Новая спецслужба во главе с Дзержинским и своим немногочисленным аппаратом, насчитывавшим всего несколько десятков человек, действовали быстро и с «величайшей энергией». В течение недели был арестован ряд служащих Государственного и частных банков, отказывавшихся выполнять предписания советской власти, закрыты все оппозиционные издания. В Петрограде и Москве силами подвижных групп чекистов и рабочих отрядов были решительно пресечены массовые грабежи продовольственных складов, магазинов и еврейские погромы.
Комиссия по борьбе с контрреволюцией на глазах набиралась опыта и повышала эффективность в работе. Во многом это было связано с тем, что ее возглавили талантливые и неординарные личности: Дзержинский, И. Ксенофонтов, В. Трифонов, М. Кедров, Н. Жиделев и другие, имевшие многолетний опыт борьбы с одной из самых сильных и опытных спецслужб того времени — царской охранкой. При всех их способностях вряд ли бы они добились столь значимых результатов, если бы не опирались на поддержку «сознательных пролетарских масс». Тот огромный поток информации, что поступал в ВЧК от рабочих, солдат и «сознательной интеллигенции», не шел ни в какое сравнение с тем скудным ручейком, что сочился в царскую охранку от осведомителей и провокаторов. Она, пролетарская масса, в лице ВЧК видела свою родную власть, которая выражала и защищала интересы подавляющего большинства населения.
Принимая помощь «сознательных масс», ряд руководителей ВЧК, испытавших на себе хватку царской охранки, предлагали использовать ее методы работы в оперативной деятельности. В частности, задействовать осведомителей и провокаторов при разработке контрреволюционеров и саботажников. Многие чекисты, в их числе и Дзержинский, были категорически против этого предложения и считали, что аморально «пользоваться методами и приемами царской охранки». На этой почве в рядах чекистов развернулась острая дискуссия. Она закончилась 18 марта 1918 года. По завершении заседания по данному вопросу члены комиссии большинством голосов приняли постановление «О недопустимости использования провокаций в работе ВЧК».
В отсутствие агентурного аппарата, применение которого на тот период вожди революции считали аморальным, добровольные информаторы — рабочие, солдаты и часть интеллигенции — являлись главным источником сведений о контрреволюционной и саботажнической деятельности представителей бывших «эксплуататорских классов». В ВЧК ее поступало в избытке. Летучие отряды чекистов и рабочих только успевали выезжать по адресам и осуществлять аресты контрреволюционеров и саботажников.
К началу весны 1918 года в активе молодой советской спецслужбы уже имелись предотвращенная всероссийская стачка, сотни выявленных и пресеченных актов саботажа в банковской системе и сферах снабжения населения хлебом и продуктами питания. В апреле ее сотрудникам вместе с милицией удалось сбить волну бандитизма и массовых уличных грабежей в крупных городах Центральной России и положить конец разгулу анархии, буйным цветом распустившейся в обеих столицах.
Одну из таких масштабных операций чекисты провели в ночь на 12 апреля. При поддержке боевых рабочих дружин они в течение нескольких часов арестовали почти всех вожаков анархистских организаций в Москве и Петрограде. Так же решительно и быстро они действовали и в отношении правых эсеров, совершивших 20 июня в Петрограде убийство комиссара по делам печати, пропаганды и агитации, редактора «Красной газеты» В. Володарского (М. Гольдштейна. —
Успехи ВЧК в большинстве своем не являлись следствием классических форм работы, присущих спецслужбе. Они предполагают вербовку агентуры, ее внедрение во враждебные организации и их последующую разработку. Первоначально действия ВЧК носили характер типичной полицейской операции: облавы, засады и допросы задержанных контрреволюционеров и саботажников. Противник и сложная обстановка быстро учили чекистов навыкам оперативной деятельности. С течением времени в ней все чаще стали проявляться элементы контрразведывательного поиска во враждебной среде. Для этого по устной договоренности и на кратковременной основе задействовались добровольные помощники из числа «сознательных масс». В последующем полученная от них информация использовалась кадровыми сотрудниками ВЧК для внедрения под легендами прикрытия в контрреволюционные организации и ближайшее окружение ее руководителей.