты в церкви Англии в XVI–XVII вв. считали, что сила личного убеждения без опоры на авторитетные свидетельства не является основанием для внесения раскола в церковную жизнь{1200}.