Помимо украшений, Кёне заинтересовала и структура русского герба. Читатель помнит: с легкой руки фон Эндена большая часть городских гербов разделена горизонтально надвое: в верхней части — губернский герб, в нижней — самого города. Получается, что губернский герб — главный, хотя должно быть наоборот. Кёне предложил герб губернии помещать в вольной части щита (пустой, не несущей какой-либо фигуры) городского герба, вправо (в правом углу щита), т. е. влево от зрителя, в крайнем случае (если правая часть занята) — в левой, т. е. вправо от зрителя. При переходе города в новую губернию менялся губернский герб в вольной части щита. Наконец, в случае необходимости изображения на различных предметах герб губернского города можно было поместить в щитке на груди двуглавого государственного орла.
Внимательно изучив рисунки русских городских гербов, Кёне пришел к выводу, что среди изображенных на них фигур многие не являются геральдическими. Так, в гербе города Холмогоры Архангельской губернии в знак основанной там мореходной школы помещен квадрант — фигура, не оговоренная правилами геральдики. Кёне предложил изменить рисунок герба: гора в три холма (герб становился «говорящим»), над пей — бычья голова, поскольку жители города занимаются разведением скота.
Город Богородск Московской губернии издавна славился ткацкими изделиями, что отразилось в его гербе, поле которого занимал прядильный станок. Но это изображение Кёне счел отступлением от геральдических правил и заменил станок шестью пустыми ромбами. В таком виде новый герб Богородска утвержден в 1883 г. Два рога изобилия (Кёне их тоже счел негеральдическими фигурами) в гербе Новой Ладоги заменены двумя хлебными колосьями.
Рог изобилия и кадуцей харьковского герба также по причине «негеральдичности» не устраивали Кёне. Он предложил заменить их новыми эмблемами: конская голова, звезда, две византийские монеты. Конская голова должна означать конские заводы, находящиеся в губернии, звезда — университет, монеты — торговлю и богатство.
Когда вновь созданный герб Харьковской губернии 5 июля 1878 г. был опубликован согласно правительственному постановлению, разразилась буря в среде харьковского дворянства. В своих петициях оно требовало восстановления герба, который пожаловала Харькову Екатерина II. Это было, конечно, справедливо, ибо во всех уездных городах Харьковской губернии, в верхней части гербового щита помещался прежний герб. Возникало несоответствие. Ходатайство харьковского дворянства было в 1887 г, удовлетворено, однако к прежнему гербу были добавлены императорская корона и соответствующие украшения гербового щита.
Подобные предложения об изменении гербовых фигур во многих городских знаках были сделаны Кёне и в других случаях. Из герба Воронежа он убрал двуглавого орла; в гербе Костромы придал новый ракурс и форму кораблю; перерисовал владимирского льва головой в фас; относительно геральдической фигуры в казанском гербе Кёне писал, что она неправильно названа змием, это дракон, а змий в геральдике обозначается по-иному; он отмечал неточности, встречавшиеся в описании вятского, новгородского, московского гербов, и т. д.
В общем, предполагалась полная перестройка формы уже существовавших гербов на общих геральдических началах, принятых, как это постоянно подчеркивал управляющий Гербовым отделением, во всех европейских государствах (поворот геральдических фигур обязательно прямо или вправо, но не влево; гербы не должны содержать изображений паровых машин, пистолетов и других новейших предметов, их следует заменять символическими изображениями, традиционными гербовыми эмблемами и т. д.).
Все это было, конечно, «бегом на месте» (сотни и сотни рисунков надо было заново перерисовать, подать на обсуждение и утверждение правительства, разослать на места) и практически неосуществимо. Однако определенная часть предложений законодательным путем была все же введена в практику при создании гербов городов и областей: это система внешних оформлений гербового щита — короны, орденские ленты и прочие атрибуты. Описание корон и украшений гербов губерний, областей, градоначальств, городов и посадов было распубликовано в ПСЗ в 1857 г. Согласно этому указу, выпуск всех следующих за ним территориальных гербов был сориентирован на определенную единую форму. Городская реформа 1870 г. и последующие за пей правительственные постановления снова привели в действие часовой механизм — составление, представление на утверждение верховной власти, публикацию утвержденных гербов. Чтобы унифицировать все городские гербы Российской империи, было необходимо поместить губернский герб в вольной части щита герба городского. Вспомним, что в городском гербе присутствовал еще старый наместнический герб. Его надо было убрать, заменив губернским. Однако сначала требовалось распределить города по губерниям (зачастую по новым!), нарисовать губернские и областные гербы.
В Гербовом отделении эта работа была проделана, гербы составлены.